VM-Linux：CP2K 導入

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新ＰＣは、CPU 性能が従前マシンの３倍ほど速いもの？
CP2K でその実力を試したい！

VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入し、g95 も導入したので、
早速「CP2K」をインストールしてみることにしました。


VM-Linux は、純粋な(？) Ubuntu ですから、
CP2K 導入手順は、andLinux の時と同様ですね。

先ずは、LAPACK インストール

本家 からダウンロード。
現在の最新版は「LAPACK-3.2.1.tgz」ですね。
　　１．「tar」で展開する。
　　　　tar xvzf lapack-3.2.1.tgz
　　２．サンプルから、「make.inc」を作る。
　　　　cd lapack-3.2.1
　　　　cp make.inc.example make.inc
　　３．「make.inc」を、以下のように変更する。
　　　　FORTRAN = g95
　　　　OPTS = -O2
　　　　DRVOPTS = $(OPTS)
　　　　NOOPT =
　　　　LOADER = g95
　　　　LOADOPTS =
　　４．「make blaslib」でBlasを生成し、
　　　　その後「make lapacklib」でLapackを生成する。
　　　　make blaslib
　　　　・・・・・・・約20秒(従前PCの３倍速)
　　　　make lapacklib
　　　　・・・・・・・約4分15秒(従前PCの1.4倍速？)
　　５．これらのファイルを名前を変えてライブラリに格納する。
　　　　sudo cp blas_LINUX.a /usr/local/lib/blas.a
　　　　sudo cp lapack_LINUX.a /usr/local/lib/lapack.a


そして、CP2K インストール

本家 から、
「CP2K」をダウンロード。(cp2k.tar.gz)
　　１．「tar」で展開する。
　　　　tar xvzf cp2k.tar.gz
　　２．マシンに合ったスクリプトから「test1.sopt」を作る。
　　　　cd cp2k/arch
　　　　cp Linux-i686-g95.sopt test1.sopt
　　３．「vi test1.sopt で、LIBSの部分」を、以下のように書き換える。
　　　　LIBS = /usr/local/lib/lapack.a /usr/local/lib/blas.a
　　４．今作った「test1.sopt」に沿ってcp2kをコンパイルする。
　　　　cd ../makefiles
　　　　make ARCH=test1 VERSION=sopt
　　コンパイルが終わるのを10数分待つ。
　　　　・・・・・約13分(従前PCの1.5倍速？)
　　５．「../exe/test1/」に「cp2k.sopt」というファイルがあればコンパイル成功

ありました！

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これで、VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)にCP2Kが導入できました。

早速、適当(？)に走らせてみました。
CPU性能的には、やはり３倍 速そうです。

上記コンパイルでは、IO が絡むので、その分速く見えない？

総合性能では、1.5 倍くらいと見るべき？？？　 　　　



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VM-XP に andLinux 導入！

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VM-Linux(Ubuntu 8.04.2)を導入しましたが、・・・・・

VMware 仮想マシン上の Windows XP でも、
andLinux がインストール出来るものなのか試してみました。

結論から云うと出来るんですね。
つまり、VMware 仮想マシンは、
本当に「本物のマシン」と思ってもいい？

手順は、昔の記事
「coLinux＋Ubuntu＋Ｘ＝andLinux」
「andLinux：g95 インストール」
「andLinux：初期？ 設定」
の通りで大丈夫でした。

仮想マシンの Windows XP は、
HDD はデフォルトの 40GB ですが、
メモリは 1GB にしました。

そして、andLinux のインストールでは、
１．インストール先は　C:￥andlinux￥
２．メモリ容量は、512MB
３．サウンドは、なし
４．ファイル共有方式は、CoFS
　　で、共有ディレクトリは、C:￥to4linux￥

インストール後に行ったのは、
１．「日本語ＫＢ」対応
　「sudo loadkeys jp106」
２．「タイムゾーン」の設定
　「sudo dpkg-reconfigure tzdata」
　とすると、選択肢の画面がでるので、
　「Asia」を選んで「OK」すると次の画面が出る。
　「Tokyo」を選んで「OK」すると設定完了。
３．「root」のパスワード設定
　「sudo passwd root」で。
４．インストールしたパッケージのアップデート
　「su」しておいて、
　「apt-get update」
　「apt-get upgrade」

結果の(証拠の？)画面スナップショットは、

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何かの参考になりましたら、幸いです。　 　　　



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Linux(Ubuntu)導入

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新ＰＣ(Windows 7 x64)にも、従前マシン：Linux(Ubuntu) on XP同様に、
Linux(Ubuntu)を導入しました。

手順としては、
Linux(Ubuntu) on XPの時は、古いVM 版であったので、いろいろトラブった。
そこで
「Ubuntu 9.10 導入」のように、ゼロからのインストールにしました。

ただし、バージョンは、8.04LTSにしてみました。
LTS って、Long Term Support (長期サポート版)のことでしたね。


「Ubuntu Japanese Team」ページの「Ubuntuの入手」にある、
「日本語 Remix CD イメージ」(ubuntu-ja-8.04.2-desktop-i386.iso)
をダウンロードしました。
以前使ったものより新しい、リリース２ですね。
それなりにアップデートされている！

これを、「VMware Player 3」でマウントして、
ＶＭ仮想マシンでインストールを実行。

これでも、２３２個のアップデートがありましたが、
VMwareTools のインストールも含め、
作業開始から終了まで５０分程度で完了しました。


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と云うことで、Linux(Ubuntu 8.04.2)も導入できました。　 　　　



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PerlMol 導入

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「PerlMol」を知ってから、４ヶ月近くも経過している。

「Download & Installation」にある、
「PPM package for Windows ActivePerl 5.8 」を
読んでもイマイチどうして良いか分からない（汗；


それで、「Manual install of the PerlMol bundle 」のやり方で、
「Ubuntu 9.10」に導入してみた。


　　１．Get the latest version of the PerlMol bundle.
　　　　・ SourceForge.net

　　２．Untar it in a temporary directory and change to that directory:
　　　　・ tar xvzf PerlMol-0.3500.tar.gz
　　　　・ cd PerlMol-0.3500

　　３．Build and install the modules:
　　　　・ perl Makefile.PL
　　　　・ make
　　　　・ make test
　　　　・ make install

と云う手順ですね。


この通りなら、
＜紙＞にも出来ました。



そして、
「Quick Tutorial」の「Chemistry::Mol」にあるコードを切り貼りして、
「mol.pl」を作り、
Perlを動かしてみました。
実行出来ました。




これで、「PerlMol」の導入はできたようですね。
でも、使えるとは云えませんね。

と云うことで、今日の 部活動(化学？) は終了です。
これは、「Linux系」に分類しました。　　　 　　　



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『Linux100%』って？

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「Linux100%　Vol.9」なる“ムック”を目にしました。

“ムック”と云うのは何？
フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』には、
　　ムック - 雑誌と書籍の性格を併せ持つ出版物。
とあります。

「Linux100%」は、月刊雑誌では無いようです。
このムックは、どうも「Linux」と云っても「Ubuntu」について書いているようです。

面白そうなのですが、定価1380円といささか高い(？)
なので、ネットで検索してみました。

「Linux100% Vol.9」ですね。

他の号では、「特設サイト」がありました。


Vol.9 で気になったものに、
「Sylpheed」・・・・・メーラ(いろいろ)
「Gmount-iso」・・・・・isoイメージ管理ツール(DAEMON Tools 他)
「Leafpad」・・・・・テキストエディタ(MIFES)
「Shutter」・・・・・画面キャプチャツール(QperCopy)
「ImageMagick」・・・・・mogrify コマンドで画像加工(PictBear？)
がありました。(括弧内は、＜紙＞Windows の場合)

以上５つのツールについて、
少し検索して、纏めてみました。
「Sylpheed オンラインマニュアル」
「パッケージ: gmountiso (0.4-0ubuntu3) 」
「文字コードを意識せずにテキストを表示・編集するには － Leafpad」
「Shutter － The Best Screen Capture Software For Linux」
「ImageMagick: Convert, Edit, and Compose Images - 」

これで、「Ubuntu 9.10」で、遊べ(？)そうです。


あと、このムックでは、仮想ＰＣ作成ツールとして「VirtualBox」を使っているが、
＜紙＞的には「VMware Player 3.0」ですネ。


さらに、「Nautilus」・・・・・名前だけは知っていたが？？？
　　Nautilus（ノーチラス）はGNOMEデスクトップの標準GUIファイルマネージャ。
だったんですね。きちんと勉強しました？？？

そうそう「Ubuntu」のデスクトップは「KDE」じゃなくて、「GNOME」でしたですね。
「Ubuntu」のデスクトップ環境を「KDE」に置き換えたのが「Kubuntu」？　　　 　　　



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