ぴかりんの頭の中味

主に食べ歩きの記録。北海道室蘭市在住。

【論】Liu,2005,An Entropy-based gene selection metho~

2007年03月08日 22時13分42秒 | 論文記録
Xiaoxing Liu, Arun Krishnan and Adrian Mondry
An Entropy-based gene selection method for cancer classification using microarray data
BMC Bioinformatics 2005, 6:76
[PDF][Web Site]

・マイクロアレイデータによるクラス分け(病理診断)法の提案。各遺伝子の相関度や冗長度をNormal mutual informationにより評価し遺伝子抽出。Leave-one-outによる識別率に基づきさらに遺伝子を絞り込む。
・アルゴリズムの検証用データ:ヒト
1.SRBCT data : 88サンプル(63 training / 25 test), 2308遺伝子 [Khan]
2.Breast cancer data : 49サンプル, 7129遺伝子 [West]
3.Colon cancer data : 62サンプル(40 tumor / 22 normal), 2000遺伝子 [Alon]
・他の方法との比較:Ding and Pengの結果と比較。Colon cancer、Leukemia、NCIの三種のデータを使用。

・「It is interesting to note that the classification accuracy is not affected by using a much reduced feature set.

・"Entropy"を使うことのウマみがよくわからず(なぜEntropyを使うと識別率が上がるのか?)。単にEntropyの数式を使ったらよい結果が出たというだけの話?
コメント
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