Linux(Ubuntu) on XP

ご訪問ありがとうございます。


折角 VMware Player V3 を導入したので、Windows ばかりじゃつまらない、
Linux(Ubuntu)マシンを作ってみることにしました。

と云っても、ゼロからインストールするのでは無くて、
「VMware」用に作られた仮想マシンを導入することにしました。


「Ubuntu Japanese Team」ページの「Ubuntuの入手」にある、
「日本語 Remix VMware用仮想マシン」を使わせてもらいました。




ダウンロードして、しかるべきフォルダに展開し、
VMware Player で「既存の仮想マシンを開く」。


大変でした！！！！！
１．Ubuntu 側では、「パッケージのアップデート」が４００件！
２．VMware 側では、「VMware Tools」が古い！

これを同時に行った(馬鹿だった)為に、
“すったもんだ”して、２時間近くも掛かった。

挙げ句の果てに、
３．「ネットワークに接続できなくなった」
説明書きにある通り、「ネットワークインターフェースの再設定を行う」。

このダウンロードしたものは、
仮想マシンのバージョンが「Workstation 5.x」と古いものなのですね。

最初から、「日本語 Remix CD イメージ」を使えば速かったかも？

それでも、何とかカントかできました。




これで、「My メインＰＣ」は、

マシン：実機ＨＷ(Pentium 4HT 3.2GHz)
　　ＯＳ：ＸＰ（ネイティブ）・・・・・・・・常用
　　　　マシン：Virtual PC 2004
　　　　　　ＯＳ：ＸＰ・・・・・・・・・・・テスト用
　　　　マシン：VMware Player 3
　　　　　　ＯＳ：ＸＰ・・・・・・・・・・・使える。
　　　　　　ＯＳ：Ｗ７・・・・・・・・・・・使える？
　　　　　　ＯＳ：Ubuntu(今回作成)・・・・・・・・・・・使える？
　　ＯＳ：Ｗ７（ネイティブ）・・・・・・・・テスト用

と云った状態になりました。

これからどうする　？ ？ ？　　　　　 　　　



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csh(Ｃシェル)を導入

ご訪問ありがとうございます。

andLinux に、slice シリーズをインストールして、
「slicePVR」コマンドで、プログラムが起動することを確認しました。

そこで、「File Manager」で覗いてみると、
/usr/local/bin
には、「sliceなんたら」と云うexecutableがいっぱいある。
しかし、一部「C shell script」がある。
（　それらのファイルの先頭行は、当然ながら、
　　「#!/bin/csh」
　　ですね。　）




ところが、なんと、
「andLinux」では、シェルは「bash」であって、
（こっちの方が機能はある　のかなナ？）
「csh」(Ｃシェル）は入っていない！！！
（機能が無いから？要らない？）

でも、それでは、「slice シリーズ」を簡単に使えない？

調べてみると、
「bash」と「csh」では、文法が大違いのようですね。
簡単に移行(ちょこちょこと手で直すこと)は出来ない？

しようがないので、「csh」を導入することにしました。

でも簡単にできるのですね。

andLinuxの初期設定をした時に見つけた、
「Synaptic」を使うと、“ちょちょいのちょい”です？？？



必要なPackageに対する、
左端のチェックボックス(赤○の列)をonにして(クリックして)、
上にある青○部分の「Apply」ボタンを押すと、
・・・・・程なく・・・・・
緑○部分の様にインストールされる。

これで、「csh」の導入は お し ま い 。
簡単でした。(嬉しい。私にも出来ました。)


これからは、「bash」でも「csh」でも、
「shell script」が実行出来るようになりました。

目出度しメデタシ

それからどうするの？？？？？
ま、今日のところは、ここまでです。　 　　　



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slice って？

ご訪問ありがとうございます。


「Softwares for basic 3-D analysis」なるサイトを知りました。

　　These softwares (slice series) have been made for
　　basic 3-D analysis of micro-tomography data.
すなわち、(「Nicely Translate」の助けを借りて）
　　これらのソフトウェア（slice シリーズ）は、
　　マイクロトモグラフィデータの基本的な３Ｄ解析用である。
と云うことですが、・・・・・

「トモグラフィ」ってなに？
日経 ものづくり用語、「トモグラフィ」では、
　　対象物の内部の物理量などを導き出して断層画像を得る方法のこと。
だそうで、
　　計算にはコンピュータを使うため，CT（computed tomography）と呼ばれる
　　ことが多く，超音波CT，X線CTなどが実用化されている。
と云うことですか。

で、
　　「slice シリーズ」は、Ｘ線ＣＴ画像を処理する、
　　コマンドラインから実行するプログラム群で、
　　X線CT画像から３次元立体図の作成、データ解析、加工がなどができる。
と「Users manual (Japanease)」(slice_um_080418.pdf)にはありました。




さて、
　　Required Environment(動作環境？)
として挙げられているのは、
　　・Unix(Linux, BSD, Windows+cygwin, MacOSX, etc.) environment
　　・Memory (1GB-, as large as possible)
　　・200-300GB free space of HDD (at least a few times of the 3D data size)
ですね。

第１の条件は、当然andLinuxですね。
第２の条件は、３ＧＢあるから良いかな？
第３の条件は、エェッ　どうしよう。全部で５ＧＢ(空：約４ＧＢ)しか無いけど？？？

ま、いいっか。やってみよう。

と云うことで、
まず、５ＧＢにした時と同様の手順で、１５ＧＢに拡張しました。



あれから、いろいろ入れているので、「Used」もそれなりに増えている。
フリー領域は約１２ＧＢですね。


それから、「Install manual (Japanease)」(slice_im_061219.pdf）
に従って、インストールしました。

ただ、pdfのマニュアルは「Windows+cygwin」か「MacOSX」前提なので、
＜紙＞の手順は、CP2Kや、その前のLAPACK同様です。


先ず、Windows での作業
　step1：本体「slice071126.tar.gz」をダウンロード
　step2：andLinux 共有ディレクトリに格納

本番、andLinuxでの作業
　step1：しかるべき処「/home/kami」に本体を cp
　step2：そこで、「tar xvzf slice071126.tar.gz」と解凍
　step3：「cd slice」と１つ下りて

ここからが大変だった。
　step4: “make”する、・・・・

一通り読んで、それから実行すれば、「make installall」一発だったのかな
しかし、「make all」や「make install」とやったもので、
リカバリに手間取りました。

何はともあれ、「Tiff ライブラリ」が必要であると云うこと。
此がないと、本体がコンパイルエラーとなる。
この状態で「install」すると大変ダ！

どうにかこうにか／やっとこさっとこ
「/usr/local/bin」や「/usr/local/lib」に格納できた。

で、確認
　step5:「slicePVR」と打ち込むと「使用方法が表示される」
　　　そうでなくて、「・・・見つからない」とでたら、云々カンヌン
　　　「set path」をやりなさい。

しかし、＜紙＞の環境では(？)何故か「set path」が働かない？？？
そこで、シンボリックリンクを張りました
「ln -s /lib/libtiff.so.3 /usr/local/lib/libtiff.so.3」

これで、「step5」確認が終わりました。




目出度しメデタシ？

で、何に使うの？？？？？
ま、今日のところは、ここまでです。　 　　　



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Zeobuilder 導入 失敗

ご訪問ありがとうございます。　　昨日までの状況は右下の「アクセス状況」にあります。


「andLinux」に落ち着いた、そもそものきっかけとなった「XP で Ubuntu ： coLinux」
それは、「Zeobuilder」を導入・試用して見たかったからでした。

「Zeobuilder」には、
　　Zeobuilder is a user-friendly GUI toolkit for the
　　construction of advanced molecular models.
　　It shows some new features which are not available
　　in other comparable GUI packages:
　　　Zeobuilder is free software.
　　　Zeobuilder is extensible.
　　　Zeobuilder already contains several advanced tools to build,
　　　align, manipulate and analyze molecular structures.
　　　Zeobuilder describes a molecular model with a
　　　hierarchical data-structure of reference frames.
とあります。

そして、「Software dependencies」の「Required dependencies」には、
　　In order to run Zeobuilder,
　　some software must be installed that Zeobuilder will use.
　　・ Python: At least version 2.4
　　・ GTK: At least version 2.8
　　・ PyGTK: At least version 2.8
　　・ Any OpenGL implementation, on most systems this is already installed by default.
　　・ PyOpenGL: At least version 2.0
　　・ GTKGLExt and PyGTKGLExt: At least version 1.1.0
　　・ Numpy: At least version 1.0.3
　　・ librsvg2: At least version 2.0
　　・ libglade2: At least version 2.0 and the python interface to this library,
　　　which is an optional part of PyGTK,
　　　but most linux distributions provide it as a separate package.
とある！


「Zeobuilder」の“Installation”にある「Zeobuilder/Installation Guide」の
“Installation instructions”にある「Unubtu Linux 7.10 (gutsy gibbon):
Zeobuilder/InstallationGuide/UbuntuGutsy」
には、
　The installation consists only of running a few basic apt commands as the root user.
インストール作業は、ルート権限で、２・３の基本的aptコマンドを実行するだけ。
　The downloads are performed automatically.
ダウンロードは、自動的になされる。
　・Configure the apt repository with the ubuntu packages distributed at the CMM:
　　　wget http://molmod.ugent.be/code/static/download/ubuntu/gutsy.list -O /etc
　　　/apt/sources.list.d/molmod.list
　・Install the public part of my digital signature that is used to verify the
　　packages that will be downloaded automatically:
　　　wget -q http://molmod.ugent.be/code/static/download/Toon_Verstraelen.asc -O- |
　　　 apt-key add -
　　　wget -q http://molmod.ugent.be/code/static/download/Toon_Verstraelen_old.asc -O- |
　　　 apt-key add -
　・Update your local copy of the code repository index:
　　　apt-get update
　・Install zeobuider:
　　　apt-get install python-zeobuilder
　The last command automatically downloads all software dependencies and installs
　all the necessary packages. Your installation of Zeobuilder is now complete.
　Start Zeobuilder as a normal user with the following command:
　　zeobuilder
とあるので、
これに従って、“Zeobuilder”を andLinux にインストールしました。

すべてが、正常に進んだかに見えたのだが、・・・・・
“Zeobuilder”の起動時に、エラーが出て実行できません？？？




最初の４行「xlib: ・・・ missing on display ・・・」は、「Mozilla」でも出ている(ので無視)。

最後の「TypeError: ・・・ takes no parameters」でアボートです。

素人には手に負えないので、放置ですね？？？

残念。　　お粗末でした。　　　　　　



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CP2K を FFTW で高速化

ご訪問ありがとうございます。　　昨日までの状況は右下の「アクセス状況」にあります。

CP2K をインストールした時に参考にさせて貰った「CP2Kのインストール」は、
「１．g95でもっとも簡単なインストール」でした。
その下に、「２．FFTW3で高速化を図る」と云うのがありますね。

「FFTW」って　何？

本家「FFTW」では、
　　FFTW is a C subroutine library for computing the discrete
　　Fourier transform (DFT) in one or more dimensions, of arbitrary input size,
　　and of both real and complex data (as well as of even/odd data, i.e.
　　the discrete cosine/sine transforms or DCT/DST).
　　We believe that FFTW, which is free software,
　　should become the FFT library of choice for most applications.
Nicetranslator で翻訳すると、
　　FFTWを離散フーリエ変換（DFT）を1つまたは複数のディメンションでは、
　　任意の入力サイズの変換を計算するためのCのサブルーチンライブラリであり、
　　両方の現実と、複雑なデータ（のと同様、偶数/奇数のデータは、
　　離散コサイン変換すなわち/正弦変換やDCT / DST）の。
　　私たちは、FFTWを、フリーソフトウェアの場合、ほとんどのアプリケーションに
　　最適なFFTライブラリにならなければならないと思います。
ちょっと、酷いかナ。

FFTWは、離散フーリエ変換（DFT）計算のためのCのサブルーチンライブラリであり、
1つまたは複数の次元の、任意の入力サイズの、実数でも複素数でも（さらには、
偶数/奇数の、すなわち、離散コサイン／サイン変換、即ちDCT/DST）計算ができる。
FFTWは、フリーソフトウェアであり、ほとんどのアプリケーションに
最適なFFTライブラリであると信じている。

と云ったところでしょうか？


本家「CP2K」のサイトの「cp2k/INSTALL」には、
　1) Acquire the code.
　2a) gnu make should be on your system (gmake or make on linux).
　2b) an f95 compiler should be installed on your system.
　2c) BLAS and LAPACK should be installed.
　2d) MPI and SCALAPACK are needed for parallel runs.
　2e) fftw can be used to improve FFT speed (depending on architecture).
　2f) Hartree-Fock exchange (optional) requires the libint package to be installed,
　　and a Fortran compiler that supports ISO_C_BINDING and Fortran procedure pointers.
　3) to compile the code.
　・・・・・
とあります。

1)～2c) は済んでいます。
2d) は、パラレルコンピューティングなので、パスですネ。
そして、2f) はチンプンカンプン(汗)でパス。
3) は当然。
残るは、2e) ですね。
　FFTの速度を改善するために、(アーキテクチャに応じた)fftwを使用することができます。
ですね。


それで、「２．FFTW3で高速化を図る」に倣って、
「andLinux」に
１．ＦＦＴＷのインストール
２．ＣＰ２ＫへのＦＦＴＷの組み込み
を行いました。

書いてある通りにやって、一苦労も二苦労もしました。(いや、三苦労も四苦労もです。)

１．FFTWをインストールする。
　　・ http://www.fftw.org/からDownloadを選択し、fftw-3.2.1.tar.gzをダウンロードする。
　　・ tar xvzf fftw-3.2.1.tar.gzで展開する。
　　・ cd fftw-3.2.1で移動する。
　　・ ./configureを実行すると、コンピュータの環境を自動で検索し、Makefileが作られる。
　　・ 151行目、152行目を以下のように変える。
　　　F77 = g95
　　　FFLAGS = -O3 -ffast-math -funroll-loops -march=nocona -ftree-vectorize
　　・ makeでMakefileを実行する。
　　・ suでrootの権限を持ち、make installでインストールする。
とある。
・ダウンロード、・tar展開、・cd移動、・./configure実行はその通り。
（但し、現在は、Ver.3.2.2 になっている。）

次のエディットでは、
先ず、151行目はそうなっていて、変える必要が無い！
そして、152行目は「-march=nocona」の「nocona」が気になったので、
結局、出来た「Makefile」は何も変えなかった。

それで、makeして、suで、make installを実行。

これで、「FFTW」が、正確には「FFTW3」が出来たようです。
（と云うのは、どうなれば正しいのかが、今ひとつ不明？？？）

問題は、「２．CP2KへのFFTWの組み込み」で、８回も「make」をやり直しました。
（もっと慎重に推理すれば、２～３回で済んだでしょう？）

前回のarch fileに少し加えるだけでうまくいく
　・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW」を加える。
　・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
　・「LIBS =」に「-lfftw -lm」を加える。

ここで、（「LDFLAGS =」への追加は間違っていない。）

（１）最初の「-D__FFTW」を「-D_FFTW」だと思った為、５回ほどやり直した。
　・・・・・ これは、＜紙＞のミスですネ。（アンダーバーは２つ！）
　　　ただし、なかなか気がつかなかったのは、
　　　「g95」では、パラメータ・エラーにならない為もあった。
　　さらに、本当は、(正解は)「-D__FFTW3」でした。
　　（FFTW2 か FFTW3 を指定する、とCP2K本家には書いてあった！）

（２）「-lfftw」のパラメータは「g95」ではエラーです。
　　正解は「/usr/local/lib/libfftw3.a」でした。
　・・・・・ 「fftw.a」ではなくて「libfftw3.a」でした。
　　　これで、３回ほどやり直しました。

１回のmakeが２０分も掛かるマシンで！！！！！
実行確認を含めると５時間以上も掛けました（泣）

結局
　・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW3」を加える。
　・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
　・「LIBS =」に「/usr/local/lib/libfftw3.a -lm」を加える。
が正解です。

コンパイル＆リンク：


結果(実行形式プログラム)：



こんなに苦労して“どんだけ”速くなったの？

処理時間で６～７割に、速度で１.５～１.４倍でしょうか。
１９分が１６分に。また、３時間が２時間１０分に成りました。
（でも、やはり何を計算しているか今一つ？？？）

とりあえず、めでたし、めでたし？？？　　　　　



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