MOPAC2009・PM6法の実力？

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せっかく、「MOPAC2009を導入」したので、PM6法の実力(？)を試してみました。

NaCl(塩化ナトリウム)の構造を作ってみました。
(Na、Cl 原子各４ヶから成るもの)

よく例にする、CH3COOH などは、共有結合している、分子ですね。
(共有結合した原子団を分子と云う)
でも、NaCl などは、イオン結合している唯の原子団？ですね。

さて、
モデリングソフトは当然ながら「Winmostar」です。


（１）最初に１分子分を構造最適化する。（１次元）
　「Winmostar」立ち上げ時に表れる、C-H 構造の C を Na に変え、H を Cl に変え、
　「MOPAC2009」のパラメータは「PM3 EF PRECISE」とする(此処は、PM3法です)。
　計算実行＝構造最適化。


（２）２分子を配置する。（２次元化）
　まず、適当に、Na を追加する。（Cl 側でなく、あえて Na 側にする）
　（Na 同士が結合しない程度に離して）
　次に、Cl を追加する。（追加した Na から少し離して、図のような位置に）
　（追加した、Na と Cl は自動的に結合される）


（３）２分子分を構造最適化する。（事前最適化）
　「MOPAC2009」のパラメータは同じく「PM3 EF PRECISE」とする（一旦は、PM3法で)。
　計算実行＝構造最適化。


（４）再度、２分子分を構造最適化する。（２次元＝平面 完成）
　「MOPAC2009」のパラメータは今度は「PM6 EF PRECISE」とする（本番)。
　計算実行＝構造最適化。


（５）４分子を配置する。（３次元化）
　まず、「Winmostar」の「編集」メニューから「鏡像体生成」を行う。
　少し離れすぎている？ようなので、「編集」メニューから「部分移動」を選んで、
　２組の２分子間を少し近づける。
　（面が平行でないが、この方が分かりやすい？）


（６）４分子分を構造最適化する。（事前最適化）
　「MOPAC2009」のパラメータは「PM3 EF PRECISE」とする（一旦は、PM3法で)。
　計算実行＝構造最適化。


（７）再度、４分子分を構造最適化する。（３次元＝立体 完成）
　「MOPAC2009」のパラメータは今度は「PM6 EF PRECISE」とする（本番)。
　計算実行＝構造最適化。
　結果は、原子間距離＝2.887　で、角度は87.3／92.6度　となった。



正解(？)は ・・・・・

「研究所一般公開 見学」で書いた、「結晶構造ギャラリー」で確認。

原子間距離＝2.820　で　角度＝90.0度　の正六面体(立方体)ですね。
と云うことは、(半経験的分子軌道法計算での)誤差は２～３％と云うことですネ。

素晴らしい！！！　これがＰＭ６法の実力(？)ですね？？？

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。　　　



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