仮想 高校 化学部 部活 ？

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脇道にそれて、ついつい「分子構造３Ｄ表示」で検索たところ、
「goo」でも、「google」でも、「Yahoo! JAPAN」でも、
１番目にヒットしたのが、「３Ｄ分子モデル作成ソフト Facio」でした。


このソフトは、化学分野の専門的なアプリケーションでしょうが、
「ベクターソフトニュース － 2003.07.30」にも取り上げられていますね。
「PDB形式のデータを読み込み、３Ｄの分子モデルを表示・作成できるソフト」とあります。

また、作者のホームページでは、
　　Facioという名称は、ラテン語の「私は作る」からとりましたので、
　　発音は「ファキオ」としていただければ幸いです。
とあります。


Vector の新着ソフトレビューの当時(H15.7.30)は、Windows Me/98 対応だったようですが、
「最新バージョン（2008年12月13日公開）」は、11.8.6 で、
同梱のドキュメントには、「Windows のレジストリは一切変更しません」とあり、
Windows XP でも、Windows Vista でも動きました。


作者のページには、
「・・・・・
　　この他、Facioには、次のような量子化学計算の結果を可視化する機能があります。
　・・・・・」

とあるように、
本来の目的は、３Ｄグラフィックスエディタで分子モデルを作成し、
PC-GAMESS/WinGamess、MSMS、TINKER、Gaussian、UTChem、MOPAC といった
外部プログラムを利用して、量子化学計算を行うもののようです。

結果の構造を３次元表示する処に興味を持ち、勝手に科学部 部活動を始めました。


インストールは、ダウンロードした Facio118.zip を適当なフォルダに解凍するだけですね。
「Facio.exe」へのショートカットをデスクトップに作りました。

まだ、同梱の分子構造データを開いて、３Ｄグラフィックスを眺めているだけですが・・・・・


手始めに、H2O.pdb ファイルを開いて表示させてみました。
水の分子構造図ですね。





因みに現実の＜紙＞は、中学時代は「放送部」に所属し校内放送のお手伝いと、
放課後では火花放電でのノイズによる中波の到達距離なんかを調べて遊んでいました。
理科(物理系)というか、技術家庭科というか、電気工学というか、・・・・・

高校時代は、アマチュア無線従事者免許を取得した頃だったので、
「アマチュア無線部」立ち上げの発起人の１人となり、
電子工学／無線工学っぽい世界でした。

その後も、会社では情報処理の世界、ソフトウェア工学っぽい世界なので、
化学とは全く関係ない世界で過ごしてきました。

部活動をがんばろう！　


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特定用途アプリ(５)

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「特定用途アプリ(４)」では、「CFD-ACE+」でした。

今回は、KaleidaGraph(カレイダグラフ)と云う、グラフ作成・データ解析
用ツールについて書きます。


KaleidaGraph を知り、使い始めたのは「特定用途アプリ(３)」で書いた
「Mathematica」と同時期でした。


見た目は、MS Office のエクセルのようなものです。
スプレッドシートに値を入力し、各種のグラフを作成するものです。

これだけなら、エクセルでも十分ですね。

価格も、KaleidaGraph(単体？)で、MS Office Professional 以上です。


そこは、特定用途アプリと云うだけあって、「データ解析」が強力なのですね。

＜紙＞が使っていたのは、エクセルと大差ないレベルがほとんどでしたが、
違いは、観測データをプロットし、それのカーブフィッティングがありました。


ほんの一例ですが、下の図のようなものです。
観測データを赤丸点でプロットしたものを、指数関数でフィッティングしたのが
緑色の曲線です。







このような「特定用途アプリ」は、「HULINKS社」が各種販売しているようです。
　　分野別：グラフ作成 | 統計解析 | カーブフィット | 化学 | バイオ | 環境・地学 |
　　　　　　　画像解析 | グラフィック | 開発 | デジタル資産管理 | more...

こんなこと、何かの参考になりましたでしょうか？　



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AWK の勉強始めました

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「Perl の勉強始めました」と云うことで、
実用的なプログラムを３本ほど作り、Windows 上でテストしました。

では本番。FTPでUNIXセンタに転送し、コマンド起動を試みましたが「Perl」がない！！！

そう、このセンタには「Perl」が入っていなかった？？？
ならば、「やはり AWK で開発することにしましょう。」・・・・・ってどう云うこと！


気を取り直して、「awk」を検索。
Windows 上では、gawk(GNU AWK)にすることにしました。

早速、gawk(for Windows)をダウンロードして、展開しました。
さらに、GUI を提供してくれるすばらしいソフト「おーくの友だち」も一緒に展開しました。
河合さん 感謝！感謝！


兎に角、AWK を使い始めるために、最小の手間での動作確認をしました。

適当なテキストファイルを作り、
１行だけのプログラム(スクリプト？)ファイルを作り、
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－-
{print}
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－-
「おーくの友だち」で実行・・・・・
ＯＫでした。　　感動！　？？？


AWK では、
open文、close文、ファイルの読み込み、は書かなくていい。
だから、ファイル読み込みの為の while文は不要になる。
また、１行読んだらフィールドに分解されているから、split関数も不要になる。


使用予定の、
printf文、for文、if文、などは、Perl と似たり寄ったり。
文字列の連結は、「空白」で。

但し、print文では自動的に改行される！(printf文はPerlと同じく自動改行されない。)


注意するのは、配列の添字が AWK では１から、Perl では０から。
あと、命令の終わりに；が必須かどうか。Perl では必須ですね。


そうこうして、何とか Windows 上でgawkプログラミングができそうです。

gawk は awk の拡張版(？)のようなものなので、awk の仕様で書けばいいですね。


gawkの言語仕様の方が、変数名に＄を付ける必要がないこと、など Perl より良いかも。


十分に勉強しなければならないのは、「正規表現」ですね。
使いこなせば、もの凄く強力なモノでしょうから。

気を取り直して今度は AWK の勉強、頑張らなくっちゃ！


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Perl の勉強始めました

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　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　青文字箇所訂正しました。

この２年くらいで、＜紙＞が使った(勉強した)言語について整理します。

まず、ActiveBASIC V4.24 ですが、昔の ActiveBASIC はインタプリタだったが、
コンパイラになっていたので、処理速度の向上が見込めると、使い始めました。

ちょうどその頃、「特定用途アプリ(３)」で書いた、Mathematica を使っていたが、
いくら速いと言っても、所詮インタプリタで整数演算に限定すれば、ActiveBASIC
にはかなわない。１００倍ほどの違いがありました。
Mathematica と ActiveBASIC(整数演算)のいいとこ取りです。

次は、このブログを始める前に遊んでいたＰＩＣ用クロスコンパイラとして、
mikro BASIC、 Great Cow BASIC、 Swordfish BASIC といった、BASIC系
続いて、ＵＳＢデバイス用にしたいために勉強した Ｃ１８ と、ＳＤＣＣ のＣ言語でした。


今年に入って、訳あって(訳が無ければやらないでしょうけど)、
ＵＮＩＸ上でのプログラミングをやり始めました。

言語は何が良いか？ Windows 上でも使えるもので・・・・・

検索した結果、Perl が良い。それも「ActivePerl」にしよう。名前が良い。
そこで、思い出しました。
８年前くらいに「CGI & Perl ポケットリファレンス」なる400頁超の本を買っていた。

早速、ActivePerl(for Windows)をダウンロードして、インストールしました。
.pl ファイルは、Perlインタプリタに関連づけられました。

早速、print文、sub文、abs関数、sleep文 を使ってプログラム(と呼べる？)を作り
動作確認しました。ＯＫでした。
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－-
print "abc￥n";
$aa=-1;
&subp($aa);
print $aa."￥n";
sleep(30);
sub subp{
　print abs(@_)."￥n";
}
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－-
　　　　　　　　　　￥記号は不可なので、全角で追記。先頭全角空白も追加。

他に必要なのは、open文、close文、とファイルの読み込み、printf文、
while文、for文、if文、split関数、くらいでしょうか。
分からなかったのは、文字列の連結でしたが、「.」(ピリオド)だったんですね。

そうこうして、何とか Windows 上でPerlプログラミングができそうです。
後は、FTPでUNIXセンタに転送し、コマンド起動ができればと云うところです。


ActivePerlの言語仕様の印象は、Ｃ言語に近いかなと云う感じです。
ただ、変数名に＄を付けること、配列は＠を付けること、に慣れないとダメかも。

Perl では、URLを指定して、ホームページを入力することもできるようなので、
いろいろ、使えそうです。

これから勉強、頑張らなくっちゃ！



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Imagicon：画像のアイコン化

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以前、「画像ファイル形式の変換」で、ＢＭＰ、ＪＰＥＧ、ＧＩＦ、ＰＮＧ、ＴＩＦ などなどを、
相互に変換するソフトについて書きました。

さらに、任意形式のファイルを変換してくれる、フリーのサイトについても：
「ファイル形式の変換」



今回は、画像をアイコン化するフリーソフトを見つけたので紹介します。
対応している画像ファイルは、ＢＭＰ、ＪＰＥＧ、ＰＮＧ の３種類です。

画像ファイルをドラッグ＆ドロップするだけで、アイコンがつくれます。
できるアイコンのサイズは、
16×16、32×32、48×48、64×64、128×128、から選べます。

Imagicon と云う名前のソフトで、
「deviouscodeworks」のページからダウンロードできます。


機能としては、他に、
サイズを変更(10％～100％に)して、３種類のファイル形式相互の変換もできます。


インストールは、ダウンロードした「ImagiconSetup.exe」をダブルクリックするだけ。
動かし方は、デスクトップにできたショートカットをダブルクリックするだけ。
変換は、下のようなウインドウに、元となる画像ファイルをドラッグ＆ドロップするだけ。






といった、シンプルなものです。

何かの参考になりましたら、幸いです。


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