統計のコツのこつ(66)

大分、間が空きましたが、一段落しましたので投稿します。
いよいよ、
「すぐに役立つ統計のコツ」（オーム社刊）の最終章「イベント・ヒストリー分析：生存時間（率）」となりました。

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本書の立読みサイト：
http://www.e-hon.ne.jp/bec/SA/Detail?refShinCode=0100000000000033365048&Action_id=121&Sza_id=B0
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では早速、例題を使って生存率の分析をご紹介したいと思います。

 

例題は、最早、おなじみの「統計学入門」（杉本典夫 先生）から引用させて頂きます。

 

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第１１章　生命表解析
http://www.snap-tck.com/room04/c01/stat/stat11/stat1101.html
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上記の「表11.1.1 腫瘍患者の術後生存期間」のデータを用いますが、便宜上、表１の様に、転帰を「１＝死亡、０＝その他」としておきます。

 

表１　分析用データ

 

「すぐに役立つ統計のコツ」ではカプラン・マイヤー法を Excelで紹介していますが、ここでは、最初に「R」での方法をご紹介しましょう。

 

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dat<- read.delim("clipboard", header=T)
head(dat)

library(survival) # 事前にパッケージをインストールしておくこと．
fit<- survfit(Surv(観察期間, 転帰 == 1)~ 手術法, data=dat)
summary(fit)
Surv(dat$観察期間, dat$転帰)
plot(fit, mark.t=T, lty=1:2)
legend(x=40, y=0.8, legend=c("Ａ群","B群"), lty=1:2)

 

出力結果：

表2　summary の出力

 

 

図１　カプラン・マイヤー法による生存曲線

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「R」を用いると簡単ですが、

生存率の計算方法を「統計学入門」（杉本典夫 先生）で知っておいて欲しいと思います。

しかし、
筆算は少々面倒だと思われるなら、情報統計研究所のトップページにアクセスして下さい。

 

http://kstat.sakura.ne.jp/

 

HPトップページから、

・本書の例題（データ）はここからダウンロードできます→[Excel Samples]をクリック

・[Excel Samples(3)：表8.1～表８.11]を右クリックし、対象をファイルに保存を選んで任意のホルダーに保存して下さい。

・「Excel Samples(3).xlsx」を開き、

・本書（132ｐ）の要領でSheet名「表２」「表３」を使い下記（表３、表４）の様に入力して下さい。

 

コピー＆ペーストでもかまいません。

 

表４ 手術法Aのデータ

 

 

表５　手術法Bのデータ

 

 

Excel のA列・B列・C列にのみデータを入力すればカプラン・マイヤーの結果が得られます。

 

次に、
「R」で次の様に実行すれば手術法A群とB群のログランク検定を行うことが出来ます。

 

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survdiff(Surv(観察期間, 転帰 == 1)~ 手術法, rho=0, data=dat)  # ログランクはrho=0（デフォルト）とする。 

 

出力結果：

表７　ログランク・テストの結果

 

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次回で最終回となります。

 

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