中田真秀(なかたまほ)のブログ

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PubChemQC 15000分子突破

2014-01-22 12:05:09 | 日記
PubChemQCプロジェクト15000分子突破。

* RICCを使うようにしてみた。
これがすごくて一日1000分子以上計算できることがある。ただ、最初はジョブのフェアシェア値がいいがどんどん下がってきた

* 一日200から300分子かなー

* 意外と計算機の面倒をみることがおおい。
westmere-40exマシンが一台あるが、これだと原因不明のエラーが一日から数日にかけて一度程度起こる。とりあえず
kernel.shmmax = 137438953472
kernel.shmall = 8589934592
として対処。128GBのメモリを積んでいるとして調整。
/home/maho/pubchemqc/build/gamess/ddikick.x /home/maho/pubchemqc/build/gamess/gamess.00.x job -ddi 40 40 localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost localhost -scr .

 Distributed Data Interface kickoff program.
 Initiating 40 compute processes on 40 nodes to run the following command:
 /home/maho/pubchemqc/build/gamess/gamess.00.x job

 DDI Process 76: error code 911
 DDI Process 76: TCP Error in Recv.
 TCP recv error: Unknown.
 TCP recv error: return value errno=1869771365
 DDI Process 18: error code 911
 DDI Process 18: TCP Error in Re DDI Process 22: TCP Error in Recv.
 TCP recv error: Unknown.
 TCP recv error: return value errno=1869771365
 DDI Process 23: error code 911
 DDI Process 36: TCP Error in Recv.
 TCP recv error: Unknown.
 TCP recv error: return value errno=1869771365
 DDI Process 43: error code 911
 DDI Process 43: TCP Error in Recv.
 TCP recv error: Unknown.
 TCP recv error: return value errno=1869771365



* firefly8のインストールをSEさんに頼んでいる。こちらではどうしてもマルチコアで走らせることができなかった。firefly8のGDIISが使えるようになるとさらにスループットが向上するはず。

* 10万分子/年　は行けるかもしれない。