部活：なんとか出来ました。

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「部活：修行中」と云うことで、「『Macで遷移構造』」のストーリ通りに、

１．反応物(Reactant)の構造を作り、最適化する。
２．これの、MOPAC 入力ファイル(Z-Matrix 構造)を作る(r.dat とする)。
３．同様にして、生成物(Product)の、最適化構造を作る。
４．これも、MOPAC 入力ファイル(Z-Matrix 構造)を作る(p.dat とする)。
５．r.dat と p.dat から、両方の構造部分をマージする(rp.dat とする)。
　　MOPAC パラメータは「PM3 PRECISE XYZ SADDLE GEO-OK」とする。
６．この rp.dat を入力として、MOPAC を実行する(rp.out ができる)。

　　次に、遷移状態を確定させる。
７．結果の rp.out から、遷移状態候補の構造を抜き出す。
　　“HEAT OF FORMATION（生成熱）”の小さい方を採用する(rps.dat とする)。
　　MOPAC パラメータは「PM3 PRECISE XYZ TS」とする。
８．この rps.dat を入力として、MOPAC を実行する(rps.out ができる)。
　　結果の rps.out に(構造最適化された)遷移状態の構造がある(はず)。

　　遷移状態であることを確認する(振動解析を行う)。
９．結果の rps.out から、構造部分を抜き出す(rpst.dat とする)。
　　MOPAC パラメータは「PM3 PRECISE XYZ FORCE LET」とする。
10．この rpst.dat を入力として、MOPAC を実行する(rpst.out ができる)。
　　結果の rpst.out で、虚振動がただ１つであることを確認する。

と、此処までは順調に進みました。

ところが、この後が進まなかった。

　（反応物 -> 遷移状態 -> 生成物　　とパスが繋がっているか確認）
１．上の rpst.dat をコピーし、IRC_1.dat と IRC_-1.dat の２つのファイルを作る。
　　それぞれの、MOPAC パラメータを「IRC=1」、「IRC=-1」とする。
正確には、「PM3 PRECISE XYZ IRC=1 LARGE=100」「PM3 PRECISE XYZ IRC=-1 LARGE=100」
２．IRC_1.dat を入力として、MOPAC を実行する(IRC_1.out ができる)。
　　結果の IRC_1.out では、生成物に近い構造になっていることを確認する。
３．IRC_-1.dat を入力として、MOPAC を実行する(IRC_-1.out ができる)。
　　結果の IRC_-1.out では、反応物に近い構造になっていることを確認する。


この、２番目、３番目の実行結果が、上の振動解析の結果と似たようなものになってしまいました。
使っている MOPAC6 は、「本家」からダウンロードしたものです。
相当悩みました。

その時、「MOPAC でのPORT データの実行」を見つけました。

ここには、
　　MOPAC 6 は、Winmostar に組み込まれているものを使用しました。
とあったので、

Winmostar から MOPAC6 を取り出して、実行してみました。
（入出力ファイルの仕様は違っていましたが）
ＩＲＣ計算もきちんと出来ました。

この MOPAC6 を使って一連の作業をやり直してみました。うまく行きました。

なぜ？　本家からダウンロードした exe がきちんと動かないの？

バグ？？？　理由は置いておいて、とりあえず、ひとつ 出来ました。

と云うことで、化学部 部活１６日目終了です。　　

頑張ります。　



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