元文元年(1736)に建立された。山科は、蓮如上人が山科本願寺(1482～1532)を建立した地であり、上人の真宗再興が実現された場であった。
江戸時代のはじめ、本願寺は東西両派に分かれ、別々の道を歩むことになり、慶安３年(1650)には、本願寺が所有していた山科本願寺旧跡地の所属をめぐり相論が起こった。この相論は、ついには奉行所の裁決を仰ぐことになるが、東西どちらの所有も認められず、旧跡地は奉行所の預かりとなった。その後も数度の相論を重ねるも旧跡地が帰属することはなかった。そのため東西両派は、蓮如上人の山科本願寺旧跡を再興するかたちで、旧跡地に隣接する土地に御坊(別院)を建立することとなった。東本願寺は、享保１７年(1732)に旧跡地の北側に位置する竹鼻村領を買い取り、御坊建立に取り掛かった。この時、当初入手した土地は現在地より南東に位置し、四宮川の西岸だったが、狭小だったためか今の土地に変更された。御坊建立の際、京都の東本願寺寺内にあった長福寺という寺院を移転し、山科御坊とした。その故に山科別院には、長福寺という寺号がつけられている。京都市
東御坊
昭和１１年４月 京都 和谷悟平 建立
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