<紙>さんLOG

「パソコンヲタクの雑記帳」
 PC/Linux系/物理・化学で遊んでいます。
思いついたことを綴っています。

slice って?

2009年10月25日 | Linux系
ご訪問ありがとうございます。


Softwares for basic 3-D analysis」なるサイトを知りました。

  These softwares (slice series) have been made for
  basic 3-D analysis of micro-tomography data.
すなわち、(「Nicely Translate」の助けを借りて)
  これらのソフトウェア(slice シリーズ)は、
  マイクロトモグラフィデータの基本的な3D解析用である。
と云うことですが、・・・・・

「トモグラフィ」ってなに?
日経 ものづくり用語、「トモグラフィ」では、
  対象物の内部の物理量などを導き出して断層画像を得る方法のこと。
だそうで、
  計算にはコンピュータを使うため,CT(computed tomography)と呼ばれる
  ことが多く,超音波CT,X線CTなどが実用化されている。
と云うことですか。

で、
  「slice シリーズ」は、X線CT画像を処理する、
  コマンドラインから実行するプログラム群で、
  X線CT画像から3次元立体図の作成、データ解析、加工がなどができる。
と「Users manual (Japanease)」(slice_um_080418.pdf)にはありました。




さて、
  Required Environment(動作環境?)
として挙げられているのは、
  ・Unix(Linux, BSD, Windows+cygwin, MacOSX, etc.) environment
  ・Memory (1GB-, as large as possible)
  ・200-300GB free space of HDD (at least a few times of the 3D data size)
ですね。

第1の条件は、当然andLinuxですね。
第2の条件は、3GBあるから良いかな?
第3の条件は、エェッ どうしよう。全部で5GB(空:約4GB)しか無いけど???

ま、いいっか。やってみよう。

と云うことで、
まず、5GBにした時と同様の手順で、15GBに拡張しました。



あれから、いろいろ入れているので、「Used」もそれなりに増えている。
フリー領域は約12GBですね。


それから、「Install manual (Japanease)」(slice_im_061219.pdf)
に従って、インストールしました。

ただ、pdfのマニュアルは「Windows+cygwin」か「MacOSX」前提なので、
<紙>の手順は、CP2Kや、その前のLAPACK同様です。


先ず、Windows での作業
 step1:本体「slice071126.tar.gz」をダウンロード
 step2:andLinux 共有ディレクトリに格納

本番、andLinuxでの作業
 step1:しかるべき処「/home/kami」に本体を cp
 step2:そこで、「tar xvzf slice071126.tar.gz」と解凍
 step3:「cd slice」と1つ下りて

ここからが大変だった。
 step4: “make”する、・・・・

一通り読んで、それから実行すれば、「make installall」一発だったのかな
しかし、「make all」や「make install」とやったもので、
リカバリに手間取りました。

何はともあれ、「Tiff ライブラリ」が必要であると云うこと。
此がないと、本体がコンパイルエラーとなる。
この状態で「install」すると大変ダ!

どうにかこうにか/やっとこさっとこ
「/usr/local/bin」や「/usr/local/lib」に格納できた。

で、確認
 step5:「slicePVR」と打ち込むと「使用方法が表示される」
   そうでなくて、「・・・見つからない」とでたら、云々カンヌン
   「set path」をやりなさい。

しかし、<紙>の環境では(?)何故か「set path」が働かない???
そこで、シンボリックリンクを張りました
「ln -s /lib/libtiff.so.3 /usr/local/lib/libtiff.so.3」

これで、「step5」確認が終わりました。




目出度しメデタシ?

で、何に使うの?????
ま、今日のところは、ここまでです。     



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