シュークリームの中に入っているカスタードクリームは、牛乳・砂糖・卵黄・薄力粉などで作ることが出来ますが、薄力粉を入れるのはとろみを付ける役割かと思います。
もし、小麦粉アレルギーが気になるようでしたら、別のデンプン類を用いてもトロミ（増粘）をつけることが出来ます。
タピオカでんぷんでもクリームを増粘させることは出来ますが、価格の面で、トウモロコシでんぷんが使用に向いているかもしれません。一般的に、コーンスターチと呼ばれているのが身近なトウモロコシデンプンですが、さらに耐熱・耐冷蔵性・酸や塩に強いトウモロコシ加工デンプンもございます。特徴としては、製品が変質しにくく、より安定させることが出来ると思います。ホイップククリーム・メレンゲを安定させる場合はデンプンでは不向きかもしれませんので、別の製品が向いていると思います。
水産ねり製品やハム・ソーセージでしたら、昔は小麦デンプンがよく用いられてきました。最近では、小麦アレルギーの問題がありますので、別のタピオカでんぷんなども使用されていますし、タピオカでんぷんは麺や生菓子などにも用いられます。