本来モリトンボは北海道の高地の湖に生息するエゾトンボ科の仲間で、低地に生息するキバネモリトンボとは亜種の関係にありました。しかし最近はDNA解析により2種間の違いが認められなかったため「モリトンボ」として統一されました。基本的にモリトンボは高地の湖に生息することもあり、水質の綺麗な環境で育つため、体表の模様がはっきりと出る傾向が強いです。
大雪山系の混棲地ではモリ、キバネモリ、タカネトンボが渾然一体となっいるいうえ、モリとタカネのハイブリッドも採集されているので、幼虫の区別がつきません。一説によるとタカネトンボには背棘が第3~9腹節まであり、モリトンボは第4腹~第9腹節まで有るとされていますが、タカネトンボの第3腹節背棘は非常に小さく、個体によっては痕跡程度あるいは無いものも見られるので、羽化させる以外に良い同定方法が見当たりません。
大雪山系の混棲地ではモリ、キバネモリ、タカネトンボが渾然一体となっいるいうえ、モリとタカネのハイブリッドも採集されているので、幼虫の区別がつきません。一説によるとタカネトンボには背棘が第3~9腹節まであり、モリトンボは第4腹~第9腹節まで有るとされていますが、タカネトンボの第3腹節背棘は非常に小さく、個体によっては痕跡程度あるいは無いものも見られるので、羽化させる以外に良い同定方法が見当たりません。