法第３２条の４の２［賃金清算］
使用者が、対象期間中の前条［１年単位の変形労働時間制］の規定により労働させた期間が当該対象期間より短い労働者について、当該労働させた期間を平均し１週間当たり４０時間を超えて労働させた場合においては、その超えた時間（法第３３条（災害等による臨時の必要がある場合の時間外労働等）又は法第３６条（時間外及び休日の労働）①の規定により延長し、又は休日に労働させた時間を除く。）の労働については、法第３７条（時間外、休日及び深夜の割増賃金）の規定の例により割増賃金を支払わなければならない。
１ 途中退職者等又は途中採用者等については、法第３２条の４の２［賃金清算］の規定により賃金の清算が必要である。
イ 清算が必要な労働者
本条に基づく清算は、１年単位の変形労働時間制により労働させた期間が当該対象期間より短い労働者について、必要なものである。例えば、対象期間を通じて労働させる予定であったが対象期間途中で任意退職した労働者についても必要である。
法第３２条の４の２［賃金清算］中「労働させた期間が当該対象期間より短い労働者」に該当するか否かは、適用される１年単位の変形労働時間制ごと、すなわち、当該労働者に関して予め特定された労働日及び労働日ごとの労働時間が変更されることとなるか否かで判断する。例えば、一つの事業場で複数の１年単位の変形労働時間制が採用されている場合に配置転換された労働者については、配置転換前の制度においては途中退職者と同様の清算が、配置転換後の制度においては途中採用者と同様の清算が、それぞれ必要となる。
ロ 計算方法
法第３２条の４の２の規定に基づき割増賃金を支払わなければならない時間は、途中退職者等については退職等の時点において、途中採用者等については対象期間終了時点（当該途中採用者等が対象期間終了前に退職等した場合は当該退職等の時点）において、それぞれ次のように計算する。
１年単位の変形労働時間制により労働させた期間（以下「実労働期間」という。）における実労働時間から、法第３７条（時間外及び休日の労働）①の規定に基づく割増賃金を支払わなければならない時間及び次の式によって計算された時間を減じて得た時間 ４０×変形期間の暦日数÷７
法第３２条の４の２の「法第３７条の規定の例により」とは、割増賃金の算定基礎賃金の範囲、割増率、計算方法等がすべて法第３７条（時間外及び休日の労働）と同じである。
ハ この割増賃金を支払わない場合は、法第２４条（賃金の支払）に違反する
（平成11.01.29基発（旧労働省労働基準局長名通達）第45号）。
２ 平均賃金の計算上、１年単位の変形労働時間制に係る賃金清算により支払われた割増賃金は、普通の割増賃金同様に、清算月の賃金に含める
（平成11.03.31基発（旧労働省労働基準局長名通達）第169号）。
３ 本条は、１年単位の変形労働時間制の適用労働者が対象期間中に育児休業や産前産後休暇の取得等により労働せず、実際の労働期間が対象期間よりも短かった場合には適用されない
（平成11.03.31基発（旧労働省労働基準局長名通達）第169号）。
４ １年単位の変形労働時間制に関して、対象期間が１年に満たない場合、割増賃金の計算をする上で基礎となる月の平均所定労働時間数の計算方法は、法施行規則第１９条［割増賃金の基礎となる賃金の計算］①第四号による。なお、対象期間が１年に満たない変形労働時間制が終了した後について、変形労働時間制を導入するかどうか決まっていないなど１年間の残りの期間についての所定労働時間が定まっていない場合には、当該１年単位の変形労働時間制終了後も同じ変形労働時間制を繰り返し実施するとして１年間の総所定労働時間を仮定し、それを１２で除して時間数を計算する
（平成11.03.31基発（旧労働省労働基準局長名通達）第169号）。
使用者が、対象期間中の前条［１年単位の変形労働時間制］の規定により労働させた期間が当該対象期間より短い労働者について、当該労働させた期間を平均し１週間当たり４０時間を超えて労働させた場合においては、その超えた時間（法第３３条（災害等による臨時の必要がある場合の時間外労働等）又は法第３６条（時間外及び休日の労働）①の規定により延長し、又は休日に労働させた時間を除く。）の労働については、法第３７条（時間外、休日及び深夜の割増賃金）の規定の例により割増賃金を支払わなければならない。
１ 途中退職者等又は途中採用者等については、法第３２条の４の２［賃金清算］の規定により賃金の清算が必要である。
イ 清算が必要な労働者
本条に基づく清算は、１年単位の変形労働時間制により労働させた期間が当該対象期間より短い労働者について、必要なものである。例えば、対象期間を通じて労働させる予定であったが対象期間途中で任意退職した労働者についても必要である。
法第３２条の４の２［賃金清算］中「労働させた期間が当該対象期間より短い労働者」に該当するか否かは、適用される１年単位の変形労働時間制ごと、すなわち、当該労働者に関して予め特定された労働日及び労働日ごとの労働時間が変更されることとなるか否かで判断する。例えば、一つの事業場で複数の１年単位の変形労働時間制が採用されている場合に配置転換された労働者については、配置転換前の制度においては途中退職者と同様の清算が、配置転換後の制度においては途中採用者と同様の清算が、それぞれ必要となる。
ロ 計算方法
法第３２条の４の２の規定に基づき割増賃金を支払わなければならない時間は、途中退職者等については退職等の時点において、途中採用者等については対象期間終了時点（当該途中採用者等が対象期間終了前に退職等した場合は当該退職等の時点）において、それぞれ次のように計算する。
１年単位の変形労働時間制により労働させた期間（以下「実労働期間」という。）における実労働時間から、法第３７条（時間外及び休日の労働）①の規定に基づく割増賃金を支払わなければならない時間及び次の式によって計算された時間を減じて得た時間 ４０×変形期間の暦日数÷７
法第３２条の４の２の「法第３７条の規定の例により」とは、割増賃金の算定基礎賃金の範囲、割増率、計算方法等がすべて法第３７条（時間外及び休日の労働）と同じである。
ハ この割増賃金を支払わない場合は、法第２４条（賃金の支払）に違反する
（平成11.01.29基発（旧労働省労働基準局長名通達）第45号）。
２ 平均賃金の計算上、１年単位の変形労働時間制に係る賃金清算により支払われた割増賃金は、普通の割増賃金同様に、清算月の賃金に含める
（平成11.03.31基発（旧労働省労働基準局長名通達）第169号）。
３ 本条は、１年単位の変形労働時間制の適用労働者が対象期間中に育児休業や産前産後休暇の取得等により労働せず、実際の労働期間が対象期間よりも短かった場合には適用されない
（平成11.03.31基発（旧労働省労働基準局長名通達）第169号）。
４ １年単位の変形労働時間制に関して、対象期間が１年に満たない場合、割増賃金の計算をする上で基礎となる月の平均所定労働時間数の計算方法は、法施行規則第１９条［割増賃金の基礎となる賃金の計算］①第四号による。なお、対象期間が１年に満たない変形労働時間制が終了した後について、変形労働時間制を導入するかどうか決まっていないなど１年間の残りの期間についての所定労働時間が定まっていない場合には、当該１年単位の変形労働時間制終了後も同じ変形労働時間制を繰り返し実施するとして１年間の総所定労働時間を仮定し、それを１２で除して時間数を計算する
（平成11.03.31基発（旧労働省労働基準局長名通達）第169号）。
当エントリー中段の、
ハ この割増賃金を支払わない場合は、法第２４条（賃金の支払）に違反する
の部分について質問させていただきます。
私の使っております問題集(ide)に、ここの部分の解説として「割増賃金を支払わなかったとしても37条違反は成立せず、24条違反(全額払い違反)になるものとされている」と記載されております。
私の考えでは37条・24条どちらにも違反すると思うのですが、解説どおり24条だけに違反するのでしょうか？
貴エントリーでも24条違反のみ言及されていたため、ぜひ補足をいただけますと幸いです。
宜しくお願い致します。
どういう方かわかりませんが、とりあえずお答えしておきますので、疑問があれば、また、コメントください。
通達は行政解釈ですので、当局が「この割増賃金を支払わない場合は、法第２４条（賃金の支払）に違反する」と解釈し、通達を発しているのです。
私の手許の厚生労働省労働基準局編の「労働基準法」所謂労働法コンメンタールによると『本条（労働基準法第３２条の４の２）においては、「第３７条の規定の例により割増賃金を支払わなければならない」とされているから、割増賃金を支払わなかったとしても第３７条違反は成立せず、第２４条違反となるものである。』と記載されており、私もこの記載の通りで良いものと判断します。
なお、ご質問の趣旨とは違いますが、例えば、ご承知と思いますが、第６０条（［年少者の］労働時間及び休日）第３項第二号で、同条第１項で規定している「年少者には変形労働時間制を適用しない原則」に対し、『１週間について４８時間以下の範囲内で厚生労働省令で定める時間、１日について８時間を超えない範囲内において、第３２条の２［１箇月単位の変形労働時間制］又は第３２条の４［１年単位の変形労働時間制］及び第３２条の４の２［賃金清算］の規定の例により労働させること。』と規定されていますが、『規定の例により』の文言の参考になろうかと思います。なお、本条違反については原則として第３２条（労働時間）違反となると労働法コンメンタールに記載されています。
すみません。これから出かけなければならないので、とりあえず回答しておきます。
ご回答くださいましてありがとうございます。
ちょっと難しく、いただいたコメントを何度も拝読させていただきました。
おぼろげながらイメージできましたのは、
『「例により」としているだけだから、たとえ違反したとしても、例とした条文の違反になるわけではない』という理解に落ち着いたのですが、いかがでしょうか…。
当方、数ヶ月前から貴ブログを興味深く読ませていただいている者です。
いきなりコメントによる質問をさせていただきまして大変失礼致しました。
もともと検索でたどり着いたのですが、購読や質問等には何か貴塾の資格や手続きが必要でしたでしょうか？
もし不適切なようでしたら申し訳ございませんでした。
前回の回答、荒い回答でした。
私見ですが（通達に私見というのはおかしいのですが）、再回答させていただきます。
そもそもこの規定はご承知のように、平成１０年法改正（平成11.04.01改正施行）により途中採用者や途中退職者についても、同一の事業場内において同一の１年単位の変形労働時間制度が適用できるように創設されたものです。
対象期間の全期間在籍している労働者は、全期間を通して第３７条（第３３条による時間外労働等は無いものとします）による割増賃金が支払われれば支払賃金に不足は生じませんし、当然に１年単位の変形労働時間制の法の趣旨に沿うことになります。
一方、途中採用・退職により対象全期間在籍しない労働者の場合には、繁忙期間のみ在籍し変形労働時間制のデメリット分だけが適用され閑散期間のメリット分が適用されないことが起こり得ます。
そこで、繁忙期間のみ在籍する場合であっても、その期間の週４０時間（法定労働時間）超労働時間については、その期間の第３７条による割増賃金分を除き、第３７条の例による割増賃金分を支払うことにより「賃金の清算」させることにしたもので、第３７条の規定の割増賃金とは性格を異にするともの考えます。
よって、この条（法第３２条の４の２［賃金清算］）違反は、第３７条違反ではないと考えます。
なお、当ブログのコメントについて、当然資格や手続等不要です。私、社労士受験の支援になればと当塾を立ち上げました。
一緒に勉強するスタンスでコメントしていただければ幸です。
こんにちは。たびたび詳しいご解説をいただきましてありがとうございました。
変形労働時間制では長時間労働しても37条の時間外労働にあたらなくなるという前提から、途中入社の者も特定の部分だけを切り取って、それを即37条違反だとするのはおかしい、ということですね。あくまで清算のためであり、性格を異にするものだというご解説ですっと氷解致しました。
本当にありがとうございました。
今後もエントリーを楽しみに、勉強をさせていただきます。
ご迷惑をおかえしないよう努力したいと思っておりますが、今後ともどうぞ宜しくお願い致します。
訂正前
第３７条の例による割増賃金分を支払うことにより「賃金の清算」させることにしたもので、第３７条
の規定の割増賃金とは性格を異にするともの考えます。
訂正後
第３７条の例による割増賃金を支払うことにより
「賃金の清算」をさせることにしたもので、第３７条の規定の割増賃金とは性格を異にするものと考えます。
注意しているつもりですが、１００％ノーミスは難しいですねσ（^◇^；；
どうぞ、よろしくお願いします。