理研シンポジウム:6/27@和光 理研RICC新搭載GPUと科学へのアプリケーション

http://accc.riken.jp/sympo/2013/

理研RICCのGPUが2013/1に入れ替わり、NVIDIAのC2075が100枚導入されました。これはFermi世代のGPUで、理論性能値は515GFlopsと以前のC1060の78GFlopsと比べて6.6倍高速になり、全体で51.5TFlopsという高性能を実現しました。
今回は格子QCDや分子動力学、量子化学などの分野からGPUを活用している方に講演をしていただきます。
また、RICCではGPUを利用するライブラリ、アプリケーションも導入しており今すぐ利用できるよう、スクリプト、ベンチマークの紹介も行います。
終了後、簡単な懇親会を開きます。
みなさまのご参加をお待ちしております。

日時

2013年6月27日(木)　10:00-17:30

会場

独立行政法人 理化学研究所 和光キャンパス 鈴木梅太郎記念ホール

プログラム
時間 トピック 名前(所属)
10:00-10:30 RIVER 野田茂穂 (理研)
10:30-11:00 分子動力学 松永康佑 (理研)
11:00-11:30 分子動力学 緒方浩二 (理研)
11:30-12:00 RISM 丸山豊 (大阪大)
昼休み
13:00-14:00 TBD Mike Clark (NVIDIA)
14:00-14:30 QCD Hyung-Jin Kim (BNL)
14:30-15:00 QCD 新谷英悟 (理研)
休憩
15:45-16:30 計算化学 安田耕二 (名古屋大), 古賀良太(クロスアビリティ)
16:30-17:00 TBD 飯高敏晃 (理研)
17:00-17:30 RICCでのBenchmark 中田真秀 (理研)
18:00- 懇親会 第1食堂東側


参加申し込み

こちらの登録フォームからお願いします。
http://accc.riken.jp/sympo/2013/reg/

お問い合わせ

シンポジウム事務局　gpusympo@riken.jp

とりあえず授業担当分終わり@立教大

とりあえず授業担当分終わり@立教大

三回目なので大分勝手がわかったため若干楽になった。
何をしたらよいか、どこまで出来るかなどが問題であったのだが、
とても学生の飲み込みが速く、驚くほどであった。

ということで実習は少しずつ階段をつけてみたのだが、
引っかかってもすぐ起き上がる感じだった。

だいたい、新しい分子をもってきたとき、DFT(B3LYP)+6-31G*で、構造最適化する、
をわかってもらえた。

来年度はあるのかどうか知らないけれど、あったらもう少し手引きなどを作り込めるかな。
まずは手引書を練り込んで理研で一日講習会でもやるのを目標で少しやってみるかね...

ちゃんと聞いてくれた学生さん、常盤先生、望月先生、李先生、佐藤先生、TA、SAの皆様に感謝...

GAMESS on GPU (partially) と Taxol分子で7%高速化

GAMESSはGPU対応版があるので、RICCにインストールしてみた。

Hartree-Fock計算、6-31G(d)基底関数で、

GPUなし 47128.994u 120373.728s 46:31:37.52 100.0% 0+0k 0+0io 663pf+0w
GPUあり 42945.674u 112647.507s 43:13:09.77 100.0% 0+0k 0+0io 2048pf+0w

となった。7%程度高速化。まぁGAMESSはそんなにまじめにGPU対応してないのだが、
あまり高速にならないね。MP2とかだったらもう少し速くなるのかな？

理研和光内でのMathematicaのサイトライセンス40本分導入

2013年5月1日

情報基盤センターでは、Mathematicaのサイトライセンスの導入を行いました。
ご利用希望者はまず、情報基盤センターにご連絡ください。
その場で、Mathematicaサイトライセンス配布申込書に同意する旨、記入していただきます。その後、DVDの受け渡しを行います。


【注意事項】

和光キャンパスが主務の方のみ利用できます。
Mac/Linux/Windowsで利用できます。
試験運用ですので、予告なしに使用できなくなる期間があるかもしれません。
ご利用の際にはアクティベーションが必要です。
インストール時に
http://reference.wolfram.com/mathematica/tutorial/ActivatingMathematica.ja.html
から、「ネットワークライセンスサーバへの接続」を選び、
そこで、「mathematicamathlm.intra.riken.jp」を選択してください。

同時接続は40本分で、早い者勝ちではありません。

授業....

学生たちがさっと課題を終わらせてくれてびっくりした。
この手の授業だとマシンのトラブルや、ハマってしまう学生が出てくるものだが。
この授業のノウハウは理研内でのGaussianなどの講習会をするときに役に立てようと思う。

いくつか
* 常盤先生、李先生、佐藤先生、SA,TAの皆様にとても感謝。
* どの程度習熟しているかがだいたい見えてきた。
* 85人分のレジュメを印刷するのは時間がかかる。
* 丁寧に操作を教えること。
* HOMO LUMO, Hartree-Fockは大体しっている(のに驚いた)。
* コンピュータを嫌がる学生は少ないし、操作は得意だと感じた。スマホなどで慣れ親しんでいる世代だからだろうか。