Symyx Draw と Winmostar

ご訪問ありがとうございます。　　昨日までの状況は右下の「アクセス状況」にあります。


「Symyx Draw」の入出力ファイル形式について：
入力では、
　　sketch file (.skc)
　　molfile (.mol)
　　ChemDraw file (.cdx)
　　SMILES file (.smi)
　　などがある。
出力では、
　　sketch file (.skc)
　　molfile (.mol)
　　SMILES file (.smi)
　　と、画像としての
　　.bmp 、.gif 、.png 、.tiff 、.wmf
がある。

一方「Winmostar」では、
molfile ( .mol ) の入出力が出来る。

つまり、molfile ( .mol ) を介せば、
「Symyx Draw」と「Winmostar」の相互間でやり取りできる。
と云うことになりますネ。

でも、多分、
「Winmostar」で(各種形式のファイルを読み込んだり、新規に)モデリングしたりし、
平面図化したい時には、.mol 形式でセーブして、
「Symyx Draw」で読み込んで表示する。
と云う使い方になるかナ？


話は変わりますが、
ここで、「SMILES 形式ファイル(.smi)」なるものを知りました。

SMILES とは、Simplified Molecular Input Line Entry System の略ですね。

Wikipedia「SMILES記法」には、
　　分子の化学構造をASCII符号の英数字で文字列化した
　　構造の曖昧性の無い表記方法である。
　　SMILES文字列は多くの種類の分子エディタにおいてインポート可能で、
　　二次元の図表あるいは三次元のモデルとして表示することができる。
とあります。
そして、
　　SMILES記法の長所は化学構造を、少ないバイト長で表現できることと、
　　ルールが簡単なので人間が文字列に変換する際に複雑な演算が不必要な点にある。
だそうです。
でも、
　　一方、欠点としては元の構造式の向きや置換基が張り出す方向などの構造式を
　　目で見たときの印象が完全に失われる点がある。
　　ほかにも、標準SMILES記法では相対配置も絶対配置も表現することができない。
　　また、前述したように文字列のパターンマッチングでは構造の部分一致を
　　意味しないので、小規模の化学データベース以外ではSMILESを内部表現に採用
　　しているデータベースシステムは見られない。
とか。
そして、
　　近年のCPUパワーのコストパフォーマンス増大と通信媒体の大容量化は目を見張る
　　ものがあり、ネットワーク端末で直接3次元モデリングを処理することも可能になり、
　　SMILES記法が持っていた長所は急速に色あせてきている。
と云うことですね。


結局、「Symyx Draw」の入出力形式として使うのは、
　sketch file (.skc) と、molfile (.mol)　の２形式
と云うことになりますかネ？　　今日の 部活動 は終了です。　　　　



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