<紙>さんLOG

「パソコンヲタクの雑記帳」
 PC/Linux系/物理・化学で遊んでいます。
思いついたことを綴っています。

VM-Linux:CP2K 導入

2010年04月17日 | Linux系
ご訪問ありがとうございます。


新PCは、CPU 性能が従前マシンの3倍ほど速いもの?
CP2K でその実力を試したい!

VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入し、g95 も導入したので、
早速「CP2K」をインストールしてみることにしました。


VM-Linux は、純粋な(?) Ubuntu ですから、
CP2K 導入手順は、andLinux の時と同様ですね。

先ずは、LAPACK インストール

本家 からダウンロード。
現在の最新版は「LAPACK-3.2.1.tgz」ですね。
  1.「tar」で展開する。
    tar xvzf lapack-3.2.1.tgz
  2.サンプルから、「make.inc」を作る。
    cd lapack-3.2.1
    cp make.inc.example make.inc
  3.「make.inc」を、以下のように変更する。
    FORTRAN = g95
    OPTS = -O2
    DRVOPTS = $(OPTS)
    NOOPT =
    LOADER = g95
    LOADOPTS =
  4.「make blaslib」でBlasを生成し、
    その後「make lapacklib」でLapackを生成する。
    make blaslib
    ・・・・・・・約20秒(従前PCの3倍速)
    make lapacklib
    ・・・・・・・約4分15秒(従前PCの1.4倍速?)
  5.これらのファイルを名前を変えてライブラリに格納する。
    sudo cp blas_LINUX.a /usr/local/lib/blas.a
    sudo cp lapack_LINUX.a /usr/local/lib/lapack.a


そして、CP2K インストール

本家 から、
「CP2K」をダウンロード。(cp2k.tar.gz)
  1.「tar」で展開する。
    tar xvzf cp2k.tar.gz
  2.マシンに合ったスクリプトから「test1.sopt」を作る。
    cd cp2k/arch
    cp Linux-i686-g95.sopt test1.sopt
  3.「vi test1.sopt で、LIBSの部分」を、以下のように書き換える。
    LIBS = /usr/local/lib/lapack.a /usr/local/lib/blas.a
  4.今作った「test1.sopt」に沿ってcp2kをコンパイルする。
    cd ../makefiles
    make ARCH=test1 VERSION=sopt
  コンパイルが終わるのを10数分待つ。
    ・・・・・約13分(従前PCの1.5倍速?)
  5.「../exe/test1/」に「cp2k.sopt」というファイルがあればコンパイル成功

ありました!

クリックで拡大(別窓)

これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)にCP2Kが導入できました。

早速、適当(?)に走らせてみました。
CPU性能的には、やはり3倍 速そうです。

上記コンパイルでは、IO が絡むので、その分速く見えない?

総合性能では、1.5 倍くらいと見るべき???     



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2 コメント

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全てのコア、使っていますか? (cyah)
2010-04-17 23:39:51
マルチコアの場合、ソフト側でもある程度対応している必要があるので、たとえi7の4コア(最近6コアも出たそうですが)8スレッド動くCPUでも1コア1スレッドしか使われなければ、それなりのスピードしか出ないらしいです。
他にロジックボードの性能やメモリの速度なども影響するみたいですが。
返信する
cyah さんへ (<紙>)
2010-04-18 07:44:32
いらっしゃいませ。

そうですね、仮想マシンはシングルコアです。
基本的に、(今のところ)使うソフトは、シングルコア用のもの、殆ど CPU 演算のみのものです。
やはり、仮想マシンでは、CPU 以外の部分が影響するかも。
大量の小さなコンパイルのような、IO 部分が多いものには期待しない方がいいですね。

今後ともよろしくお願い致します。
返信する

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