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どうすればペプチド分解を触媒する分子を作れるか

2014-01-03 00:08:04 | 科学っぽい思考

 ペプチド結合を切断する分子というものを考えてみたが分子量も揮発しないほど大きくなり、ガス化するには加熱が必要で分子構造内に高い酸性度の偏りを持たせるためにフルオロ基をα位に持っているカルボキシル基を入れたりすると極性が大きくなって沸点が高くなる公算が最初に思いつき最初から考える必要が無いように思えなくもない。ただ、微粒子のエアロゾルとしてまかれるならばありえないことでもないと考えられる。
 エドマン分解というタンパク質の分析方法があって、そのエドマン分解はタンパク質のN末端から分解が行われていく。この分解の場合はフェニルイソチオシアネートを消費していってしまうわけだがこの反応のように末端から切断することだったら低分子化合物が中性条件でも微妙にできそうだと思っている。実際にはアミノ酸の途中にグルタミンのような複数のN末端を作る物質もあるので微妙に途中から切れることもあると思う。
 フッ素基を導入する候補として挙がっているのがプロリンのカルボキシル基がついている炭素である。どうなるのかわからないが、塩基性も酸性度も分子内で高まるためアミノ酸の強いインヒビターにはなるしプロリンの触媒作用を強めることにはなりそうである。
今のところ全部妄想だが、危険な感じはしないのでいずれ作ってしまおうかと思えなくもない。

   

 

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