部活：修行中

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「部活：修行が足りない！」と云うことで、
「『Macで遷移構造』」、「遷移状態の計算方法の説明(TS、SADDLE)」、
「Reaction Simulations: Localisation of a Transition State Structure」
を読んで修行中です。


PC GAMESS は暫くお休みして(何でも出来るが時間は掛かる、ド素人向きではない)、
先ずは、MOPAC を使いこなせる(？)ようになって、「ド」を取りたい。

使うのはやはり(ＧＵＩは)、Facio か WinMostar とします。

反応をシミュレーションする手順は、
纏めると、以下のようになるのかナと思います。

　　Facio か WinMostar を使って、
１．反応物(Reactant)の構造を作り、最適化する。
２．これの、MOPAC 入力ファイル(Z-Matrix 構造)を作る(r.dat とする)。

３．同様にして、生成物(Product)の、最適化構造を作る。
４．これも、MOPAC 入力ファイル(Z-Matrix 構造)を作る(p.dat とする)。


　（以下、Perl プログラムとしたいが、とりあえず手作業で、）
　　先ず、遷移状態(Transition State)の候補を探す。
５．r.dat と p.dat から、両方の構造部分をマージする(rp.dat とする)。
　　MOPAC パラメータは「SADDLE」とする。
６．この rp.dat を入力として、MOPAC を実行する(rp.out ができる)。
　　SADDLE 以外にも方法が３種類あるようだが、これが成功するなら最適だ。
　　でも、MOPAC のマニュアルにもあるが、失敗する場合もあるようダ。

　　次に、遷移状態を確定させる。
７．結果の rp.out から、遷移状態候補の構造を抜き出す。
　　“HEAT OF FORMATION（生成熱）”の小さい方を採用する(rps.dat とする)。
　　MOPAC パラメータは「TS」とする。
６．この rps.dat を入力として、MOPAC を実行する(rps.out ができる)。
　　結果の rps.out に(構造最適化された)遷移状態の構造がある(はず)。

　　遷移状態であることを確認する(振動解析を行う)。
８．結果の rps.out から、構造部分を抜き出す(rpst.dat とする)。
　　MOPAC パラメータは「FORCE」とする。
９．この rpst.dat を入力として、MOPAC を実行する(rpst.out ができる)。
　　結果の rpst.out で、虚振動がただ１つであることを確認する。


　　最後に、「だめ押し」確認する。
　（反応物 -> 遷移状態 -> 生成物　　とパスが繋がっているか確認）
１．上の rpst.dat をコピーし、IRC_1.dat と IRC_-1.dat の２つのファイルを作る。
　　それぞれの、MOPAC パラメータを「IRC=1」、「IRC=-1」とする。
２．IRC_1.dat を入力として、MOPAC を実行する(IRC_1.out ができる)。
　　結果の IRC_1.out では、生成物に近い構造になっていることを確認する。
３．IRC_-1.dat を入力として、MOPAC を実行する(IRC_-1.out ができる)。
　　結果の IRC_-1.out では、反応物に近い構造になっていることを確認する。

これで、「反応のシミュレーション」が出来ることになる(のかナ)？

と云うことで、化学部 部活１５日目終了です。　

何か間違いがありましたら、ご指導・ご指摘頂けると幸いです。　



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