CP2K を FFTW で高速化2

ご訪問ありがとうございます。


VM- Linux に CP2K を導入しました。
やはり、FFTW での高速化は必須ですね。

そこで、過去記事「CP2K を FFTW で高速化」
の手順を整理して、・・・・・

「VM-Linux」に
１．FFTW のインストール
２．CP2K への FFTW の組み込み
を行いました。


１．FFTW のインストール
　　・ http://www.fftw.org/からDownloadを選択し、
　　　fftw-3.2.2.tar.gz　をダウンロードする。
　　・ tar xvzf fftw-3.2.2.tar.gz　で展開する。
　　・ cd fftw-3.2.2　で移動する。
　　・ ./configure　を実行すると、コンピュータの環境を自動で検索し、
　　　Makefileが作られる。
　　・ make　でMakefileを実行する。
　　・ su　でrootの権限を持ち、
　　　make install　でインストールする。

これで、「FFTW」が、正確には「FFTW3」が出来る。


２．CP2K への FFTW の組み込み
　　前回のarch fileに少し変更を加える。
　・「CPPFLAGS =」に「-D__FFTW3」を加える。
　　　　（アンダーバーは２つ！）
　・「LDFLAGS =」に「-I /usr/local/include -L /usr/local/lib」を加える。
　・「LIBS =」に「/usr/local/lib/libfftw3.a -lm」を加える。

操作は、(前回のものは test1 として、今度は、test2 にします)
　　cd cp2k/arch
　　cp test1.sopt test2.sopt
　　vi test2.sopt・・・・・・・・・上記修正：３点追加
　　cd ../makefiles
　　make ARCH=test2 VERSION=sopt


これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)に FFTW3 版 CP2K が導入できた。

早速、高速化を体感。・・・・・

テストしたデータでは、
わずか、７％のアップ？

FFTW3 を使っているのか？
「GENERATE」行の前にWARNING行は出ていない。
クリックで拡大(別窓)

前回は、確かに出ていた。
クリックで拡大(別窓)


このCPUは、勝手に(？)最高23％もアップしたりするので、
７％では誤差の範囲になってしまう。

データが適したものでないのかも。
まあ、精神衛生上こっち(FFTW3版)で行きましょう。

マシンが高速に(CPU性能で３倍に)なったのだから、
今度こそは、「CP2K」を勉強しよう。
するかな？　出来るかな？　　　　　 　　　



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VM-Linux：CP2K 導入

ご訪問ありがとうございます。


新ＰＣは、CPU 性能が従前マシンの３倍ほど速いもの？
CP2K でその実力を試したい！

VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入し、g95 も導入したので、
早速「CP2K」をインストールしてみることにしました。


VM-Linux は、純粋な(？) Ubuntu ですから、
CP2K 導入手順は、andLinux の時と同様ですね。

先ずは、LAPACK インストール

本家 からダウンロード。
現在の最新版は「LAPACK-3.2.1.tgz」ですね。
　　１．「tar」で展開する。
　　　　tar xvzf lapack-3.2.1.tgz
　　２．サンプルから、「make.inc」を作る。
　　　　cd lapack-3.2.1
　　　　cp make.inc.example make.inc
　　３．「make.inc」を、以下のように変更する。
　　　　FORTRAN = g95
　　　　OPTS = -O2
　　　　DRVOPTS = $(OPTS)
　　　　NOOPT =
　　　　LOADER = g95
　　　　LOADOPTS =
　　４．「make blaslib」でBlasを生成し、
　　　　その後「make lapacklib」でLapackを生成する。
　　　　make blaslib
　　　　・・・・・・・約20秒(従前PCの３倍速)
　　　　make lapacklib
　　　　・・・・・・・約4分15秒(従前PCの1.4倍速？)
　　５．これらのファイルを名前を変えてライブラリに格納する。
　　　　sudo cp blas_LINUX.a /usr/local/lib/blas.a
　　　　sudo cp lapack_LINUX.a /usr/local/lib/lapack.a


そして、CP2K インストール

本家 から、
「CP2K」をダウンロード。(cp2k.tar.gz)
　　１．「tar」で展開する。
　　　　tar xvzf cp2k.tar.gz
　　２．マシンに合ったスクリプトから「test1.sopt」を作る。
　　　　cd cp2k/arch
　　　　cp Linux-i686-g95.sopt test1.sopt
　　３．「vi test1.sopt で、LIBSの部分」を、以下のように書き換える。
　　　　LIBS = /usr/local/lib/lapack.a /usr/local/lib/blas.a
　　４．今作った「test1.sopt」に沿ってcp2kをコンパイルする。
　　　　cd ../makefiles
　　　　make ARCH=test1 VERSION=sopt
　　コンパイルが終わるのを10数分待つ。
　　　　・・・・・約13分(従前PCの1.5倍速？)
　　５．「../exe/test1/」に「cp2k.sopt」というファイルがあればコンパイル成功

ありました！

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これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)にCP2Kが導入できました。

早速、適当(？)に走らせてみました。
CPU性能的には、やはり３倍 速そうです。

上記コンパイルでは、IO が絡むので、その分速く見えない？

総合性能では、1.5 倍くらいと見るべき？？？　 　　　



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化学式による検索４

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化学式による検索３＝「Common Compound Library」
の続きでは無いですが、・・・・・

＜紙＞がこれまでに知った、物質情報検索サイトについては、
「物質ＤＢサイト一覧」で纏めました。
これは、右の「ブックマーク」欄にも載せています。

ですが、「酸化物？（４）」の時に見つけた、
「ChemSpider」なるサイトは、
決定版と云っても過言ではない検索サイトだと思います。
但し、化学物質に限るようです？
結晶構造物質は対象になっていない？


これまでに、書いてきたものを一通り検索してみました。

酸化物？（１）の「SO2」

硫酸の構造の「H2SO4」

過硫酸の構造３の「H2SO5」

モノ過硫酸水素カリウムの「K2S2O8」

護謨の分子構造？の「C5H8」

２Ｄ表記を３Ｄ構造化２の「CH4」

検索サイト：PubChemと、
検索サイト：ChemIDplusの「C20H24O10」

検索サイト：日化辞Webの「C17H20N4O6」

部活：化学式による検索の「CH3COOH」

これらは、すべて、ここ「ChemSpider」で、
見つけることが出来ますし、
「Jmol」で３Ｄ構造を見ることが出来ました。
（Jmol が入っていない場合は、自動(？)インストールされました）

但し、試しに、
「NaCl」を検索してみましたが、
原子間距離＝0.282nm のところ、0.1nm で出ましたので、
結晶構造の検索には向いていないようです。

と云うことで、久々に 部活動 を行いました。　 　　　



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VM-XP に andLinux 導入！

ご訪問ありがとうございます。


VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入しましたが、・・・・・

VMware 仮想マシン上の Windows XP でも、
andLinux がインストール出来るものなのか試してみました。

結論から云うと出来るんですね。
つまり、VMware 仮想マシンは、
本当に「本物のマシン」と思ってもいい？

手順は、昔の記事
「coLinux＋Ubuntu＋Ｘ＝andLinux」
「andLinux：g95 インストール」
「andLinux：初期？ 設定」
の通りで大丈夫でした。

仮想マシンの Windows XP は、
HDD はデフォルトの 40GB ですが、
メモリは 1GB にしました。

そして、andLinux のインストールでは、
１．インストール先は　C:￥andlinux￥
２．メモリ容量は、512MB
３．サウンドは、なし
４．ファイル共有方式は、CoFS
　　で、共有ディレクトリは、C:￥to4linux￥

インストール後に行ったのは、
１．「日本語ＫＢ」対応
　「sudo loadkeys jp106」
２．「タイムゾーン」の設定
　「sudo dpkg-reconfigure tzdata」
　とすると、選択肢の画面がでるので、
　「Asia」を選んで「OK」すると次の画面が出る。
　「Tokyo」を選んで「OK」すると設定完了。
３．「root」のパスワード設定
　「sudo passwd root」で。
４．インストールしたパッケージのアップデート
　「su」しておいて、
　「apt-get update」
　「apt-get upgrade」

結果の(証拠の？)画面スナップショットは、

クリックで拡大(別窓)


何かの参考になりましたら、幸いです。　 　　　



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VM-Linux：g95 導入

ご訪問ありがとうございます。

VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)では、C言語コンパイラ(gcc)は入っているが、
FORTRANコンパイラは入っていない。
そこで、g95 を導入することにしました。
以前、andLinuxに導入した時の手順を、
本物の(？)Linux 用に書き直してみました。

　　１．本家 g95 Project から
　　　　「Linux x86」版をダウンロードする。
　　　（Firefox でダウンロードすると、デフォルトでは、デスクトップになる。）
　　　そして、デスクトップに移って、/usr/local/src/ にコピーする。

　　　sudo cp g95-x86-linux.tgz /usr/local/src/g95-x86-linux.tgz


　　２．/usr/local/ に移って、インストール(解凍)する。

　　　　cd /usr/local
　　　　sudo tar zxvf src/g95-x86-linux.tgz


　　３．/usr/local/bin/ にシンボリックリンクを作る。

　　　　sudo ln -s /usr/local/g95-install/bin/*g95* /usr/local/bin/g95


これで、終わり。

のはずだったが、・・・・・

テストコンパイルを行ったところ、
「crt1.o」が見つからないとなった？！

調べてみると、
「Ubuntu日本語フォーラム」
にありました。

　　libstdc++6-4.2-dev
　　(The GNU Standard C++ Library v3 (development files))
　　が必要である。

そうなんだ。
では、と云うことで、
「Synaptic」で「libstdc++6-4.2-dev」をインストールしました。


無事、コンパイルすることが出来ました。

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これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)に FORTRAN(g95)が導入できました。　 　　　



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