ギンコライド(ginkgolide)

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部活動で、「ギンコライド ginkgolide 」なるページを見つけました。
解説には、
　　ギンコライド(ginkgolide)は、イチョウ(Ginkgo biloba)に含まれるジテルペンである。
　　・ 歴史・用途
　　　イチョウの樹皮および葉に含まれる苦み成分である。
　　　ギンゴライド類には血小板活性化因子(Platelet Activating Factor:PAF)
　　　の作用を強力に抑える働きがある。
　　　PAFはアレルギーや喘息を始め、さまざまな炎症に深く関わる因子であり、
　　　そのユニークな生理活性ゆえ各方面から注目を集めている化合物である。
　　構造も大変ユニークである。6個の5員環からなるきわめて特徴的な
　　かご型構造を有している。
　　また、t-ブチル基をもつ天然物としては、最初に単離されたものでもある。
とありました。

分子式は「C20H24O9：ギンゴライド」で、
Ａ、Ｂ、Ｃ、Ｍ、と４種類あるようです。（更に、Ｊ も？）
で、“ginkgolide”の読みは　“ギンコライド”？　“ギンゴライド”？


ところで、「ジテルペン」って何？

「ジテルペン」では、
　　diterpene
　　ジテルペンはファルネシル二リン酸(FPP)とイソペンテニル二リン酸(IPP)が
　　縮合してできるゲラニルゲラニル二リン酸(GGPP)を生合成前駆物質とする
　　炭素数 20のイソプレノイドである。
　　カルボカチオンを介して閉環反応や転位反応を経て二環性、三環性及び四環性の
　　骨格が生成し、多様な構造を示す。
と云う。って？？？

おお、「カルボカチオン」って言の葉が出てきた。「以前、やった」ナ。
しか～し、中身はチンプンカンプンだヨ。

今度は、「イソプレノイド」だって！

「イソプレノイド経路」には、
　　二次代謝産物の中でC5のイソプレン単位から成る化合物群にはイソプレノイド
　　(テルペノイド）と呼ばれる一群があり、「イソプレン則」に従っている。
　　メバロン酸を生合成中間体とする「メバロン酸経路」とメバロン酸が関与しない
　　別の生合成ルートである「非メバロン酸経路」に分けることができる。
これじゃ余計分からんのじゃ。ダメダー。

「テルペノイド」では、
　　テルペノイド（Terpenoid）とは五炭素化合物であるイソプレンユニットを
　　構成単位とする一群の天然物化合物の総称である。
　　狭義にはテルペノイドはテルペン炭化水素の
　　含酸素誘導体(アルデヒド・カルボン酸誘導体)
　　を指すのでテルペン炭化水素を含んでテルペン類とも称される。
　　テルペノイドの生化学的（代謝的）起源は生物種に普遍的に見られる
　　メバロン酸代謝経路から続くイソプレノイド生合成経路であるため、
　　テルペノイドは広義にはイソプレノイドでもある。
ふにゃ。
もういい。これで打ち切り！！！
キリがないデス。

＜紙＞が理解する(？)に、
「イソプレン」と呼ぶ単位構造があって、(よう分からんけど)
これを構成単位とする、
天然物化合物を、総称して、
テンペノイド＝イソプレノイド
と云う。
って、ことかな？？？

ま、いいっか。
と云うことで、今日の 部活動 は終了？？？　 　　　



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Ascalaph Quantum

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「CP2K」について探していたら、「Ascalaph Quantum」なるものを見つけました。





　　Ascalaph Quantum provides interfaces to ab initio quantum mechanical
　　packages CP2K and PC GAMESS.
つまり、
「Ascalaph Quantum」は、ab initio(第一原理)量子力学パッケージ CP2Kと
PC GAMESS のＧＵＩラッパである。
但し、
　　PC GAMESS is not included into the package.
　　According to the manufacturer's license,
　　it cannot be included in other software packages and can be downloaded
　　from the Laboratory of Chemical Cybernetics at Moscow State University.
　　In order to install it in Ascalaph, unpack the downloaded file and
　　transfer pcgamess.exe and DLLs to the Ascalaph/GAMESS folder.
すなわち、
「PC GAMESS」は同梱出来ないので、含んでいません。・・・・・
と云うことカナ？

と云うことは、逆に云うと、「CP2K」は含んでいるってこと？
「PC GAMESS」は持っているし。

因みに、「Ascalaph」って、「ツノトンボ」？？？


早速ダウンロードさせて頂こうっと、・・・
基本的には有償ソフトでした。

対応ＯＳは、Windows と Linux ですが、
Windows は XP のみ。
Linux は、2.6.25.5-1.1-default x86_64 で、System: openSUSE 11.0 (x86_64)

「Ascalaph」が「Molecular Modelling Suite」で、
「Graphics」、「Quantum」、「Designer」、「Liquid」、「Abalone」と
ランクがある。
Linux版は「Quantum」だけで、無償。
Window版は全てあって、「Quantum」は無償でした。
「Quantum」では、
　・3D graphics
　・Geometry measurement and editing
　・Chain builder
　・Mouse drawing
　・Quantum mechanics
　・Geometry optimization
が可能です。


ダウンロードしたのは「AscalaphQuantum.zip」です。
展開すると、
「bin」「data」「doc」「CP2K」「GAMESS」と、
５つのフォルダが出来る。
で、bin にある AscalaphQuantum.exe で即、使えました。

「CP2K」には、cp2k.exe が含まれている！
「GAMESS」には、pcgamess.exe は入っていないデスネ。


試しに、
「Build」メニューの「Free drawing」で、
「H2O」分子(水ですネ)を作り、
「Tools」メニューを開こうとしているところです。




これで、「CP2K」を実行したら、どの位時間が掛かることやら？？？

「C」(炭素原子)１ヶだけで実行してみたら、１７分掛かりました！

「CP2K」が、Windows XP で使える！　けど、使うかな？？？

他に「PC GAMESS」も使える。
ab initio と semiempirical 用GUIラッパとしては、「Winmostar」とどっちが良いかな？

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。　　　　



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フリーソフト集 紹介サイト

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「フリーソフト100」なるサイトを見つけました。
　　フリーソフト100は、無料で使える便利なソフトや無料情報を集めました。
　　基本的にすべて無料で使うことができます。
　　有料のものには、有料と赤字で明記してわかりやすく分類しています。
とありました。

このサイトは、ブックマークするに値するものと思います。
Firefox で「ブックマーク」しました。

パソコンを便利にするフリーソフトの中の、
ＸＭＬエディタには、
「XMLEDITOR.NET」や、「XML Notepad 2007」で書いたものを含め、
４ヶ紹介されています。

また、
セキュリティ対策ソフトの中の、
ウイルス対策ソフトには、
「avast! antivirus」で書いたものを含め、
１５ヶ紹介されています。

もっと早くこのサイトを見つけられれば良かったナ。

みなさんは、ご存じでしたでしょうか。


お粗末でした。　　　　　



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Zeobuilder 導入 失敗

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「andLinux」に落ち着いた、そもそものきっかけとなった「XP で Ubuntu ： coLinux」
それは、「Zeobuilder」を導入・試用して見たかったからでした。

「Zeobuilder」には、
　　Zeobuilder is a user-friendly GUI toolkit for the
　　construction of advanced molecular models.
　　It shows some new features which are not available
　　in other comparable GUI packages:
　　　Zeobuilder is free software.
　　　Zeobuilder is extensible.
　　　Zeobuilder already contains several advanced tools to build,
　　　align, manipulate and analyze molecular structures.
　　　Zeobuilder describes a molecular model with a
　　　hierarchical data-structure of reference frames.
とあります。

そして、「Software dependencies」の「Required dependencies」には、
　　In order to run Zeobuilder,
　　some software must be installed that Zeobuilder will use.
　　・ Python: At least version 2.4
　　・ GTK: At least version 2.8
　　・ PyGTK: At least version 2.8
　　・ Any OpenGL implementation, on most systems this is already installed by default.
　　・ PyOpenGL: At least version 2.0
　　・ GTKGLExt and PyGTKGLExt: At least version 1.1.0
　　・ Numpy: At least version 1.0.3
　　・ librsvg2: At least version 2.0
　　・ libglade2: At least version 2.0 and the python interface to this library,
　　　which is an optional part of PyGTK,
　　　but most linux distributions provide it as a separate package.
とある！


「Zeobuilder」の“Installation”にある「Zeobuilder/Installation Guide」の
“Installation instructions”にある「Unubtu Linux 7.10 (gutsy gibbon):
Zeobuilder/InstallationGuide/UbuntuGutsy」
には、
　The installation consists only of running a few basic apt commands as the root user.
インストール作業は、ルート権限で、２・３の基本的aptコマンドを実行するだけ。
　The downloads are performed automatically.
ダウンロードは、自動的になされる。
　・Configure the apt repository with the ubuntu packages distributed at the CMM:
　　　wget http://molmod.ugent.be/code/static/download/ubuntu/gutsy.list -O /etc
　　　/apt/sources.list.d/molmod.list
　・Install the public part of my digital signature that is used to verify the
　　packages that will be downloaded automatically:
　　　wget -q http://molmod.ugent.be/code/static/download/Toon_Verstraelen.asc -O- |
　　　 apt-key add -
　　　wget -q http://molmod.ugent.be/code/static/download/Toon_Verstraelen_old.asc -O- |
　　　 apt-key add -
　・Update your local copy of the code repository index:
　　　apt-get update
　・Install zeobuider:
　　　apt-get install python-zeobuilder
　The last command automatically downloads all software dependencies and installs
　all the necessary packages. Your installation of Zeobuilder is now complete.
　Start Zeobuilder as a normal user with the following command:
　　zeobuilder
とあるので、
これに従って、“Zeobuilder”を andLinux にインストールしました。

すべてが、正常に進んだかに見えたのだが、・・・・・
“Zeobuilder”の起動時に、エラーが出て実行できません？？？




最初の４行「xlib: ・・・ missing on display ・・・」は、「Mozilla」でも出ている(ので無視)。

最後の「TypeError: ・・・ takes no parameters」でアボートです。

素人には手に負えないので、放置ですね？？？

残念。　　お粗末でした。　　　　　　



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React Operating System

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「andLinux」は、
Windows マシンで（自然に？）Linux(Ubuntu)を動かす仕組みですね。

「Wine」は、
Linux マシンで、Windows アプリを動かす仕組みですね。
ウキペディアには、
　　Wine（ワイン）はオープンソースのWindows API実装の一つで、
　　主としてx86アーキテクチャ上のLinuxでMicrosoft Windows用アプリケーションを
　　ネイティブ動作させることを目標とするプログラム群である。
とあります。


「React Operating System」(ReactOS）は、完全なＯＳ(Operating System)ですね。

「ReactOS プロジェクト」には、
　　ReactOS は、Windows XP/2003の設計にならっているフリーで現代的な
　　オペレーティングシステムです。
　　完全にゼロから書かれて、ハードウエアレベルからアプリケーションレベルまで
　　Microsoftによって設計されたWindows-NTアーキテクチャにならおうとしています。
　　これは、Linuxベースのシステムではなく、
　　UNIXアーキテクチャのいずれとも共有していません。
　　ReactOSプロジェクトの目標は、Windowsと完全な互換性をもったオペレーティング
　　システムを提供することです。
　　ReactOSは、あなたの Windowsアプリケーションとドライバーを
　　Windowsシステムと同様に動作させます。
　　さらに、Windowsの馴染み深いユーザーインターフェイスに慣れている人々が
　　ReactOSを使うことが簡単であるとわかるように、
　　Windowsオペレーティングシステムの見た目や雰囲気が使用されています。
　　ReactOSの最終的な目標は、Windowsを削除し、ReactOSをインストールしても
　　エンドユーザが変更に気づかないようにすることです。

　　ReactOS 0.3.10は、まだalpha段階にあります。
　　そのため、機能は完全ではなく、日常の使用には推奨されないということを、
　　ご注意ください。
とあります。

そして、「こんなページ」もありました。
　　ここは、何？
　　2ちゃんねるのOS板の住人を中心とした有志が構築するReactOSのファンサイトです。
　　MonaOSやZetaOSといったマイナーだけどそこそこの知名度があるOSに興味がある
　　好奇心旺盛なあなたは、ぜひ参加してください！
　　　ここは、誰でもWeb上で自由に更新できるサイト(wiki)になっています。
　　表記方法に癖があり慣れるまでが大変ですが何事も挑戦です。試してみましょう。
とあり。
　　・次期バージョンのReactOS 0.3.11のリリースは2009年9月に予定されています。
　　・2009年7月5日にReactOS 0.3.10がリリースされました。
だそうです。

他には、「非公式ReactOS日本語版パッケージ配布所」
なんかもありました。

これには興味がある。少し勉強してみよう。

それから、「monaOS」も？
「Mona OS developers Wiki」なんてのがある。

（でも、そんなに暇があるの？？？）

「ZetaOS」はダメだな？？？


と云うことで、お粗末でした。　 　　　



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