政府はムスリムの市民にメッカにハッジジ(巡礼)を許してきたし、旅費を補助する場合もあった。10,000人近くのムスリムがその一年にハッジジを行った。彼らのうちほぼ半数は政府によって組織された外交団とともに行った。その他のはメッカへの旅は第三国を経由して行った。国際的なウイグル人のグループによれば、ウイグルのムスリムは他のムスリム集団、たとえば回族ムスリムよりハッジジの許可を得るのが大変にむずかしく、影響を恐れハッジジに行こうと試みないように選ばれたウイグル人もいる。
2002年、新疆ウルムチの文化司はウイグルの歴史及び、文化の何千もの書物の破棄を命じた。それらの書物はもともとは当局の許可の下にウイグルの歴史を文書化し、詳細を述べたものであった。根本主義ムスリムの指導者たちは過酷な扱いを受けた。2000年に、当局は宗教関係者のための月例政治学習会を実施している、そのプログラムはその一年にわたって続けられた。8月に、ホータン地区の8人のウイグル人ムスリムが国家の安全を危険にさらしたことで罪を負わされたと報道された。そして多数が「不法宗教活動」に従事した罪で拘束された。新疆からの情報は政府の管理下にあり、これらの情報は確認するのが困難である。
当局が不法な宗教の出版物を押収したという公的メディアの報告は多数あった。新疆人民出版局はただひとつのムスリム文献を印刷してよい出版社であり、政府の販売許可リストに掲載されていない文献を売っている店は閉鎖の危険を冒すことになると報告された。(共産)党員と政府職員に対して置かれた宗教礼拝へ制約に加えて、新疆の教師、教授、大学生は公然と宗教礼拝することが許されていない。政府職員は動揺の起こったことのある地域では特にモスク建設を限定していることが報告されている。しかしながら、他の地域、つまり中央アジア系でない回族が従来より居住する地域においてはモスク建設や、修復が実際に行われている。モスクの破壊は時折行われる。偶発的な宗教間の摩擦の結果である。
新疆での分離主義に対しての取締りは「三悪」すなわち、「過激主義」「分割主義」そして「テロリズム」を新疆の社会安定に対する大きな脅威として具体的に標的としている。
新疆の当局は、独立を支持しての平和的活動をしている人々と、「不法な」宗教活動、暴力的テロリズムを、整然と区別することが出来ないでいたので、急襲強制捜索、拘束、逮捕あるいは法的な処罰が標的としているのは、礼拝しようとする人々なのか、平和的に政治的結果を求めている人びとなのか、暴力に手を染めている人々なのか明らかにするのは往々にしてむずかしかった。
ムスリムの宗教活動、教育、礼拝所を締め付けている規制は新疆において強力に施行されている。新疆である地域に民族的不安が起これば、役人はモスクの建設や聖職者の訓練を制限する。当局は民族的不安定が起こっていたある地域において18歳以下の子供にイスラムを教えることを禁じている、と報告されている。他の多くの地域ではアラビア語やクルアーンは制限なく教えられているにもかかわらずである。一例をあげれば地方公務員は新疆では18歳以下の人間はモスクに入場するのを禁止されているという。しかしこの政策は一様に施行されてはいない。当局はイマームの説法を検閲する権利を保持している。特にイマームは宗教の名を借りたテロリストの行いによってイスラムに生じた被害を強調するようにと命ぜられている。
裁判の手続きを伴わない殺害、拷問、受刑者への間違った扱いの事実を含む虐待は拘束者のおびただしい死、を導いてきた。虐待とは自白の強要、根拠のない逮捕、独房への監禁のことである。
司法は独立でなく、適正な手続きの欠如は重大な問題を残している。処刑は往々にして拘束のその日や、抗告の却下と同時に行われてしまう。
新疆では、分離主義に問われたウイグル人の裁判と処刑が続いている。 政府の圧力は弁護士が犯罪被告人の代弁をするのを困難にしている。権力は決まって政治的な反体制派や宗教的な著名人の訴訟の場合、法的な保護を侵害する。権力はたいてい法的な基準を執行することや個人の権利を守ることよりも、公的な秩序を維持し政治的な反対派を抑圧することを高く優先してきた。2003年の統計によれば、250,000人が労働再教育収容所入りや、法的に再調査されない傾向にある、行政上の拘束の形式をとる判決を受けてきた。他の識者は2003年に310,000人がそれらの収容所で判決を受けたと報告した。
