やはりヴァグラスは消滅していなかった。 メサイヤの種といえるカードから生れた
メタロイドスナドケイロイドの圧倒的な強さにゴーバスターズは大苦戦。
しかも正徒たちを避難させていたニックが、女生徒を助けようとして、穴に落ちてしまった。
司令室に戻ったゴーバスターズは、以前ヨーコたちのつけていたプロテクターが
変身後のアーマーとして完成していることを知る。
そんな中、再びメタロイドが出現。 メサイヤの力を持つメタロイドは強敵だ。
しかし、絶対に元に戻すと誓ったゴーバスターズは、再び立ち上がり、メタロイドの砂時計を爆破。
学校も生徒も人々も元に戻った。ゴーバスターズはバディロイドのパワーを装着した
新装備パワードカスタムを装着し、形勢逆転圧倒的なパワーでメタロイドを削除した。
さらにこれから厳しい戦いになることと思う。