国の天然記念物に指定され、山陰海岸国立公園に含まれる。
玄武洞のほか、青龍洞、白虎洞、南朱雀洞、北朱雀洞の洞窟が玄武洞公園として整備されている。
約160万年前の噴火によって噴出されたマグマが冷却され、玄武岩溶岩の厚い層が形成された。
その後、河川による侵食により玄武岩塊がむき出しとなった。
玄武洞の玄武岩はマグマが冷却される際に体積が小さくなることでできる割れ目(節理)が顕著で切り出しやすかったこともあり、これを人々が採掘し、その採掘跡が洞窟として残った。
つまり洞窟は天然のものではなく、坑道・採掘跡地である。ここで切り出された玄武岩は周辺地域で漬物石や石材として使われており、現在でも城崎温泉の大谿川護岸や豊岡の石積みなどで見ることができる。
玄武岩の柱状節理によって、洞窟内では亀甲状の天井や5~8角の石柱がみられる。
江戸時代後期の文化4年(1807年)幕府の儒学者・柴野栗山がここを訪れ伝説上の動物玄武の姿に見えることから「玄武洞」と名付けた。
2007年、日本の地質百選に選定された。