CP2K を FFTW で高速化2

ご訪問ありがとうございます。


VM- Linux に CP2K を導入しました。
やはり、FFTW での高速化は必須ですね。

そこで、過去記事「CP2K を FFTW で高速化」
の手順を整理して、・・・・・

「VM-Linux」に
１．FFTW のインストール
２．CP2K への FFTW の組み込み
を行いました。


１．FFTW のインストール
　　・ http://www.fftw.org/からDownloadを選択し、
　　　fftw-3.2.2.tar.gz　をダウンロードする。
　　・ tar xvzf fftw-3.2.2.tar.gz　で展開する。
　　・ cd fftw-3.2.2　で移動する。
　　・ ./configure　を実行すると、コンピュータの環境を自動で検索し、
　　　Makefileが作られる。
　　・ make　でMakefileを実行する。
　　・ su　でrootの権限を持ち、
　　　make install　でインストールする。

これで、「FFTW」が、正確には「FFTW3」が出来る。


２．CP2K への FFTW の組み込み
　　前回のarch fileに少し変更を加える。
　・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW3」を加える。
　　　　（アンダーバーは２つ！）
　・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
　・「LIBS =」に「/usr/local/lib/libfftw3.a -lm」を加える。

操作は、(前回のものは test1 として、今度は、test2 にします)
　　cd cp2k/arch
　　cp test1.sopt test2.sopt
　　vi test2.sopt・・・・・・・・・上記修正：３点追加
　　cd ../makefiles
　　make ARCH=test2 VERSION=sopt


これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)に FFTW3 版 CP2K が導入できた。

早速、高速化を体感。・・・・・

テストしたデータでは、
わずか、７％のアップ？

FFTW3 を使っているのか？
「GENERATE」行の前にWARNING行は出ていない。
クリックで拡大(別窓)

前回は、確かに出ていた。
クリックで拡大(別窓)


このCPUは、勝手に(？)最高23％もアップしたりするので、
７％では誤差の範囲になってしまう。

データが適したものでないのかも。
まあ、精神衛生上こっち(FFTW3版)で行きましょう。

マシンが高速に(CPU性能で３倍に)なったのだから、
今度こそは、「CP2K」を勉強しよう。
するかな？　出来るかな？　　　　　 　　　



見ていただきありがとうございました。
お帰りに投票して頂けると嬉しいです。 ⇒

人気BlogRanking　⇒　

blogram　⇒