化学部活：エタノール

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「仮想 高校 化学部 部活 ？」を本格的(？)に始めました。
まず、Facio の表示をカスタマイズしました。

１．結合棒？の太さを変更(少し細く)し、
２．背景色を変更(少し明るく)し、iniファイルに設定しました。


次に、“分子軌道計算”用ソフトをインストールすることにしました。

６種類ある中で、MOPAC に決めました。
その他の５つの外部プログラムについては、以下の通りです。

MSMS は、溶媒排除表面の計算用、
TINKER は、分子力学計算、ペプチドのモデリング用、
Gaussian は、分子軌道計算用であるが、商用＝有償、
　なので、除外。

UTChem は、分子軌道および分子動力学計算用であるが、よく分からない。

PC-GAMESS/WinGamess は、無償であるが、解凍パスワードを貰わないといけない。
　面倒なので、ヤメ。


それで、残ったのが、「MOPAC」だけでした。

色々なバージョンのものがあったが、最新のものは有償であり１つ前の、
バージョン７はベータ版なので、結局バージョン６にしました。


Facio のマニュアルにある「URL」から、MOPAC をダウンロードしてインストール。
インストールといっても、解凍するとmopac6.exe １ヶなので、
適当なフォルダに格納しただけです。
そして、Facio に、その exe の場所を設定しました。


これで、Facio が本格的につかえる　かな？

手始めに、昨今話題のバイオエターノルから「エタノール」分子を題材としました。
化学式は、Ｃ2Ｈ6Ｏ ですか。　いや、Ｃ2Ｈ5ＯＨ とした方がいいのでは？

Wikipedia では「エタノール」とあります。
　　エタノール(Ethanol)はアルコールのひとつ。
　　慣用名としてエチルアルコール(ethyl alcohol)と呼ばれる。

そうか、昔、エチルアルコールとメチルアルコールを習ったな。
メチルアルコールは「目散る」＝危険　と聞いたような気がする。


そこで、Facio のＰＤＢファイルを探したらエタン(Ethane)があったので、
此を読み込んで、１つのＨ(水素)をＯＨ(水酸基(で良いんだっけ))に置き換え、
MOPACで構造最適化を行った。


元のエタン




Ｈ を ＯＨ に換え




MOPAC で構造最適化


エタノールの分子構造はこうなっているんだ。
と云うことで、１日目(？)終了です。


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