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京都所司代は所司の代官の意味で、室町幕府の侍所、所司をさす。所司の被官がこれを務めた。室町以降になると、所司代がさらにその家人を小所司代に任命し、雑事を務めさせるようになる。室町時代の侍所は京中の検断・断罪を掌握としており、所司代は小舎人・雑色らを指揮して将軍外出の警護、犯罪人の逮捕などにあたった。京極持清の下で同役を務めた多賀高忠や、赤松政則の下で活躍した浦上政則の下で活躍した。応仁文明の乱後は、所司補任が断絶するとととに同代官として所司代も廃絶したが、戦国時代以降、時々の権力者は京都を実質的に支配する要職に所司代の名を用いた。