【論】Hero,Gene Selection and Ranking with～

Alfred O.Hero
Gene Selection and Ranking with Microarray Data
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・遺伝子の順位をつける際、単一の尺度ではなく複数の尺度を用いることを提案。
・順位付け法　：　各軸に各尺度を割り当てた座標中に遺伝子をまく。　たまねぎに例えると、より表面に近い皮に含まれる順で遺伝子を順位付ける。たまねぎの形状・皮の厚みはFDR(false discovery rate)で決定。　実際はたまねぎを分割⇒選択（象限の限定・尺度の閾値の設定）してから順位付けをする。
・アレイ：Affymetrix U74 mouse chips (12,422プローブ)　× 24枚
・尺度：
　実験1(時系列).　ξ₁: Jonckheere-Terpstra (JT) test statistic, 　ξ₂: one sided paired t-test statistic
　実験2(環境変化).　ξ₁: Mack-Skillings (MS) statistic, 　ξ₂: multivariate paired t (MVPT) test statistic
・多尺度を用いる方法が本当に"使える"ものかどうかが判然としない。検証不足？　単一尺度との比較、生物学的知識との比較など。
・たまねぎの中心をどこに置くかで、結果はかなり違ってくるはずだが・・・FDRだと自動的に決まってしまうのか？？
・尺度数2個、なんてケチくさいこと言わないで、100個ぐらいドーンとやったら？と素朴な疑問。　FDRさえわかればプログラミングはそう難しくはないはず。
・FDR→いまいち分からない。要勉強。

・「One of most important problems is to select a ranked list of genes which are both biologically and statistically significant based on a gene microarray experiment.」
・「The focus application of the paper is the analysis of temporal gene expression profiles and their role in exploring genetic factors underlying disease, regulatory pathways controlling cell function, organogenesis and development.」
・「A problem with this single criterion ranking method is that it is often difficult for the molecular biologist to articulate what he is looking for in terms of a single quantitative criterion.」

《チェック》
・統計処理(FDR含む)関連論文　http://faculty.washington.edu/jstorey/publications.html
・Hastie T, Tibshirani R, Eisen MB, Alizadeh A, Levy R, Staudt L, Chan WC, Botstein D, Brown P., 'Gene shaving' as a method for identifying distinct sets of genes with similar expression patterns., Genome Biol. 2000;1(2)