水辺の鳥から

・久しぶりに試験地に出勤。連絡調整だけで午前中は終わりとなってしまい、ううむ。ついにスギ花粉が飛び始めたらしい。が、ニュースを見るまでもなく、当方の鼻は敏感に反応しており、自分自身が検出キットになりそうである。既にマスクは装着しているのだが、これから2-3ヶ月は厳しいシーズンである。

・標高別造林試験地のデータ解析再び。標高と標高の2乗の両方を説明変数に入れると、二次関数での最適化ができる。stepAICで調べると、何種かは一次回帰の方が当てはまりがよいものの、ほとんどは二次関数の方がよくフィットしている。多少おかしな樹種もあるが、割合とよく推定できている。

・次に、樹高を測定した30個体のデータを用いて、DBHと樹高の関係式を求める。さらに、その推定式を使って全個体の樹高を推定し、最終的なvolumeを算定するためのコードを書く。相変わらず美しくないコードだが、何とかR上で樹種ごと・サイトごとの合計Volume（D2Hの総計）を計算できるようになった。なるほどこちらの方が、林学的には分かりやすい指標だ。

・GIS管理を行うため、試験地の区分けに3人でくるりと見回る。カラスが集団でカエデ林付近に集まっており、それなりにおどろおどろしい雰囲気をかもし出している。それにしても、せっかく樹林があるので、鳥の種類が分かるとずいぶんと楽しそうである。個人的に、水辺の鳥と山野の鳥という薄いハンドブックを購入したので、まずは初心者向きといわれる水辺の鳥を片手に遊水地辺りを歩いてみよう。

ヤチダモ再び

・会議のためにつくばへ。相変わらず山手線はとんでもない人である。ホームに溢れている人が電車に吸い込まれるたびに、不思議な気持ちになる。常磐線は逆方向なので割合とゆっくりとSavolinenのLocal adaptation の論文を読む。産地試験の歴史とlocal adaptationの検出の関係も述べられており、自分自身の用語の整理に役に立つ。

・会議終了後、Iさんと6月に開催される形態シンポ関連の打合せなど。発表内容、プレゼンの中身などについて情報を得ることができ、ようやくイメージが湧いてきた。ヤチダモの雪上散布種子も無事に保存されていることが分かったわけだが、これらの今後の方向性に関しても議論する。雪上種子は2005年に拾ったものだが、完全な形状をしている種子だけを対象に、番号をつけて画像解析することになった。改めてデータを眺めると、210のプロットから3500ほどの種子を拾っていて、空間分布も結構面白そうである。

・その後、父性解析を試みたヤチダモの苗畑データについても相談に乗ってもらう。母親の方は比較的反復があるが、父親の方はやむを得ないことだけれど当然のように異様にバランスが悪いデータセットになっている。Iさんからは、母親効果のみのモデルとそれに父親をランダム効果として組み込むモデルを比較して、間接的に父親の効果を検討するというアイデアを頂いた。反復もランダム効果として入れると良さそうだが、果たしてlmerはまともに動くのか・・・。