andLinux：CP2K インストール

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「“とある”ソフト：CP2K」では、Cygwin で「CP2K」をインストールしました。

「LAPACK インストール」に続き、andLinux で「CP2K」をインストールしました。

LAPACK 同様、「CP2Kのインストール」を参考にさせて貰いました。
但し、「3. CP2Kをインストールする。」には、明らかな間違いがあります。
最初の、
　「http://www.netlib.org/lapack/から、下の方にあるlapack.tgzをインストールする。」
は、
　　http://cp2k.berlios.de/index.html の、下の方にある、
　　Links
　　　・ Download and Install CP2K　から、cp2k.tar.gz をダウンロードする。
ですね。


「LAPACK」同様、ホスト側で「E:￥CoFS￥」に、「cp2k.tar.gz」を格納しておく。

andLinux「Terminal」を立ち上げて、インストールする。
（立上時は、/home/kami になっており、そこに /windows ディレクトリがある）

１．「tar」で展開する。
　　cp windows/cp2k.tar.gz cp2k.tar.gz
　　tar xvzf cp2k.tar.gz

２．「test1.sopt」を作る。
　　cd cp2k/arch
　　cp Linux-i686-g95.sopt test1.sopt

３．「vi test1.sopt で、LIBSの部分」を、以下のように書き換える。
　　ライブラリ名は変えてそのように書き換え。
　　LIBS = /usr/local/lib/lapack.a /usr/local/lib/blas.a

４．今作った「test1.sopt」に沿ってcp2kをコンパイルする。
　　cd ../makefiles
　　make ARCH=test1 VERSION=sopt

　　コンパイルするのを10数分待つ。
　　・・・・・＜紙＞マシンでは約２０分でした。
　　　　　　　(Cygwin では、１時間以上掛かった！！！)

５．「../exe/test1/cp2k.sopt」というファイルがあればコンパイル成功。
　　ありました。コンパイル成功です。


以降は、「Cygwin」のときと同じことですが、・・・・・

「cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にある、
一番最初の「Ac.inp」と、「Zn.inp」で、テスト実行してみました。

出来た「cp2k.sopt」を「cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にコピーして、
カレントディレクトリをそこに( cd )して、
「./cp2k.sopt Ac.inp > Ac.out」
「./cp2k.sopt Zn.inp > Zn.out」
で実行。

なんか結果が出ていました？？？？？

Cygwinでの結果と比較すると、スピードアップしているようです。
(コンパイル時間でも分かる？)


これで、「Cygwin」はもう完全に用無しになりました。

これまで「Cygwin」で行ったものは、全て「andLinux」に移行できました。
「andLinux」は速い。（「Cygwin」は遅い！）

と云うことで、バンザイ！ バンザイ！　　　



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LAPACK インストール

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andLinuxが本格的に使えるようになったので、
Cygwinでインストールした LAPACK をインストールしてみました。

「CP2Kのインストール」にある、
「Lapackをインストールし、lapack**.a、blas**.aを作る。」
という手順そのままで出来ました。


ホスト側で、「E:￥CoFS￥」に、
本体の「lapack-3.1.1.tgz」と、テスト用プログラム「sample.f」を格納しておく。

andLinux「Terminal」を立ち上げて、インストールする。
（立上時は、/home/kami になっており、そこに /windows ディレクトリがある）

１．「tar」で展開する。
　　cp /windows/lapack-3.1.1.tgz lapack-3.1.1.tgz
　　tar xvzf lapack-3.1.1.tgz

２．「make.inc」を作る。
　　cd lapack-3.1.1
　　cp make.inc.example make.inc

３．「make.inc」を、以下のように変更する。
　　その通り変更。
　　FORTRAN = g95
　　OPTS = -O2
　　DRVOPTS = $(OPTS)
　　NOOPT =
　　LOADER = g95
　　LOADOPTS =

４．「make blaslib」でBlasを生成し、
　　その後「make lapacklib」でLapackを生成する。
　　その通り実行。
　　make blaslib
　　・・・・・・・約１分間
　　make lapacklib
　　・・・・・・・約６分間

５．「su」で、これらのファイルを格納する。
　　su
　　cp blas_LINUX.a /usr/local/lib/blas.a
　　cp lapack_LINUX.a /usr/local/lib/lapack.a


以上ですネ。
それで、実行確認のテストを実施しました。




ＯＫですネ。

と云うことで、何かの参考になりましたでしょうか？　　　



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“とある”ソフト：CP2K

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「Windows で FORTRAN」から始まった、“とある”ソフト、とは「CP2K」のことでした。
　　CP2K is a freely available (GPL) program, written in Fortran 95, to perform atomistic
　　and molecular simulations of solid state, liquid, molecular and biological systems.
　　It provides a general framework for different methods such as e.g.
　　density functional theory (DFT) using a mixed Gaussian and plane waves approach (GPW),
　　and classical pair and many-body potentials.
とあります。

使えるかどうかは分かりませんが、ＤＦＴ(密度汎関数)に惹かれて・・・・・
インストールをしようとしたのです。

「CP2Kのインストール」にある、
「g95で最も簡単なインストール」の３ステップを参考にさせて頂きました。

何はともあれ、日本語ユーザ名を解消し、Cygwinをインストールしました。

そして、当該ページのｓｔｅｐ１：「g95」をインストールしました。
次に、ｓｔｅｐ２：「LAPACK」をインストールし、２つの「.a」ができました。

最後に、目的の「CP2K」のインストール：ｓｔｅｐ３です。

ダウンロードした「cp2k.tar.gz」を「/cygwin/cp2k/」に解凍し、
「Makefile」のインクルードファイル「test1.sopt」を作り、
「make ARCH=test1 VERSION=sopt」でmake（全コンパイル＆リンク）。
７００本ほどのソースをプリプロセスしてコンパイル・・・・・
１時間以上掛かりました。（当該ページでは、１０数分だって！
こんなマシンではＤＦＴの実行はムリかも？）

「/cygwin/cp2k/obj/test1/sopt/」には、2148ヶのファイル、102MBが出来、
「/cygwin/cp2k/exe/test1/」には、実行ファイル「cp2k.sopt」がありました。

「/cygwin/cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にある、
一番最初の「Ac.inp」(って、なに？）と「Zn.inp」(此は亜鉛ですね）
で、テスト実行してみました。

「cp2k.sopt」を「/cygwin/cp2k/tests/ATOM/regtest-1/」にコピーして、
「./cp2k.sopt Ac.inp >Ac.out」でいい？

なんか結果が出ていました。
・・・・・何をやっているか分からなくて、どうするつもり(でしょうかね)

ちなみに、Ac って、８９番目の原子：アクチニウムだって。

なんだかナ。ちょっとムリがあるね。でも、
一応CygwinでCP2Kがインストール出来たようです。
お粗末でした。　　　　



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andLinux：Mozilla が使える！

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「当たり前」なんだろうけど、andLinuxをインストールしただけで、
Mozilla が使えるようになっていたんですね。

Windows なら ＩＥがインストールされるように、Linux には Mozilla ですね。

ＸＰで Firefox を立ち上げた後で、andLinux「Terminal」を立ち上げ、
Mozilla コマンドを打ち込むと、Mozilla が別窓ででました。



こうなると、日本語表示が欲しくなる？？？

「初期 設定」の時にはパスしちゃいましたが・・・・・

どうしようかナ・・・・・

日常的に andLinux を使うようになるようだったら考えよう。

－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－

と、此処まで纏めた状態で、置いていました。

ところが、昨日、
別のマシンに「andLinux」をゼロからインストールし、一通り設定をして、
「Terminal」から「mozilla」と打ち込んでみると「ナイヨ」と出ました。ン？
「Synaptic」で見ても、インストールされていない？？？

戻って、＜紙＞マシンでは、・・・・・と調べてみた。
「Synaptic」で見ても、やはり、インストールされていない？？？

でも、「Terminal」で「which mozilla」とすると、「/usr/bin/mozilla」と出る？？？

よく見ると、これは「リンク」ですね。
その先は、・・・「/etc/alternatives/mozilla」

これもリンクです。で、その先は、・・・「/usr/bin/firefox」!

「Synaptic」で見ると、「firefox」は、インストールされている！！！

どうなっているのか？　今ひとつ不明です。
(諸般の事情により、昨日の別マシンは、来週水曜日まで使えないので・・・)

それで、「この記事」で確認したところ、「firefox」は入っているようですね。

とすると、リンクが設定されていない？
「mozilla」じゃなくて「firefox」とすれば起動したのかナ？　　



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andLinux：ディスク容量拡大

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「andLinux」で検索していたら、
「andLinuxのインストールと日本語化」を見つけました。
ここに、「仮想ディスクの容量変更」が載っていました。

先ずは、「df」コマンドで見てみると、



「/dev/codb0」は、2GBの内 850MB使っている。

せめて、5GBにしておこう。

(＜紙＞の場合は) E:￥andLinux￥ にある「ImageResizeTool.zip」を解凍して、
実行するのは、￥toporesize-0.7.1￥フォルダにある、「resize2fs.exe」ですね。

ＤＯＳ窓で、「E:￥andLinux￥Drives」(こっちでないとダメ？)に移って、
　　E:￥andLinux￥toporesize-0.7.1￥resize2fs.exe -p -f base.dri 5G
とすれば、いいのかな。
当該ページでは「base.drv」となっているが、＜紙＞の場合は「base.dri」です！



あ、windows のサービスとして、自動起動にしておいたので、
先に、「スタート」－＞「プログラム」－＞
　　「andLinux」－＞「stop andLinux」で停止処理が必要でした。

ＤＯＳ窓を終了して、「andLinux」－＞「start andLinux」で起動してから、
「Terminal」を起動し、「df」コマンドで見てみると、
「/dev/codb0」は５GBになっていました。



これで、多少は安心して、追加インストールなどもできる。(するかな？)

データだけなら、そんなにはいらないかも。　　



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