R: 最近の作図

R でグラフを描くさい、見栄えなどにこだわりだすと
気が付けばもの凄い時間が経っていたりする（ｗ
出来上がったコードはコピペすれば色々な局面で応用が利くので
最近使っているものを（部分的に）メモしておくなり。 

私の場合、スペクトルのグラフを描く機会が多い。
ライトカーブも連続測光した場合はクイックルック用にグラフを作りますが、
こちらはあまり見栄えなどはこだわっていない。

スペクトルのグラフ（気合いれた版）は T Pyx 論文で描いたような図が
最近のブームになっていて、ここ一年近く研究会の集録原稿などでも応用して使ってます。

以下は某新星の一晩分のスペクトルを作図したさいのコード。
フォントはデフォルトではなく、 Times 系を使うのがお気に入りです。


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　　setEPS()                     　　　　                 # EPS で出力
　　postscript("nova_hogehoge.eps",          # 出力ファイル名
                family="Times",                       # フォント
               height = 6, width = 7)              # グラフの大きさ            

　　par(tcl=0.4,lwd=2,ps=11)                     # 目盛の長さ、枠線、文字サイズなどの指定
　　plot(data, type="l", axes=F,                  # 外枠や軸はあとでプロットするのでaxes=F
　　　　　cex.lab=1.2,lab=c(7,7,8),
　　　xlab=expression(wavelength (ring(A))), 　# 横軸の波長Å
　　　ylab="log10(flux) + const.", col="red", lwd=1,xlim=c(4000,8500),ylim=c(0,2.5))

# gnuplot みたいに上下左右に目盛り線が欲しい場合は以下の通り。 

　　axis(1, lwd.ticks=2)                               # 軸を描く
　　axis(2, lwd.ticks=2,las=1)                      # las=1 は縦軸の数字を横書きにする
　　axis(3, lwd.ticks=2,lab=F)                      
　　axis(4, lwd.ticks=2,lab=F)
　　box()                                                   # 外枠を描く

# 以下、スペクトル線の元素を示す場合に使う。
# text (横軸位置, 縦軸位置, "出力文字", ...) を使う。
# srt=90 は文字を90°回転させている。 

　　text(6563,2.4,expression(paste("H",alpha)),srt=90,cex=1.2)     # Balmer
　　text(4861,2.0,expression(paste("H",beta)),srt=90,cex=1.2)
　　text(4340,2.0,expression(paste("H",gamma)),srt=90,cex=1.2)

　　text(6300,1.5,"[O I]",srt=90,cex=1.2)   # [O I]
　　text(7773,1.5,"O I",srt=90,cex=1.2)     # O I

# 以下、スペクトル１本のときはあまり使わないけど紹介。
# あるスペクトル線を点線などで強調したい場合は abline を使っている。
# 複数のスペクトルをオフセットして並べ、ラインの変化などを見るとき便利。

　abline(v=6563,lty=2,lwd=1)    # H-alpha
　abline(v=7773,lty=2,lwd=1)    # O I

# abline(v=強調したい波長, ...)、となっている。
# つまり指定した横軸の値に対して垂線が引かれる。 
# この点線は黒色で多様すると見栄えが微妙になることもある。
# 灰色など控えめの色を使うと幸せになれるかもしれない。 

　　dev.off()

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とまぁ、 実際プロットした例図（スペクトル）をここに UP できれば良いのですが、
ブログでは割愛します (^^;
あと T Pyx 論文では補助目盛を使っていて、  
 

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　　xm <- seq(3800,9000,by=100)
　　　axis(1,xm,lab=F,tcl=0.4)
　　　axis(3,xm,lab=F,tcl=0.4)
　　ym <- seq(0,8,by=0.2)
　　　axis(2,ym,lab=F,tcl=0.4)
　　　axis(4,ym,lab=F,tcl=0.4)

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という感じで刻むことができる。この場合、主目盛の長さは tcl=0.6 くらいあると
良いかもしれない。このあたりは好みの問題でしょうか。

横軸を共有して二つのグラフを合体させたい場合の方法は、一度ブログで紹介しています。 
T Pyx 論文では plot() の前に以下のおまじないを唱えました。

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# グラフのレイアウトを行列で考える(一つの図の大きさの割合)

　　　mat <- matrix(c(1,1,1,1,2,2,2,2), # グラフのレイアウトを行列で考える(一つの図の大きさの割合)
　　　　　　　　　　　　　　　8,1,byrow=T)

　　　setEPS()  
　　　postscript("tpyx_spectra.eps",family="Times",
　　　　　　　　　　　　height=9,width =9)

　　　　 par(mfrow=c(2,1))    # 実際のグラフ数を 2x1 として縦に並べる
　　　　 layout(mat)
　　　　 par(mar=c(0,4,0,4))  # 各グラフをぴったり接続するおまじない(上下マージン0)
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