フルートコミュでトリルキーや変え指のサイトを教えてもらいました。英語ですが、いろいろなフィンガリングが網羅されていて、使えます。
http://www.wfg.woodwind.org/flute/fl_tr2_3.html
同じ音のトリルでも、ベーシックな指使い、少し♭（＃）気味、音程がいいもの、指が動かしやすいもの、ハーモ二クスを使ったものなど、多いもので5種類くらい紹介されています。
但し、実際に使う時には、普段使わない指使いなので、なかなか難しいものもあります。
そんな時には、私は、ソノリテの最後の課題、跳躍の音階で練習します。
主になる音をトリルで、８拍のばし、次の音を鳴らします。クロマティックで3オクターブということは、３６回トリルの音を練習できるだけでなく、全ての音からの移動が経験できます。はじめは頭が痛くなりますが、1回、2分ほど、1週間もやれば、たいていの苦手指使いは克服できます。
試してみてください。