多角形面積

・アカエゾマツ論文修正の過程で、サンプリング・エリアを計算しなおすことになった。各個体のXY座標で囲まれた面積を求めたい、というわけ。少しネットで調べてみると、Aさんが既にコードを公開しておられる。時計回りに(X1，Y1, X2, Y2,・・・Xn, Yn）と並べておけば、囲まれた面積がRで計算できる。

・本当は自動的に外側になっている個体を検出して、自動的に時計回りに並べることができるようなコードが書けるといいんだけど、結局、外側の個体を時計回りに並べるところまではエクセルの図を見ながら手動でやってしまった。とりあえず、面積計算は完了。修正原稿の表に反映させる。

・子どものバスケットの練習試合を観戦。今日は動きがイマイチで、シュートの精度がまだまだである（と、観ているだけなので、エラソーなことを言ったりして・・・）。午後から、TVにて高校サッカーの決勝戦を観戦。またもや点の取り合いで面白かった。敗れた鹿児島のエースの試合後の悔しさを堪えるような表情が印象的だった。

高校サッカー

・子どもの幼稚園のサッカークラブのOBが出場するということで、高校サッカーの準決勝をTVで観戦する。元々、高校サッカーは大好きだ。前橋育英vs鹿児島の試合は序盤からとんでもない展開で、前半だけで5点が入り、最後までドキドキの展開であった。最後は応援していた前橋育英が敗れてしまったが、これだけ点が入るとサッカーも面白い。

抽出マシーン

・Sさんのご協力を得て、ヤチダモ種子の種皮からDNAを抽出を試みる。液体窒素で冷やしつつビーズで粉砕しようと試みるが、ヤチダモ種皮は繊維質かつ硬く、まるで歯が立たない。ということで、久しぶりに乳鉢と乳棒を用いてゴリゴリと・・・。福岡時代を思い出してしまった。液体窒素＋乳鉢＆乳棒でも、なかなかパウダー状にならず、種皮はなかなか手ごわい。

・すりつぶし後はDNA抽出マシーンにセット。DNA抽出マシーンを初めて利用させてもらったのだが、セット後に放置できるというのは有難い。議後に濃度測定をすると、それなりに取れていたが、PCRにうまくかかるかが問題である。

・Kさんから地がき論文に関するコメントを頂く。一つ一つが的確、かつ、自分では考えることがなかった視点なので、非常に有難かった。この分野の論文を書くのは初めてなので、やっぱり論文の位置づけが不十分であることがよく分かった。自分じゃ見えないもんだよねえ。当方もこういうコメントができるようにならなければいかんのだが・・・なかなか。

都市林ジャングル

・試験地スタッフとLTER区の測量。カエデ見本林と異なり、アオキやシュロなどの常緑低木が繁茂しているために見通しが悪いことこの上ない。10×10mの格子点を打つというのが目的なのだが、10mさえも見通せないところが多い。まずは、境界沿いに110mのラインを張ろうとするのだが、意外に手間取る。



・本試験地ではアオキはタマバエに寄生されることが多く、ほとんどまともな実が見られないのだが、1個体だけ,やたらと実がなっているものを発見。環境？それとも、こいつがタマバエ抵抗性を持ってたり・・・しないだろうな。



・午後から樹木園(G02)の個体位置図作成のための測量。3人で1時間半で測量が完了。データを入力し、いざ樹木位置図を作ろうと思ったら、ヒマラヤスギなど巨木の胸高直径がないことに気がついた。

・どうやら70cmを超えるものは測定していなかったようなので改めて測定。完成した樹木位置図を見ると、ほぼイメージどおりである。やっぱりXY座標があると面白い。全個体6000本の樹木位置図作成の野望にはまだまだ遠いが、少しずつ整備していきたいところである。

競争効果

・アカエゾ論文の修正稿〆切りが迫ってきたので、こちらで修正できる部分の改訂を行う。元の原稿、修正原稿、審査者からのコメントを見比べながら、修正原稿に手を加えつつ、審査者へのコメントを作成する。いきなりパソコンで打つと失敗することが多いので、いったん紙に書き込んで数時間放置。夕方から再び再開し、Tくんに送る。

・標高別試験地の最新データを元に、各樹種の隣のプロットの平均直径、平均樹高、BA合計、個体数などのデータを元データに反映させる作業。地図を見ながらアカエゾの左隣、右隣にいる樹種のデータを手作業でコピー。こればっかりは自動化できないので慎重に作業する。とりあえず、個体数（密度に相当）とBAを隣プロットの競争効果を考慮するために、樹高と胸高直径を説明するモデルに加えてみる。

・例えばエゾマツでは、標高だけで説明するとAICは3824なのに対して、隣のプロットのBAと個体数を入れると3778、BAだけを加えると3791のように改善される。アカエゾでも同様に、隣のBAが大きくなるとDBHが小さくなる。しかし、その他の樹種では意外なほど改善されず、例えば、トドマツでは標高だけモデルのAICが2424なのに、標高+隣のBA+隣の個体数では2428、標高+隣のBAで2426となる。



・思ったよりも隣プロットの影響を受けていないということで、ほっとするやら拍子抜けするやら・・・。個体数の影響はプラスになっていたりして、単に生存率が高いところが大きくなるという変な傾向も拾っているようなので、これは抜くべきだろう。全体的に見ると、やはり競争効果を加えた方がAICの合計値はかなり小さい（エゾマツとアカエゾマツの影響が大きいというのもあるが・・・）。とりあえず、隣プロットのBAを加えた競争効果を考慮したモデルを用いるのが良さそう。



・エゾマツとアカエゾマツでは見かけ上は標高が高くなってもDBHが低下するとは限らず、むしろ730mくらいでピークを示すように見える。しかし、競争効果（隣プロットのBA）を考慮すると、標高が高いほどDBHや樹高が低下することが分かった。樹種によって異なるのは、隣のプロットにどの樹種がくるかという組合せの問題があるからだろう。何はともあれ、完全ではないにせよ、ある程度は隣のプロットの影響を考慮した上で、標高が成長に及ぼす影響を評価できそうである。

個体位置図

・昨日、取得した測量データを元に個体位置図作成を試みる。grade、degreeともに何とか変換方法が分かった。三角関数sinとcosを使ってXY座標にするのだが、最初は逆に使ってしまい、裏返しの位置図を作成してしまった。樹種ごとにプロットするまで間違いに気がつかなかった。危ないところである。ようやくバブル図で個体位置図を作ると、トウカエデやモミジバフウの群落が思い出されてなかなか楽しい。プロットの実感があると、個体位置図は見ていて飽きない。

・論文査読あれこれ。集中して読むと、ようやく頭に入ってくる。コメントする内容を考えながら、少しずつ読み進める。昨晩からトラブル続きだったトドマツ交雑論文の校閲依頼もようやく完了。今回は校閲会社の年末年始の”閉店”にまつわるメンテナンス業務にやられた感がある。全体として遅々として進まないものの、それぞれに何とか前進はしているようである。

・Mくんから標高別試験地の最新データを送ってもらったので、これを元に再解析。なぜかコードが走らないと思ったら、チョウセンカラマツ×カラマツをチョウカラ×カラマツと修正していたせいだった。この簡単なミスが分からずに、しばらくうろうろとしてしまった。しばらくデータに触っていないと、恐ろしいくらい記憶がなくなっているものである。〆切り間近になるとパニックになりそうな危険な香りがするので、とりあえず講演集のたたき台を作成。どこまで面白くできるか、これからが勝負である。

家守

・仕事始め。早くも一般の見学者が訪れている。ごみを拾いながら、見学していただいている方もいて頭が下がる。試験地メンバーと危険箇所がないか見回り。枯れ木の状態を調べるために皮をはぐと、中にはヤモリの親子(?)が寝ていた。せっかくの眠りを妨げてしまった。



・Mさんに指差されるままに空を見上げると、オオタカの姿が・・・。本試験地では営巣はしていないが、時折姿を見せてくれるらしい。2羽のカラスに追い立てられていたが、カラスが去った後、悠然とした姿をしばらく見せてくれた。



・デジカメだと点にしか見えないが、実は映っていたりする。



・カエデ見本林にプロットを設定。10×10mごとに杭を立てる。久しぶりにプロットを設定した気がする。これからが勝負ではあるけれど、何かやっている気がして、ちょっと嬉しい。

・午後から同見本林の樹木位置図作成のための測量。相変わらず、レーザー距離計はいい働きをする。と、ここで、いつの間にか角度の単位がdegreeからgrade（1周400）に変わっていたことに気がつく。考えてみたら、プロット自体も傾いているので、樹木位置図の作成にはもう一作業必要である。

Hidden Mickey

・2日、3日はファミリーで東京ディズニーリゾートに行ってきた。両日とも開場と同時に入って、思う存分楽しんでしまった。初日はランドに行ったのだが、すごい人で途中からはファストパスが全て完売するほど。ホテルに一度戻って、エレクトリカル・パレードを見るために再入場。久しぶりにみたパレードはキャラクターが増えたせいか、豪華絢爛。



・2日目はシーに行く。センター・オブ・ジ・アースは意外な展開で面白かった。下の子どもが大きくなり、家族全員でアトラクションを乗れるようになったので、二手に分かれずに済むのがいい。マーメード・ラグーンで隠れミッキー（たぶん・・・）を発見。



・そういえば、初日のランドでは”小さな世界”のところで空を見上げた時に、ミッキーに似た雲がぷかりと浮かんでいた。いくらディズニーとはいえ、まさか隠れミッキーの演出じゃない(!?)よねえ・・。



・定番だけど、ファミリーにディズニーは”間違いない”。こういう日もたまには(！?)必要。

初日

・新年、おめでとうございます。今年もよろしくお願いします、ということで・・・。




・6時50分ごろから初日の出を拝むためにベランダにて待機。九州は雪も用途のことだが、東京界隈は風もなく、快晴。



・ビルの合間から初日を拝む。



・太陽が顔を出すと、わずか10分ほどで景色が大きく変化。太陽の力は偉大である。



・お雑煮は地域や家庭によって変化に富んでいるものだが、我が家のお雑煮にはブリ、白菜、鶏肉、三つ葉が入った澄まし汁である。ブリが入っているのが特徴といえる。御節料理を食べていると、ようやく正月らしい気分になる。

・近所の神社に初詣に行ったのだが、あまりの人の多さに並ぶことすらできずに断念。都会の正月は違う・・・。なんだかスロースタートな一年になりそうな予感。

・昨日のRによるシュミレーションだが、個体番号をsampleで選んでやれば、例えば100個体の中から任意の10個体を何度も選ばせて、回帰直線を描プログラム(らしきもの?)が完成。本当はもっとすっきりと書けるのだろうが、95%の信頼区間が出せそうなので、とりあえずの目的は達成できそう。

年越しそば

・今年は帰省しないので、ゆっくりとした年の瀬である。最近、近所におじいさんとおばあさんが二人でやっている小さなパン屋を見つけた。実に素朴な味わいなのだが、クロワッサンはあっさりしていて実は一番好きだ。自転車だと少し坂があるのだが、こういうパン屋が家の近くにあると嬉しい！

・大晦日だというのに、Rのsampleという関数の使い方を試してみる。ブートストラップなどをするには便利。sample自体の使い方が簡単ですぐに理解できた。これから色々と使えそうである。しかし、個体ごとのdbhとheightのようにペアでランダムにとってくるうまい方法が分からん。とりあえず、cbindで無理やりにくっつけても無理と分かった。

・美味いと評判の近所のそば屋に”年越しそば”を注文していた。これを取りに行くと、2時近くというのに、そばを食する人々でごった返していた。年越しそばは、”昼に外食”という手もあったのか・・・。

・今年も後、7時間程度である。考えてみると、本ブログも今年一年、あまり途切れることもなく、何とか続けることができた。自分の中では、これが今年一番の成果だったりして・・・。来年はますます忙しくなりそうな予感はするが、何とか続けたいものである。何はともあれ、皆様、良いお年を。