FMOのインプットファイルを作るfragIt

FMO (fragment molecular orbital)法は大きな分子を計算するとき、特にタンパク質を計算するときに役に立つ。
問題はinput fileを作るのが尋常ではなく難しいことだ。GAMESSもすでにマニア向けであるが、FMOまでくると
人力で作るのはほぼ不可能である。これをとんでもなく簡単にするのが
FragIt
である。pdbからダイレクトにGAMESSのinputファイルを作成してくれる(自動で水素はつかないのでそこは
また必要)

方針は簡単にいうと、SMARTS表記でフラグメントパターンを記述、pdbから読んでそこで切る、である。

$ wget https://github.com/FragIt/fragit-main/archive/fragit-1.5.0.tar.gz
$ python2.7 setup.py build
$ python2.7 setup.py install

running install
running build
running build_py
running build_scripts
running install_lib
running install_scripts
changing mode of /opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/fragit to 755
running install_data
running install_egg_info
Removing /opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/fragit-1.5.0-py2.7.egg-info
Writing /opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7/site-packages/fragit-1.5.0-py2.7.egg-info

----依存の解消(OpenBABELおよびpython2系が必要)
port select --set python python27
git clone git://github.com/openbabel/openbabel.git
cd openbabel
mkdir build
cd build
cmake -DRUN_SWIG=ON -DPYTHON_BINDINGS=ON \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/openbabel  -DENABLE_TESTS=ON ..
make
make test
sudo make install

export PYTHONPATH=/opt/openbabel/lib/python2.7/site-packages:$PYTHONPATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openbabel/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/opt/openbabel/bin:$PATH
----つかいかた
cd /Volumes/Home/maho/fragit
/opt/local/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/fragit ala_phe_ala.pdb

サンプルのタンパク質(103原子、Ala-Ala-Ala-Ala-Phe-Ala-Ala-Ala)をfragItで分割し、基底関数6-31G*で計算してみたら
3530.081u 43.944s 1:00:20.74 98.7% 0+0k 109+376io 84pf+0w
ほぼ一時間であった(Mac Late 2012 corei7 2.3GHz)