Perl の処理速度(例)

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「結局 Perl になりました。」と云うことで、より本格的のものを作ることになりました。


現状は、FORTRAN で動いているが、Perl 一本で済ますことにしたい。
と云うことで、Perl に移植(？)しました。


処理内容は非常に単純なものです。

入力ファイルを一行ずつ読んで、フィールドを並べ替えて出力する。
データは入出力とも英数字だけのテキスト形式である。
各行は固定フォーマットである。
但し、一定行数毎に区切りの行を挿入(出力)する。
処理本体は、数行で済む様な、
掛け算、足し算、数字から英字への変換だけである。


なお、一定行数は約２００行で、その組が２万ほどある。
つまり、４００万行を処理する。

入力行は１２０桁程なので、５００Ｍバイト以上のファイルである。
テキストエディタ(ｖｉ)では扱えないサイズのものである。


FORTRAN では、殆ど format文で読んで、format文で出力している。

これを、Perl で作りました。これで、Perl ５本目です。


実行して、処理時間を比較しました。
といっても、腕時計か、出力ファイルのタイムスタンプでの計測ですが。


FORTRAN では約１２分でした。
Perl では約１３分でした。

つまり、このような処理では、
コンパイラ言語に比べて１割程度のオーバヘッド
と云うことでしょうか。

なかなか、優秀なインタプリタですね。

何かの参考になりましたら、幸いです。


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化学部活：オングストローム

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分子の大きさや、原子間の距離、原子の直径などを表す単位としては、
オングストローム(Angstrom)が使われています。

「国際単位系(ＳＩ)」には入っていない長さの単位ですが。

Wikipedia の「オングストローム」では、

　　国際単位系(ＳＩ)の正式な単位とはされていないが、
　　広く使われていることからＳＩでは暫定的に併用することを認めている。

とありました。


昔、習ったときは10の-10乗メートルのことでした。
今では、正確には、1.0000002×10の-10乗メートルのようですね。

ＳＩ単位で表すと、0.1 ナノメートル(nm)、または 100 ピコメートル(pm) になります。


「化学部活：エタノール」で作った構造の中で、
結合しているＣ(炭素)(Atom#1)とＯ(酸素)(Atom#3)の距離は、1.3985 Angstrom
と表示されました。






なお、水素原子の直径は、0.5 Angstrom だそうです。

と云うことで、２日目(？)終了です。



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メーカ製ＰＣにソフト追加

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今年の初めのことですが、買ったばかりの新規ＰＣ(と相当状態)へ、
ソフトを追加インストールする作業が、２台立て続けにありました。

インストールしたソフトについて、「avast! antivirus」で書いた、
「自分のパソコンに追加インストールしているソフトランキング」
と対比してまとめてみます。
(左端の No. は上記ランキングの順位です。)


１台目は「Windows 立ち上がらず (２)」で書いた、
３～４年ほど前のメーカー製 Windows XP マシンです。

再セットアップ＝買った状態から、

No. 1 ウィルス駆除ソフト：職場指定のもの
No. 2 ファイル圧縮解凍：Lhaplas
No. 3 オフィス用ソフト：MS Office XP Pro
No. 6 画像処理ソフト：(特定用途アプリ各種)
No.13 メールソフト：職場指定(Becky!)
No.14 画像ビューア：IrfanView

その他には、ＡＴＯＫと Acrobat Reader です。

逆に、ウィルス駆除ソフトや家庭用のもろもろのソフトは
アンインストールしました。



もう１台は、昨年販売されたばかりのメーカー製 Windows Vista マシンです。

買ったばかりの状態から、(開梱から始める)

No. 1 ウィルス駆除ソフト：職場指定のもの
No. 2 ファイル圧縮解凍：Lhaplas
No. 3 オフィス用ソフト：MS Office 2007 Pro
No. 6 画像処理ソフト：(特定用途アプリ)
No.13 メールソフト：職場指定(Becky!)
No.16 ＦＴＰソフト：FFFTP

その他には、(telnet が無かったので)TeraTerm と Acrobat Reader です。
(Vista マシンには、telnet はデフォルトではインストールされていない
ことは、後で分かりました。telnet を入れて、TeraTarm は止めました。)

このマシンはワークステーション用なので、家庭用のソフトは入っていなかった。


こうやって見ると、メールソフトの順位が、上記のランキングでは意外と低いようですね。


なお、＜紙＞個人では、最初のものと同様なソフトになります。
でも、下記もありますが。　と云うことは、No.1～No.9 は全てです。
No.10～No.12 は入れていないです。

No. 4 音楽プレイヤー
No. 5 葉書・年賀状作成ソフト
No. 7 CD・DVDライティングソフト
No. 8 インターネットブラウザ
No. 9 動画プレイヤー


結果的には、上記のソフトランキングのＴＯＰ１０は、
殆どの個人使用ＰＣには入っていると云うことでしょうか。
あと、メールソフトはどうなんでしょうか？

業務用では、４位以降は変わって来るような気がします。

何かの参考になりましたら、幸いです。


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化学部活：エタノール

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「仮想 高校 化学部 部活 ？」を本格的(？)に始めました。
まず、Facio の表示をカスタマイズしました。

１．結合棒？の太さを変更(少し細く)し、
２．背景色を変更(少し明るく)し、iniファイルに設定しました。


次に、“分子軌道計算”用ソフトをインストールすることにしました。

６種類ある中で、MOPAC に決めました。
その他の５つの外部プログラムについては、以下の通りです。

MSMS は、溶媒排除表面の計算用、
TINKER は、分子力学計算、ペプチドのモデリング用、
Gaussian は、分子軌道計算用であるが、商用＝有償、
　なので、除外。

UTChem は、分子軌道および分子動力学計算用であるが、よく分からない。

PC-GAMESS/WinGamess は、無償であるが、解凍パスワードを貰わないといけない。
　面倒なので、ヤメ。


それで、残ったのが、「MOPAC」だけでした。

色々なバージョンのものがあったが、最新のものは有償であり１つ前の、
バージョン７はベータ版なので、結局バージョン６にしました。


Facio のマニュアルにある「URL」から、MOPAC をダウンロードしてインストール。
インストールといっても、解凍するとmopac6.exe １ヶなので、
適当なフォルダに格納しただけです。
そして、Facio に、その exe の場所を設定しました。


これで、Facio が本格的につかえる　かな？

手始めに、昨今話題のバイオエターノルから「エタノール」分子を題材としました。
化学式は、Ｃ2Ｈ6Ｏ ですか。　いや、Ｃ2Ｈ5ＯＨ とした方がいいのでは？

Wikipedia では「エタノール」とあります。
　　エタノール(Ethanol)はアルコールのひとつ。
　　慣用名としてエチルアルコール(ethyl alcohol)と呼ばれる。

そうか、昔、エチルアルコールとメチルアルコールを習ったな。
メチルアルコールは「目散る」＝危険　と聞いたような気がする。


そこで、Facio のＰＤＢファイルを探したらエタン(Ethane)があったので、
此を読み込んで、１つのＨ(水素)をＯＨ(水酸基(で良いんだっけ))に置き換え、
MOPACで構造最適化を行った。


元のエタン




Ｈ を ＯＨ に換え




MOPAC で構造最適化


エタノールの分子構造はこうなっているんだ。
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結局 Perl になりました。

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「Perl の勉強始めました」が、Perl がUNIXセンタに入っていなくて、
「AWK の勉強始めました」になりました。

最初 Perl で作ったプログラム３本を AWK に移植し、Windows 上でテストしました。
さらに、もう１本、新規に AWK で作りました。

では本番。
FTPでUNIXセンタに転送し、テスト。　完動ですね。


ところがである。このセンタに「Perl」を入れて貰ったので・・・・・ン？

そう、「やはり Perl で開発することにしましょう。」・・・・・ってどう云うこと！

ですが、AWK にも移植できる範囲(Perl のフル機能は使わない)、移植し易いように。
との注文が付きました。


深呼吸をしました。


当面は、Perl に注力することにしました。
AWK で追加した１本も、Perl で作り直して、当面の４本は完成です。

いい参考書を見つけましたので、ブックマークしました。

「とほほのperl入門」です。

杜甫々 さんに 感謝！感謝！


これですっきりしたので、勉強 頑張ろう～！

何かの参考にな・・・る訳無い！？！？！？　
　　　　


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