部活：PC GAMESS の勉強

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「PC GAMESS を導入しました。」と云うことで、
「部活：MOPAC の勉強」で書いた「Sn2 反応」
をシミューレートしてみました。


先ず、「Facio」を使って、ヨードメタン：CH3I を作る。

CH4(メタン：Methane.pdb)を読み込んで、１つのH(水素)をI(ヨウ素)に変え、
MOPACで構造最適化を行う。
結果をＰＤＢ形式でセーブする。(CH3I.pdb として)


次に、F(フッ素)原子１ヶを配置する。

「Facio」では結合無しの原子の配置(追加)ができないので、
CH3I.pdb ファイルをテキストエディタで開いて１行追加した。

配置する位置は、Cを中心にした、Iと反対側で、3ang の場所とした。
結果を CH3I_3.pdb としてセーブする。


最後に、CH3I + I をPC GAMESS -STO法で構造最適化する。

「Facio」を使って、CH3I_3.pdb を開き、
「ICHARG=-1」とし、「GBASIS=STO」で、実行。
＜紙＞マシンで約４５秒かかった。

結果は、CH3F + I となりました？





と云うことで、化学部 部活１３日目終了です。

これで、いいのかナ？？？　　　



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