日々適当

最近、といってもずいぶん前に限定的にだけど、使っていたのはMacPortsなんだけど、えーと、それをなんのために入れたのかというと、Lion ServerのWindows向けの共有の出来がいまいちなために、Sambaを入れるのに使ったんですね。
というわけで、クライアントとして使っているマシンには現在、パッケージ管理システムは入っていません。Lion入れる時に無くなっちゃったって事なんですけど、今回、入れる必要があるソフトウェアが、どうもFinkで入れるのが一番情報がありそうなので、Finkを入れることにしたんです。で、メモ。

Fink

こちらから最新バージョンを落としました。現在ですと0.32.6でした。
また、インストール前に、XQuartzもダウンロードしてインストールしておきます。

Finkのインストールは、どうやらソースからのインストールになるようです。使用するXcodeは

Xcode 4.1 or Xcode 4.2.1 or Xcode 4.3.2 or
Command Line Tools for Xcode - Late March 2012

だそうです。4.3以降だと、面倒な手間が加わるようですね（ちなみに現在Mac App StoreからDLできるXcodeは4.3.2。サイズは1.53GBとなります）。ってことで、以下4.3.2でやっていきます。

どう必要なのかわかりませんが、XcodeのPreferencesのDownloadsタブで、Command Line Toolsをインストールしていなければしておきます。



んで、

sudo xcode-select -switch /Applications/Xcode.app/

を実行します。これは、Xcodeが4.3以降、/Developer ではなく /Application にインストールされることが原因のようです。

ダウンロードしておいた fink-0.32.6.tar.gzを展開します。Finkのサイトではtarコマンドでやってますけど、たぶん、FinderでダブルクリックでOKです。まぁ、全部ターミナルからやりたい人向けの案内なんでしょう。

fink-0.32.6フォルダが出来ているんで、そこで、

./bootstrap

を実行します。以降の処理を、sudoかsuを使って実行するか、rootでログインしているからそれらは必要ないかを聞かれるので、sudoで行くことにします。その後もいくつか訪ねられますが、必要に応じて変更しますけど、もう面倒なんで、基本的にデフォルトで(^^;
そしたらインストールが始まるようです。



まぁ、時間かかりまする。インストール後、/sw/bin/pathsetup.sh を実行します。ダイアログが開くので、YESを押してやって終了。これで、.profileとか.bash_profileにFinkのためのパスが追加されるようですな。

そしたら別のターミナルウィンドウを開いて、そこで、fink selfupdate-rsync を実行。パッケージ情報の更新を行っているそうです。けっこう時間が掛かります。終了後、 fink index -f を実行。以上で準備完了のようです。

ソフトのインストールは fink install [パッケージ名] とのこと。

fink install pymol-py27

を実行してやると、pymolが入ります。すんげぇ時間掛かるけど…。



余談
ちなみにpymolでpdbファイルを汎用的なジオメトリに変換する事を期待していたわけですけど、vrmlへのコンバートは出来るようです（Finkの設定で安定版を落とす感じみたいだからかな。最新版じゃないみたい）。んで、mayaさんはwrl2maコマンドで.maファイルへの変換が出来るようなので、読み込みは出来るのかな。読み込み時（読み込むファイルがでかいので）メモリをバカ食いするけど。SIは対応していないっぽい…。




<追記>
pymolのviewerに起動時に表示されるバージョンは1.3ですけど、どうも、Finkは1.5をインストールした事になっているっぽいので、そうなんでしょう。objファイルへの書き出しも出来ました。
</追記>