<紙>さんLOG

「パソコンヲタクの雑記帳」
 PC/Linux系/物理・化学で遊んでいます。
思いついたことを綴っています。

Chime、Rasmol は老舗?

2009年06月26日 | 理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。  昨日までの状況は右下の「アクセス状況」にあります。


ツールあれこれ」「ツールどれそれ」で、合計9種類の“分子構造表示”ソフトについて書きました。
他にも、「PCW」がありました。
そうそう、「WinMOPAC 3.0」、「SCIGRESS MO Compact」もありましたネ。


それから、あっちこっちのサイトを見ていたら、
「Chime」、「Rasmol」をよく見かけていました。


3Dフリーソフト《Chime》と《RasMol》」では、
  《RasMol》と《Chime》の違いですが、前者がブラウザーとは独立して動くソフト
  であるのに対して、後者はブラウザーのプラグインとして機能するソフトである点が
  大きな違いで、ほぼ同じ機能を持ち、・・・・・
とありました。
  《RasMol》は、RasMolのサイト( http://www.umass.edu/microbio/rasmol/index2.htm )
  《Chime》は、Chime Resourcesのサイト( http://www.umass.edu/microbio/chime/ )
  でダウンロードすることができます。
とありますが、 このページの最終更新日が、2003年10月13日と古いものです。


《RasMol》は「RasMol and OpenRasMol」が新しい。(Ver. 2.7.4.2(2008.3.17版)がある)
《Chime》は「Symyx MDL ホーム」が新しい。(Ver. 2.6SP7(2007.7.26版)がある)

早速両方ともダウンロードしてインストールしました。

《Chime》は、ダウンロードしたZIPファイルを解凍して出てくるexeを実行する。
Chime をインストールしよう! 」に従って、一旦IEに入れ、
「Firefox などのブラウザにプラグインを組み込む」手順で行った。
ただ、IEだと自PC内のファイルも読み込めるが、Firefox ではエラーになった。(どうして?)


《RasMol》は、ダウンロードした「RasMol_Latest_Windows_Installer.exe」を実行するだけ。
使い方は、「RasMolの使い方」に詳しく載っていました。


入力ファイル形式は、
RasMolは本家MDLだから、.mol は当然。
他に、.PDB .CIF とMOPAC形式。(但し、.CIF は基本構造のみ。)

Chimeは、.mol と .PDB のみ。
操作性は、Jmolに似ている。(と云うか、親戚関係か?)
(画面内での右クリックでメニューが現れる。)


例によって、CH3COOH(酢酸)の .PDB ファイルを読み込んでみました。
Chime はIE版です。







と云うことで、今日の 部活動 は終了です。  



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2 コメント

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Unknown (ぽにょりん)
2009-06-27 08:03:20
興味深く読ませていただきました。

ChimeというのはSymyx Drawと連携があったりするのでしょうか?

たとえばChemDrawからChem3Dに構造式をドラッグアンドドロップすると
自動的に立体構造に変換されるというように。


もしそれができるのでしたら結構使いかってがあがるような気がします。


Symyx Draw、Isis Drawから変わったらしいのですが
色々変わっていてまだ慣れません。

Isisを使いたいのですがVistaだと不具合がでる
バージョンしか持っていないので
なんとも(^^;


突然の書き込み失礼いたしました。
返信する
ぽにょりん さんへ (<紙>)
2009-06-27 22:15:07
私より、化学に詳しいようですね。恥ずかしいです。
Chem3D については、HULINKS 社のページを見ていますが・・・・・有償ですね。
Isis 云々は知りませんでした。

Winmostar、Facio、WinMOPAC 以外は殆ど分かりません。ごめんなさい。

今後とも、宜しくお願い致します。
返信する

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