生体分子設計学 ２限目？

ご訪問ありがとうございます。


仮想高校生が「大学の講義」についていけるのかは疑問ですが、
第２限目「酸の強度」に進んでみます。

先ず、「メタノールとその解離型のエネルギーを計算しましょう。」 １．～ ５．
「WinMostar」で、構造を作り、


「MeOH.dat」として保存しておいて、
「MOPAC2009」で計算実行、・・・・・ 結果は、


と出るので、
　　HOF = -47.63831 KCAL
ですね。


続いて、「解離型の入力データ 」 １．～ ４．
「WinMostar」で「MeOH.out」を開いて、
水素を１つ削除し、「charge=-1」を追加して、


「MeOH-.dat」として保存しておいて、
「MOPAC2009」で計算実行、・・・・・ 結果は、


と出るので、
　　HOF = -33.98787 KCAL
ですね。


次は、「エタノールとその解離型」 １．～ ３．
「WinMostar」で「MeOH.out」を開いて、
水素を１つ「-CH3」に変えて、


「EtOH.dat」として保存しておいて、
「MOPAC2009」で計算実行、・・・・・ 結果は、


と出るので、
　　HOF = -54.88898 KCAL
ですね。

同様にして、解離型は、
　　HOF = -46.28359 KCAL
です。


以下、「その他の誘導体 」、「二塩基酸」
ですが、疲れました？


ところで、以上の計算結果から、酸性の度合いが分かるの？？？

一寸、授業を抜け出しました。

見つけました、
「pc-chem.info」の中の「Gas Phase Acidity」に酸性度に関する記述がある。
どうも、「HOF の差」をとれば良さそうです。


HOF の差
メタノール：(-33.98787) - (-47.63831) = 13.65044
エタノール：(-46.28359) - (-54.88898) = 8.60539

と云うことは、・・・・・
エタノールの方がメタノールより酸性の度合いが強い？？？


更に、上記「pc-chem.info」の記事を読み進んでみると、
　　ちなみに、MOPAC2007では酸素酸のpKaを予測することが
　　可能になっています(キーワードPKA)。
とあります。
「MOPAC2009」なら尚更なことですね。
「pKa」を直接計算できるんですね。


「MeOH.dat」の計算パラメータを、
「PM6 EF PRECISE DDMIN=0.0 pKa」に変えて、実行してみました。
　　　　pKa = 15.273
と、予測しています。
同様に「EtOH.dat」では、
　　　　pKa = 16.365

本にあった値は、
　メタノール：15.54
　エタノール：16.00
で、かなり近いですね。

そして、pKa が小さい方が酸性が強い。とあります。

ン。ダメですね。
上記「pc-chem.info」の記事にある、
　　結果は見ての通り惨敗です。
ですね。

こんがらがって来ちゃった。

と云うことで、よたよたです。 続くのかな？？？　 　　　



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