ＪＭＥエディタ？

ご訪問ありがとうございます。


「２Ｄ表記を３Ｄ構造化」に続き、またまた「3DMET」からです。


「3DMET」のドキュメントの最後にある「Acknowledgement」＝謝辞 に、
　　JME editor, using to exchange from drawing picture to SMILES string
　　in this page, was kindly provided by Peter Ertl, Novartis AG.
すなわち
　　画像からSMILES文字列への変換に用いたJMEエディタは、
　　ノバルティスAGのピーターエルトル氏から提供を受けた。
（でイイのかな。）
とあります。


JMEエディタ って？
「JME Molecular Editor」これ、ですか？
　　JME Molecular Editor is a Java applet which allows to draw / edit
　　molecules and reactions (including generation of substructure queries)
　　and to depict molecules directly within an HTML page.
　　Editor can generate Dayligh SMILES or MDL mol file of created structures.
つまり
　　JME 分子エディタは、分子と反応（クエリの生成を含む）の描画／編集が出来る
　　Javaアプレットであり、HTMLページ内で直接行える。
　　さらに、出来た構造に対するSMILES文字列またはMDL molファイルを生成する。
と云うことのようです。

「Symyx Draw」とはまた違った構造図作成ツールですネ。

そして、
　　非営利目的に限り無償で入手できる。
　　作者の Peter Ertl さんに要求すると、アプレットがメールで送られてくる。
とのことです。

でも、オンライン状態で、試用できますね。

「Molinspiration WebME Editor」で、
「Try the WebME Molecular Editor」をクリックすると、使える！


但し、
　　This is a Molinspiration server side molecule editor based on Ajax technology.
　　We would highly appreciate your feedback, error reports and suggestions.
　　Mail please to info[at]molinspiration.com or use the feedback form under the WebME.
つまり、
　　これは、Ajax技術に基づいて、Molinspiration サーバで動くエディタです。
　　皆様のフィードバック、エラー報告、ご提案を、切に希望します。
　　電子メール又は、WebMEの下にあるフィードバックフォームを使って下さい。
とのことです。


キャンバス(？)で“お絵かき”し、(これは、例によって「酢酸」です。)


「Submit」ボタンをクリックすると、
「SMILES文字列」が生成され、その他情報が表示されます。


さらに、BETA版のようですが、「Get 3D geometry」リンクもあります。
クリックすると、「Jmol」様の画面で、３Ｄ構造が見られます。



そして、「Molfile」ボタンで３Ｄ座標データがダウンロード出来る！

この「WebME Molecular Editor」は、「Clear」ボタンを押さない限り、
過去に描いた構造を記憶しています！（上の構造図がそうです。）

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産総研：RIO-DB

ご訪問ありがとうございます。


「産総研」とは、「産業技術総合研究所」(ＡＩＳＴ)のことで、
以前に、「研究所一般公開 見学」で、
「関西センター」の「結晶構造ギャラリー」を見ました。


今回の「産総研：RIO-DB」は、
大本山(？)のデータベースですね。



全体が９のカテゴリーに分かれています。


「化学」、「地球」、と「情報処理」あたりが＜紙＞の興味の有るところ？？？


「地球」をクリックすると、
真ん中より一寸下に
「地質標本データベース」があり、
そこの３番目に「岡本鉱物標本データベース」がありますネ。



岡本標本とは、なんぞや？


　　岡本標本とは、
　　鉱物収集家・研究家である岡本要八郎博士（1876～1960）の収集による
　　鉱物コレクション（少量の岩石標本を含む）のことである。

と、由緒あるものなのダ。


全てに画像がある訳ではないので、
一番上にある「画像表示メニュー」をクリックして
出てくる一覧画面の一番下にある「珪酸塩鉱物」
の一覧をちらちら見ていたら、
「黄玉」とあったので、クリックしてみると、
「英名：topaz」とありました。
（画像のキャプチャは控えます。）


また「緑柱石」の産地は「茨城県真壁郡真壁町山ノ尾」とありました。
今は、桜川市でしょうか。

脱線しますが、
フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』では、
　　真壁郡（まかべぐん）は、かつて茨城県に存在した郡。
とあります。

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検索サイト：PubChem

ご訪問ありがとうございます。


「PubChem」なる検索サイトがありました。



これは、
　　NCBI:National Center for Biotechnology Information
の検索サイトですね。
で、NCBI って、
　　U.S. National Library of Medicine
　　8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894
「メリーランド州ベセズダ」にあると云うことですか。


この「PubChem」で、「ginkgolide」を検索してみました。
なんと５６件も見つかりました。




１番目に出ている「Ginkgolide B」＝「CID:65243」をクリックすると、
２Ｄ表示ですね。そして「2D SDF」ファイルがダウンロードできる。




ＳＤＦファイルって？・・・・・それは置いておいて？？？
２Ｄですが、「C20H24O10」の(20+24+10=)54原子全てがあります。




でも、残念ながら３Ｄは有りませんでした。




かなり膨大なデータベースのような気がします。・・・・・

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２Ｄ表記を３Ｄ構造化

ご訪問ありがとうございます。


「3DMET の元 COMPOUND DB」に続き、「3DMET」からです。

「3DMET」では、
　　Two dimensional mol files of the COMPOUND database were
　　transformed to three- dimensional structures
　　(SYBYL mol2 format) by CONCORD standalone.
すなわち
　　「COMPOUND database」の２次元「mol files」を、スタンドアロンの
　　「CONCORD」で、３次元構造（SYBYL MOL2形式）に変換している。
とありました。

でも、「CONCORD」は有償ソフトですね。（３０日間体験版がありますが）
これは、「SYBYL」の一部なのかナ？


さらに、「3DMET」には、
　　CORINA is also used to convert 2D structures to 3D structures.
すなわち、
　　２Ｄ構造を３Ｄ構造化する為に、「CORINA」も使っている。
とありました。

「CORINA」も基本的には有償ソフトですが、
「Molecular networks／inspiring Chemical Discovery」の
ホームページには「demos」タブがある。

この「demos」タブをクリックすると、
「Online Demonstrations and Services」が現れる。
この中の、
「Software」の１番目
　・ CORINA: 3D structure generation
でオンラインだと「CORINA」が使える。

２Ｄで表現した分子構造から３Ｄ構造を作り出してくれる。
スバラシイ！




「CORINA」リンクをクリックすると、
「Online Demo - CORINA」ページになり、
“SMILES”表記文字列を入力し、「Submit」ボタンを押すと、
３Ｄ構造が「Jmol」で表示される。



「Symyx Draw と Winmostar」で知った「SMILES 表記」は、
正に２Ｄ構造の表記ですね。
それを、「CORINA」は３Ｄ化してくれる。

結果の構造は、Jmolで表示できる。
そして、PDB形式ファイルでのダウンロードもできる。


（これは、Demo 例：L-alanine です。）


残念ながら、「InChI 表記」には対応していないようですが。
「SMILES 表記」も捨てたものでない(？)ですね。

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3DMET の元 COMPOUND DB

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「3DMET」を良く良く調べてみると、
　　All structures of this version of database (release 2.0) is based on
　　the COMPOUND database, a part of the LIGAND database in GenomeNet,
　　including 2D structure files written by MDL mol (SD) format.
すなわち、
　　このバージョンのデータベース（リリース2.0）のすべての構造は、
　　「GenomeNet」の「LIGAND database」の一部である「COMPOUND database」に
　　基づいていて、MDL mol（SD）形式で書かれた２次元構造を含んでいます。
とありました。


それで「KEGG LIGAND Database」とは？

５つのデータベースから成っていて、
その１番目が「COMPOUND database」ですね。




そして、「COMPOUND database」は、
Kyoto University Bioinformatics Center の検索サイトですね。




これで、「ginkgolide」を検索してみました。
すると、3DMETより１つ多い、５件見つかりました。




そこで、「Ginkgolide B」の「Jmol」をクリックすると構造が、
Jmol で表示されるが、平面的(２Ｄ)ですね。





「3DMET」では、これを３Ｄ化して格納しているとのことでした。
だから、数が少ないのカナ？

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