たしかに，ひとつの非違行為に対して，懲戒処分としての出勤停止をした場合，さらに懲戒解雇 をすることは一事不再理の原則に反します。
しかし，懲戒処分としての出勤停止とは別に，業務命令として出勤停止や自宅待機を命じることができます。これは処分をするかの調査または審議決定をするまでの間就業を禁止する前置措置としての意味を持ちます。
もっとも，業務命令としての出勤停止の場合は，懲戒処分としての出勤停止とは異なり，原則として出勤停止の間も賃金を支払う必要があります。
したがって，ある懲戒事由が疑われていて仮にその事実が判明したのであれば懲戒解雇が相当と考えている場合には，まずは業務命令として出勤停止の措置をとったうえで，事実の調査や審議決定をするべきです。
また，その際には，のちに一事不再理の原則を争わせないためにも，業務命令としての出勤停止の措置である旨，書面等で明示しておくことが重要だと思います。
この場合には，次のような就業規則の定めがあると，業務命令としての出勤停止の措置の可能性があると周知させることができます。
「懲戒に該当する行為があった者について，事実調査のため必要がある場合は，その処分が決定されるまでの間，自宅待機を命ずることがある」
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