永明寺には鐘楼がなく、梵鐘がありませんので、本堂内の江戸期に寄進された半鐘で年越しに除夜の鐘を108声ついています。年明けの元旦には、まず永明寺の裏の岩美中学校のそばに鎮座している式内社の許野乃兵主神社に初詣して御神札をいただいてきます。許野乃兵主神社から永明寺に帰ると、神棚に御神札をおまつりして、小豆のお雑煮のお餅を神仏にお供えします。そして、正月三が日に朝昼晩の三度おつとめする修正会の元旦の大般若経の転読祈祷をいたします。修正会の祈祷の後、元旦の朝のお経をあげます。修正会で祈祷した御札は、1月4日に永明寺住職と長谷寺住職（永明寺副住職）がお檀家さまのお宅に年頭の挨拶回りをする際にお配りしています。
永明寺の伽藍は、大正元年に全焼失しました。火災後、兵庫県新温泉町田井にある足利将軍家や山名家の庇護をうけた臨済宗天龍寺派の佛頂山楞厳寺の塔頭のひとつ舒陽庵（室町期の創建）を解体移築して永明寺の本堂として再建しました。許野乃兵主神社の本殿は、永明寺の本堂として舒陽庵を移築したとき、田井に鎮座している兵主神社の本殿を移築してきた建物です。許野乃兵主神社の「許野」は、「この」と読みます。現在の岩美郡にあたる岩井郡（石井郡）は、かつて巨濃郡（このぐん）と呼ばれていました。巨濃郡に鎮座する兵主神社なので、許野乃兵主神社と呼ばれるようになりました。なお、永明寺の檀家がある河崎地区にも式内社の佐彌乃兵主神社が鎮座しています。兵主神社は、渡来人の秦氏などの八神信仰と関わりがあるとされています。
