祈りの治療効果を科学的に立証しようとする流れに対し、一方で「祈りが病気の治療に効果があるかどうかを実験するなどもってのほか」という反発の声があがっているほか、「祈りが足りなかったから、行いが悪かったから、だから病気になったと患者が思い込むのはよくない」と心配する医者もいる。
また、「祈り療法に傾倒したために、現代医療における治療が遅れ、手遅れになっては危ない」という、代替医療でよく問題視される点がここでも指摘されている。
祈り療法に関心を示す医者の多くが「祈り療法は決して現代医療にとってかわるものではなく、あくまでも併用が望ましい。治療そのものというよりも、外科手術をはじめ治療後の回復力を高めたり、病気の予防に効果があるのでは」と強調している。
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