『DNAマイクロアレイ』を新聞の広告に発見

　写真は、先日（11/28）の読売新聞朝刊に載っていた広告です。

「世の中に、遺伝子を調べてつくるあなた専用の薬を。
　オーダーメイド医療の実現に、東レの高感度DNAチップ」

文中の『DNAチップ』は、当ブログの【論文記録】でよく出てくる『マイクロアレイ』と同等品です。過去にもマイクロアレイ関連の広告が載っていたかもしれませんが、今回それに初めて気がつき、「マイクロアレイもここまで来たか」と、小さな広告ながら軽い驚きを覚えました。
　ブログ読者の方々からは、【論文記録】については「さっぱりワケわからん」、「無条件に読み飛ばす」、「何語？？」等々、自分とは全く関わりない世界の話であるように感じている方が多いようですが、実は皆様の日常に徐々に近づきつつある技術だったりします。
　現在、手間と費用がかかるガンをはじめとする様々な疾病の診断が、マイクロアレイひとつで簡単に診断できてしまったり、さらに技術が進み、産まれた赤ちゃんの遺伝子を検査することで、その将来が予測できたり、なんてことになるとその需要は計り知れません。もし、それに関する特許なんて取ろうものなら……いったい焼肉がどれだけ食えることか……（←そこか）
　論文を読んでいると、そこで使われているデータはほとんどアメリカのAffymetrix社製のGeneChipの独壇場です。それに追随すべく日本の企業もがんばっているのですね。
　私の研究テーマはマイクロアレイそのものを創るわけではなく、その道具を使って得られる（数値）データをどう処理して病気診断等に役立てるか、というところを問題にしています。
　難しい話はともかく、この記事で【論文記録】のこともちょっとは「ワケわかって」もらえたらと思います。

《関連サイト》
東レ　映像・広告ライブラリー
http://www.toray.co.jp/visual/adv_007.html
東レ　研究・技術開発 トピックス～DNAチップ
http://www.toray.co.jp/technology/topics/top_004.html

【論】Thomas,2001,An efficient and robust statistica～

Jeffrey G.Thomas, James M.Olson, Stephen J.Tapscott, and Lue Ping Zhao,
An Efficient and Robust Statistical Modeling Approach to Discover Differentially Expressed Genes Using Genomic Expression Profiles
Genome Research Vol.11, Issue 7, 1227-1236, July 2001
[PDF]

・マイクロアレイの発現量データに基づく遺伝子抽出法の提案。教師付き学習法。Z-scoreにより遺伝子をランキング。
・データ：Leukemia data (27 ALL/11 AML) [Golub]
・結果：有意水準1％の条件下で、グループ間で発現量に差があると判定された141遺伝子を抽出（1と2）。
1.ALLよりAMLの方が高い発現量の遺伝子
2.AMLよりALLの方が高い発現量の遺伝子
3.AMLサンプル中、TPO（Thrombopoietin）に関連した遺伝子
4.AMLサンプル中、予後（生/死）間で異なる発現量の遺伝子
・比較法：t-tests, Wilcoxon rank sum statistics

・問題点「Cluster analysis is not a sensitive method for this type of study because it focuses on group similarities, not differences within each individual gene. Furthermore, clustering algorithms such as those listed above are also unable to take advantage of preexisting knowledge of the data, such as the sample groupings.」
・特性「This methodology makes no distributional assumptions about the data and accounts for high false-positive error rate resulting from multiple comparisons.」
・方法「In this work, we calculated the significance value (i.e., P-value) for each probe set using a modified Bonferroni's correction as proposed by Hochberg (Hochberg 1988) (see Methods for details).」
・特長「In contrast, the estimating equation technique we used to calculate Z-scores does not require any distributional assumptions or homogeneity of variances (see Methods for details).」
・方法「We propose a regression model for the expression level of the jth gene in the kth sample:
　Y_jk = δ_k + λ_k(a_j + b_jx_k) + ε_jk (1)
in which (a_j, b_j) are gene-specific regression coefficients, (δ_k,λ_k) are the sample-specific additive and multiplicative heterogeneity factors, respectively, and ε_jk is a random variable reflecting variation due to sources other than the one identified by the known covariate and the systematic heterogeneity between samples.」

【本】スタンド・バイ・ミー

スタンド・バイ・ミー ―恐怖の四季 秋冬編―, スティーヴン・キング (訳)山田順子, 新潮文庫 キ-3-5(3818), 1987年
（DIFFERENT SEASONS Vol,I, Stephen King, 1982）
・四季にちなんだ中編4編のうち、秋編『スタンド・バイ・ミー ―秋の目覚め―（―The Body）』と冬編『マンハッタンの奇譚クラブ ―冬の物語―（―The Breathing Method）』の二編収録。
・スタンド・バイ・ミー：作中の "わたし" である、ゴードン・ラチャンスの若き日の回想。1960年代の12歳当時、仲間だったクリス、テディ、バーンと四人で行った、行方不明になった少年の死体探しの冒険について。
　同著者の著作は初見です。この作品もとても有名ですが、主題歌を耳にしたことがあるくらいで、映画も見たことがありません。もともと『スタンド・バイ・ミー』という題は原作にはなく、映画または主題歌からきているようです。映画は原作に忠実に映像化しているとすると、かなり怖い映画になっていそうで、怖いのが苦手な私にはちょっと見る勇気はありません。
・マンハッタンの奇譚クラブ：舞台はニューヨークの街の片隅にひっそりと佇む、紳士たちが集うクラブ。そこでメンバーの一人の老人が語った昔話。産婦人科医をしていた当時に出会った、ある魅力的な患者にまつわる不思議な思い出。
　元医師の老人の話がはじまると、ぐっと話に引き込まれる。戦慄のラスト。
・こちらの理解力が足りないのか、話がわからずちょっと前に戻って確認することしばしば。多少ストレスを感じる文章です。
・「しかし、作家は二万語に近くなると、短編の域を越えはじめたことを知る。同様に、四万語を過ぎると、長編の域に入ったことを知る。この厳然とした二つの領域にはさまれた中間の領域では、境界というものが明確にされていない。が、ある時点で、作家は自分が恐ろしい領域に近づいたことにはっと気づき、長めの中編（ノベラ）（わたしの好みとしては、多少気取っているが＜中編小説（ノベレット）＞ともいう）とよばれる、文字どおり無秩序なバナナ共和国に足を踏み入れてしまったことを知る。」p.9
・「暗がりに青ざめ血だらけになったデニーが、頭の横っちょがぐしゃりとつぶれ、シャツに、灰色の筋の入った血と脳のかたまりが乾いてこびりついたデニーが、立っているところを想像してしまう。デニーの両手があがり、血まみれの両手がかぎ爪のように曲がり、しわがれた声で呼びかける光景を想像してしまう。デニーは言う。 "おまえが死ねばよかったのだ、ゴードン。おまえだったらよかったのに" と。」p.64
・「「ただし、夢の中じゃ、おれはいつもあいつをつかみそこねるんだ。髪の毛を二、三本つかむだけで、テディは悲鳴をあげて落ちてしまう。気味が悪いだろ？」」p.115
・「一度、クリスが膝をすりむいた小さな子どもと、縁石にすわっているのを見たことがある。クリスはぜんぜん知らない子に、なにか話しかけ――町に来ていたシュライン・サーカスのことか、テレビの『珍犬ハックル』の話だろう――いつのまにか、その子にけがをしたことも忘れさせてしまった。クリスはそういうことがうまい。そういうことがうまくできるほど、充分にタフなのだ。」p.141
・「「おまえの友達はおまえの足を引っぱってる。溺れかけた者が、おまえの足にしがみつくみたいに。おまえは彼らを救えない。いっしょに溺れるだけだ」」p.205
・「なににもまして重要だということは、口に出して言うのがきわめてむずかしい。なぜならば、ことばがたいせつなものを縮小してしまうからだ。おのれの人生の中のよりよきものを、他人にたいせつにしてもらうのは、むずかしい。」p.225
・「本当は、こうも言いたかった。人がものを書くたったひとつの理由は、過去を理解し、死すべき運命に対し覚悟を決めるためなのだ、だからこそ、作品の中の動詞は過去形が使われている、わがよき相棒のキースよ、百万部売れているペーパーバックでさえそうなのだ、この世で有効な芸術形式は、宗教と、ものを書くこと、この二つしかないのだ、と。」p.234
・「わたしたち四人全員が大統領には若すぎるし、未成熟だとみなされる年齢のときに、四人のうち三人は死んでいた。」p.241
・「しかたのないことだ。友人というものは、レストランの皿洗いと同じく、ひとりの人間の一生に入りこんできたり、出ていったりする。そこにお気づきになったことはないだろうか？」p.302
・「ジョージはまるで初めて読むというように、じっくりと銘を読んだ。 "語る者ではなく、語られる話こそ" 。」p.323
・「ディケンズ全集、デフォー全集、トロロープの無限とも思えるような数の全集もあった。エドワード・グレイ・セビルという名の作家の小説全集（全十一冊）もあった。これは美しいグリーンの皮の装丁で、背表紙に金文字で入っている出版社の名は、ステッダム＆サンとなっていた。しかし、セビルという名も、出版社の名も、聞いたことがない。セビルの最初の本『我らが同胞』の奥付は、1911年発行となっている。最後の本『破壊者』は1935年発行だ。」p.325

私のお気に入り ～きのこの山

「あ、うまそう」

　目新しいパッケージの菓子を新鮮な気持ちで買って帰ると、最近買ったらしい未開封の物が既にありました。

　してやられた。

【食】味処 てっ平 [和食＠苫小牧]

味処 てっ平 [和食＠苫小牧][Yahoo!グルメ]
2007.11.18(日)11:30入店（初）
注文 セット（ファ）串カツ・コロッケ・かきフライ 966円

・何の拍子か、たまたまインターネットでこの店の記事を見かけ、「これは是非とも行かねば」と狙いを定めていた店です。地元では有名店らしいのですが、苫小牧にはよく来るくせに全然知りませんでした。
・場所は大きい通りに面しておらず、住宅街の中にあるのでわかりづらいです。私は一旦気づかず通り過ぎ、戻ってきてやっと見つけました。苫小牧ジャスコ前の国道36号線を市街の中心に向って進み、国道が左に折れる交差点を直進し、その直後の左手裏側の一軒屋。向かいはお寺です。
・開店の11時半よりすこし早めについたので、車を停め本を読みつつしばし待つ。開店時には、私のほかに車が二台来て同じく待っていました。さすがは有名店。
・暖簾をかけに出てきた定員さんの「どうぞ～」の声を聞いて入店し、ちゃっちゃと注文。後から続々と開店時間に合わせてお客さんが来ていました。客層は家族連れが多いようです。開店と同時に店員さんは大忙し。
・建物はまだ新しい感じで、店内はファミリーレストランのような雰囲気でした。BGMはビートルズ。
・ソース用のゴマをすりつつ料理を待つ。ほとんど一番のりくらいで注文したのですが、それでも出てくるまでに20分くらいかかりました。後から来た人たちは一体どれくらい待つことやら。
・カツのほうは噂に違わぬ美味しさでした。その揚げ方に『職人の技』を感じます。これは有名店になるはずだと納得。ガッついて食べたので、口内をかなりヤケドしてしまいました。出てくる飲み物は温かいお茶なので、食前に手元に水を用意しておいた方がいいかもしれません。
・ここまで美味しいのだったら、味噌汁もインスタントというか化学調味料の味まるだしのものではなく、もうちょっとマシなものにできないかと欲が出てきます。それとキャベツも、探せばもっと美味しいキャベツがあるのではないかと思います。
・食べ終わって店を出ると、そばにある第二駐車場まで車がびっしり停まっていました。「苫小牧でなんかおいしいもんな～い？」と聞かれたら安心してオススメできるお店です。

　

　
～～～～～～～
　【外食記録】を新設し、ここまで一月足らずでもう10件達成。自分で、こんなに外食しているとは思っていませんでした。その他、
・初入店が少ない
・怪しい店が少ない
・ラーメンが少ない
・トンカツが多い
などなど、自分がそれまで抱いていたイメージと、実際の食生活がかなり違っていることがわかりました。
　では引き続き、この先どんなお店が出てくるか、お楽しみに～♪

私のお気に入り ～ホワイトボード（印刷機能付き）

　写真は研究施設にあるホワイトボードです。研究の打ち合わせなどでよく使います。単に書きこむだけでなく、ボタン一つで板書を印刷までしてくれます。
　これ、私のお気に入り。
　会議などで自分の考えを他人に伝えるだけでなく、自身の "頭の中味" を整理したり具体化するための道具としても重宝しています。道具として他に紙と鉛筆やパソコンなんかも考えられますが、今のところ一番しっくりくるのがこのホワイトボードです。

＜長所＞
・デカい（たくさん書ける・全体を見渡せる）
・書いたり消したりしやすい（自由度が高い）

＜短所＞
・デカい（場所をとる）
・値段が高い

　調べてみると、印刷機能付きのホワイトボードのことを一般には『コピーボード』と呼ぶのですね。さらに、最近の物は板書を画像ファイルとしてＵＳＢメモリに取り込んだりなんていう機能まであるようです。たかがホワイトボードがここまで進歩していたとは知りませんでした。そのうちＯＣＲがついて、データがテキストに落ちる機能もフツウのことになるんだろうなぁ。。。
　家が広かったら個人用に一台買いたいところですが、それはまだまだ先の話になりそうです。

　と、ここまで書いて、普通のホワイトボードをデジカメ撮影すれば、似たようなことが出来ることにふと気づく。

【練】ゲンゲン工大デビュー

♪工大オケ練習 2007.11.23(祝金)13:30-17:00,19:30-21:45＠工大サークル会館
曲 メンコン → 2部の曲

・「次回練習で、某有名指揮者が遊びにきます！」と先日の練習にて告知が。「ど、どちらかといえばまだ無名じゃ……」そんなツッコミはさておき、札幌でのアマオケ指導をはじめ世界をまたにかけて仕事をされている、『ゲンゲン』こと市ノ瀬弦氏が工大オケに初登場。今年3月のブリランテ定演に工大生が参加したのがきっかけとなり今回の来訪が実現しました。わざわざ室蘭までとは、いったいどこまで気サクな方なのでしょうか。
・サークル会館へ行くと、さっそく建物前で一人タバコをふかすゲンゲン氏が。しばし立ち話。
・休日の集中練習ということで、室蘭ジュニアオケなどからの手伝いやＯＢが6名参加。
・メンコン：ソリスト遅刻のため、まずは伴奏のみ練習。「ではメンコン4楽章からお願いします」　誰もつっこまない。いつものことなのか？？
・指揮のＫ君、振りだそうとして一言。「う”ぁ～ 緊張する～～」　ゲンゲン氏からのプレッシャーを浴びつつ練習開始。
・「俺、叩こうか？」　不在だったティンパニを、途中から叩きだすゲンゲン氏。パート譜が無いにもかかわらず、ちゃんと叩きます。「楽譜は覚えてる」とのこと。やっぱりサスガ。これは便利！
・Ｋ君が曲の最後まで振った後、ゲンゲン氏にバトンタッチ。いよいよ登場です。とりあえず全楽章最後まで通す。終ったときには「真剣になっちゃった」と汗だらだらで、すっかりマジモード。その後、途中止めつつ細かい練習を。
・「cresc. と decresc. は単なる音の大小と考えるのではなく、（頂点に向って）気持ちを入れていく」
・「冒頭はテンポキープ（頭から歌いすぎない）」など、ソリストにも細かくアドバイス。
・「旋律というのは、一つ輝く所があるんです（そこを大事に）」
・途中、ストーブの灯油が切れ、寒い！　カンベンしてけろ～～　しかし、指揮台は汗でベットリ。「あとで拭いといてね～」
・「こんなやり方もありますよ」と、ゲンゲンバージョンの棒も披露。まるで指揮もソロを弾くかのような。
・残りは、Ｋ君の指揮をゲンゲン氏がチェック。
・問題の、1楽章練習記号[Ｇ]後のTuttiの入り。お手本を示して一言。「指揮者は、楽してナンボ！」　昔は「動いてナンボ」だったけどね、と指揮の力の入れ方・抜き方について。
・「アウフタクトには息を入れる」　この息の入れ加減で、次に出てくる音楽が決まる。
・「ここ、工業大学だよね？？」　あまりの演奏のレベルの高さ(?)に思わず。
・みっちりメンコンをやった後は、ロメジュリをササッと。ゲンゲン氏は打楽器に入ってアドバイス。
・練習前半はここまで。ゲンゲン氏はここでサヨナラ。慌しく会場を後に。この日の感想を聞いてみたかったが、その暇がなく残念。翌日はアメリカだそうです。大変そう～　以前プレゼントした『禁煙セラピー』、まだ読む暇なかったが、このアメリカ行きの飛行機で読む、と申しておりました。次に会うときは、脱煙のお祝いですね。
・てっきり、練習が5時までだと思っていたところ、「夜の部もある」と聞いてがっくし。つ、つかれた……
・パイレーツ：食事休憩が明けて、夜の部開始。振り出したＫ君、「ゲンゲン氏の影響で指揮がなんか変…」と苦笑い。
・サンダーバード：冒頭の特殊演出で場内大ウケ。何があるかは聴きに来てのお楽しみ。この曲、私は知らないのですが、現役生の中には曲だけでなく「サンダーバード（SF人形劇）」自体を知らない人が結構いるようです。
・エレクトリカルパレード：本番約1週間前にして楽譜が出来て初合わせ。毎度恒例の突貫工事。どうにか間に合いそうなレベルでホッ。
・予定の時間キッカリに始まり、密度の濃い、長時間にわたる練習。もう長いことこの団にいますが、これほど充実した練習は記憶に無い、というほどの内容でした。おかげで翌日から腰痛。
・これまた本番約1週間前にして出来上がったチラシに「室蘭工業大学管弦楽団第9回定期演奏会」の文字が抜けています。これでは何のイベントなんだか、推測するしかありません。事前にちゃんとチェックしとけばよかった。新聞の折込チラシに出すのだとか。初の試み？？

♪室蘭工業大学管弦楽団第9回定期演奏会 2007.12.1(土)14:30開演＠室蘭市民会館（わにホール）

《参考資料～市ノ瀬弦プロフィール》
　
2006.7.26上演 オペラ「友人フリッツ」プログラムより

　
2007.7.29上演 オペラ「トゥーランドット」プログラムより

【練】雪の支笏湖往復

♪札幌市民オケ練習 2007.11.18(日)18:10-20:45＠Gクレフ(札幌)
曲 ヘングレ → くるみ割り

・写真は本文とは関係なく近所で撮ったものです。いい景色だと思って撮ったのですが、逆光なので真っ黒に。これはこれで、まぁいいか。
・札幌市民オケ練習、指揮は中山先生。苫小牧での第九練習を終えて、支笏湖を越えて札幌へ。途中、雪により路面状態が悪く、30分ほど遅刻しての参加。会場のＧクレフに入ると、いつもの事ながら人でギュウギュウづめ。
「その席、空いてるから座って～」
と、本日（ビオラ）トップが不在とのことで、その席を示される。ロクに練習にも出れてない人間に、そんな無茶な。観念して席につく。
・ヘングレ：昔、やっぱり中山先生の指揮で室蘭ジュニアオケで弾いた曲です。懐かしい。が、ビオラを弾くのは始めてでした。いきなりヘビーな個所からの練習。初見ではとても無理です。轟沈。ビオラパートこんなに難しかったのですね、これは必死にさらわないと。金管が入ってしまうとワンワン鳴って弦はかき消されてしまい、何がなにやら分からず。会場に問題あり。
・中山先生の小話：先日行ったスイスにて。暇つぶしにラジオを持っていった。クラシック番組を聴いていると、田舎の名も知らぬようなオケの演奏なのに激ウマ。国内某有名オケなどよりずっと。でも、昔（数十年前？）に比べると、全体的に音が汚くなってしまった。
・中山先生はカゼをひいたらしく、咳をして少々つらそう。
・小序曲：ビオラでは初。カンベンしていただきたい。これは難しい。お隣で休憩中のチェロ・パートより無言の圧力。同じオケのメンバーに改めてじっくり聴かれるというのは緊張します。
・中国の踊り：Vnで後打ちのクセがすっかりついていて、しばらく気づかず後打ち。そこ、頭打ちですよ、頭打ち。
・このあたりで、コーヒーの話に。中山先生がイタリアにてイタリア人の友だちにコーヒーをご馳走になったときのエピソード。ものすごい高濃度でカップの底にほんのちょっぴりつがれたコーヒー。もはや飲み物という感じじゃなくドロドロな物体。しかし、口にすると、一気にコーヒーの香りがパーっと広がって、何とも美味だとか。コーヒー一杯に使う豆の量が全然違うそうです。ヘェー
・「「本番も練習通りに演奏しよう」とよく言われるが、練習通りではツマラナイ音楽しかできません。実際は逆で、「本番のように練習しよう」であるべき」
・花ワルツ：「では、その部分、ソロの人たちだけで弾いてみてください」　怖れていた事態が発生。本来二人ずつ（ソリ）の部分ですが、音程確認のため、各Vnトップと三名で弾かされました。「代弾きです」と逃げるわけにもいかず、ともかく弾きました。またも轟沈。
・練習後は室蘭へ向って決死のドライブ。来る途中は、雪の悪路を走りつつ「なんでこんな苦労してまで練習いかにゃぁならんのか。まっすぐ室蘭帰った方がよかったのでは」などと思ってましたが、「出といてよかった」と思える密度の濃い練習でした。

♪本番 札幌市民オーケストラ 第65回アトリエコンサート 2007.12.23(日)14時開演＠ポルトホール

本日のツマミ ～カレーレンコン

　実家にて。写真は本日のツマミです。

「夜は食べてから帰るので、漬物だけでいい」

と言っておいたにもかかわらず、この量です。
　中に異様な一皿が混じっています。右下の黄色いレンコン。初めて目にするので「これは？？」と聞いたところ、

「カレーレンコン」

だそうです。レンコンのカレー味の酢の物です。意味がわかりません。何かの本に載っていたらしい。これって一般的に知られた料理なんですかねぇ……まぁ美味しいからいいんですけど。
　今の仕事はもうすぐ定年だが、なかなかすんなり辞めさせてもらえそうにないとかなんとか、愚痴を聞きつつ。
　いただきます。

▲閉店【食】しいたけ飯店 三笠 [中華＠三笠]

▲閉店 先日その前を通りかかったら、看板はそのままだが中はもぬけのからになっていた[2010.10.31記]
しいたけ飯店 三笠 [中華＠三笠][HP][Yahoo!グルメ]
2007.11.17(土)16:30入店（初）
注文 おかず2品 Ｃ定食 エビチリ＆豚バラ肉の角煮 1600円

・「な、なぜ "しいたけ" ……？？」　怪しい店名にその前を通るたび、気になっていました。そんな中華料理店に初入店。国道12号線沿い、三笠イオンの国道から見て左隣の『道の駅三笠』に入っている店です。
・時間が時間だけに店は空いていました。水、またはジャスミン茶はセルフサービスで。
・ラーメンが900円から、という全体的にやや高めの値段設定です。メニューに「店長おすすめ」とある『Ｃ定食』を注文。ポイントは『豚の角煮』。メニューに角煮を見つけると注文することが多いです。
・食べてみるとかなりのボリュームでした。エビがデカい。おかずがどちらか一皿でも十分な量です。さすがに1600円のことはありました。味の方はちょっと甘さがキツく感じました。特別「おいしいぃ！！」というほどでもありませんが、なぜか心ひかれる味です。お腹がすいているときに通りかかったら、また寄ってしまうかも。

　

　
(01267-3-2626 0000201809)