部活：分子の体積？

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以前に、原子の半径として「ファン・デル・ワールス半径」なるものがあると書きました。

各元素の具体的な値については、やっとひとつ見つけました。
WORD文書ですが、「基礎物理化学(A, B) 講義資料」です。
ここには、
　　水素(Ｈ)：1.20、　酸素(Ｏ)：1.52、　炭素(Ｃ)：1.70、・・・
などとありました。（単位はオングストロームです。）

そうすると、分子の体積とか表面積があるのか・・・・・ナ？？？

ありました。

「Winmostar」の、Webマニュアル「Winmostar ～Manual～」の中に、
「分子表面積・体積」の項があります。

そこには、
　　原子をVan del Walls(ファン・デル・ワールス)半径の球に置き換えた表面を、
　　VAN DER WAALS MOLECULAR SURFACE(VMS)と呼ぶ。
　　MOLECULAR SURFACE(分子の表面)は、VMS表面の周りを溶媒分子でなぞった
　　接触表面と凹角表面で、SOLVENT-EXCLUDED SURFACE、
　　または、Connolly SURFACE とも呼ばれます。
とあります。


講義テキスト(pdf文書)「分子シミュレーション基礎と 立体構造からの機能予測 分子 ...」
にも載っていました。


つまり、「分子表面(Molecular Surface)」＝「コノリー表面(Connolly Surface)」と
呼ばれるものがあるようです。

これは、例えば、Wikiの「エチレン」で見られるような、(ボコボコな)
球が重なったようなものとはちょっと違うようです。
表面がもっと滑らかになっているようですね。

このように「分子表面」があるなら、分子の表面積がある？？？
つまり、分子の体積・表面積が計算(？)できますね？

どうするのかは、良く分かりませんが(汗)

と云うことで、化学部 部活２９日目終了です。　　



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