ニホンオオカミの頭骨と、ハイイロオオカミの頭骨を比べると、ハイイロオオカミのほうは、細長い。ニホンオオカミは幅が広く短い。エゾオオカミはニホンオオカミよりも前に絶滅したとされるが、エゾオオカミの頭骨は現在のハイイロオオカミと同様である。これにより、同時期に生息したオオカミの頭骨に違いがあるということは、この2種のオオカミは別の種、すなわちニホンオオカミはハイイロオオカミではないということになる。ならば、大陸にニホンオオカミに相当する犬科動物の発見がないのがなんとも不思議な話である。(たとえ現在は絶滅していても)
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