６個。

ニホンオオカミの頭骨を調べると、犬に見られる額段がほとんどない。机の上に置くと、重心が真ん中にあり、前後に揺れる。（犬は後ろに重心があり、揺れない）そして、１番の違いは神経孔が６個ある（犬は５個）これがニホンオオカミの特徴である。ちなみにハイイロオオカミは５個と６個のものがあるらしい。このためニホンオオカミを独立種として扱うと主張する学者もいる。