いやー、AppleもAdobeもどちらも似たり寄ったり・・・という感じがしないでもありませんが、私個人的な意見として

・Mac版のFlashはかなり重いし、不安定
・そういうことでiPhoneやiPadなど「携帯電話」を扱う点でのFlashのリスクが怖い
って言うのがありますね・・・と。
持ち運べるiTunesが「iPod」なら、「持ち運べて、かつ、電話も出来るMacOSXがiPhoneやiPad」という感じだと思います。
と、いうのもiPhoneやiPadに初めから付属しているソフト(SafariやらiTunes、Spotlight検索etc...)は、古くからMacOSXに付属、もしくは無料ダウンロード出来るものです。言い換えると「まずMacOSXで実験してみて好評だったらiPhoneやiPadに付ける」のかもしれません。
現在のiPhone3GSやiPadは性能的には(CPUやGPUなどが違うので単純比較はもちろん出来ないが)ウチのパソコンiBookG4(800MHz)くらいだと思われます。
ウチのパソコンでは
・Flashを使ったページがとにかく重く、ニコニコ動画やらYouTube等の動画サイトだと重過ぎて再生がガクガクになったり映像と音声がずれたりする(正確なところは分かりませんが数fpsくらい)
・何かの拍子でブラウザが落ちることがある(原因がよく分からないのですがFlashページである事は確かで、多分メモリ不足かと思われます)
のです。ローカルのH.264動画ファイルだとスイスイと30fpsで再生されますがFlash越しだと激重です。不安定です。ハイ。
パソコンだと「古いからこんなものでしょう」と済ませる事が出来ますが、こんなクオリティで「携帯電話で」って事になると、いくら何でもマズいでしょう・・・と。
・特にiPhoneやiPadでApple製品を初めて手にする人の心証
を考えると。
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また、性能を抜きにしても「トラブルになった時、誰が責任を取るの?」と言う事もあります。
パソコンだったら「何かのトラブルが起こったら自己責任という風潮がある」のですが、「携帯電話だと、そうは言っていられない現実」があると思います。
AdobeやMicrosoftはソフトしか作ってないので(注意:Xboxは除く)、基本的にはソフト以外のトラブルは「分かりません、知りません、性能の良いパソコンを買って下さい」で通す事が出来ますが(注意:誤解の無いよう言いますが、実際のMicrosoftの営業の人は親切です)、Appleはハード、ソフトの両方作っている会社なのでトラブル時に「分かりません、知りません、新しいのを買って下さいって言うわけにはいかない」と思います。
・もしiPhoneやiPadにFlashを導入したとして、それを使ったWebページで買い物等をしたりして、運悪くトラブルになった時は一体誰の責任をとるのか?
って事です。キャリア? Apple? Adobe? Webを運営している人? それともユーザー本人? 一体誰が責任を取るのでしょうか。
iPhoneやiPadは携帯電話も併せ持っているので、ユーザー全てがコストの安いWi-Fi接続っていうわけでもなく、コストの高い3G接続って事も多々あるでしょう。そこでトラブルが発生したらどうするの? と。
・もう少しMac版のFlashの出来が良かったら採用されていたかもしれない
と私は思ってみたりします。Flashは無いよりかあった方が選択肢が増えて良いに決まってるし・・・。
もし私がAppleの代表だったら、やっぱりFlash採用は見送りかなぁ、と。残念ですが現状では怖いですね、正直なところ。
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「強力な出版社としてのAppleと、「検閲」の懸念」、「エロが好きなら Androidをどうぞ」ジョブズがポルノ反対の立場を明確に述べる、とかゴタゴタとイロイロあったりしますが、別にこれはAppleだけではなく、任天堂も同じスタンスだと思います。
任天堂もAppleもハード、ソフト両方作っている会社で自社のブランド意識が高いから
そんな感じで。