公益法人の変更登記申請などは非課税である。それは自分としては昔から当たり前のことであって、そういうものだと思ってとりわけ深く考えたこともなかった。
ところが申請用総合ソフトを使って登記を申請しようとすると、登録免許税の「非課税又は軽減措置が適用されるときは、その法律上の根拠を括弧内に入力してください」とある。
登録免許税法の別表二の非課税法人や、別表三の非課税の登記などをいろいろ調べてみたが、当然のことながらまったくわからないわけで、結局のところ問題はそういうことではなかったようだ。
１ 登録免許税法第２条は課税の範囲を定め、「登録免許税は、別表一に掲げる登記、登録・・・・（以下登記等という）について課する」としている。
２ 登録免許税法別表一は、一般社団法人、一般財団法人を含め、会社、外国会社や一部相互会社の商業登記に対する課税を規定しており（同２４号）、また特定目的会社（２５号）、投資法人（２６号）、有限責任事業組合（２７号）投資事業有限責任組合（２８号）等についても同様の規定があるが、学校法人、医療法人、事業協同組合等の公益法人に関する法人登記については規定がない。
３ よって、公益法人については、その法人登記につき登録免許税を課する規定がないので、課税することができない（租税法律主義：憲法８４条）。言い換えれば、”課税の根拠がないのが非課税の根拠”ということになる。
【結論】法律上の根拠
（登録免許税法第２条、登録免許税法別表一） ということで・・