【論】Shyamsundar,2005,A DNA microarray survey ～

Radha Shyamsundar, Young H Kim, John P Higgins, Kelli Montgomery, Michelle Jorden, Anand Sethuraman, Matt van de Rijn, David Botstein, Patrick O Brown and Jonathan R Pollack
A DNA microarray survey of gene expression in normal human tissues
Genome Biol. 2005;6(3):R22. Epub 2005 Feb 14.
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・通常、マイクロアレイ解析は正常組織（control）と、病変組織等との比較が多いが、この論文では、人間の正常組織のみに着目し多様な組織サンプルの解析を行う。今後の研究の基準となるデータベースを構築する。
・データ：115サンプル。35種の組織。遺伝子数26260。
・解析内容
1.Hierarchical clustering of gene expression in normal tissues
2.Identifying tissue-specific gene expression ：　SAM法を使用
3.Estimating transcript abundance　（何をやっているのかよくわからず）
・本論文の結果の活用例
1.better understanding the physiology of various normal human tissues
2.developing a baseline for comparison to diseased tissues, including cancer
3.identifying tissue-specific diagnostic markers that signify tissue injury
4.discovering tissue-specific therapeutie targets
5.identifying tumor-sepcific diagnostic markers and therapeutic targets

《チェック論文》
[1]Saito-Hisaminato A, Katagiri T, Kakiuchi S, Nakamura T, Tsunoda T, Nakamura Y., Genome-wide profiling of gene expression in 29 normal human tissues with a cDNA microarray., DNA Res. 2002 Apr 30;9(2):35-45.
[2]Eisen MB, Brown PO.,DNA arrays for analysis of gene expression.,Methods Enzymol. 1999;303:179-205.
[3]Tusher VG, Tibshirani R, Chu G.,Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response.,Proc Natl Acad Sci USA. 2001 Apr 24;98(9):5116-21. Epub 2001 Apr 17.
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・もう50本は読んだかのような気分ですが、まだまだ30本目。だんだん読み方がいいかげんになってきているような気がします。ここ10本では、自分のテリトリー外で理解困難な論文が多かったのが大きいかも。