PubChemQC 200万分子突破!

PubChemQC project 200万分子突破しました。

2015/5/27現在、201万分子(励起状態も含め)計算されてます。
2122146 molecules (excited states are available for 2016173 molecules) last updated : Wed May 27 02:39:30 JST 2015

分子の構造式と電子の数だけをインプットとし、完全なる第一原理計算(DFT使ってますがw)での
分子の構造、電子状態、励起状態、物性のデータベースを作ってますが、200万分子超えました。

HOKUSAI(MPC; fx100)になってGAMESSの構造最適化が遅いのであるがそれは石村さんのSMASHを用いている。体感的には数倍速くなった。GAMESSもDDIでの並列ができず、MPI並列なので、遅くなっているため単純な性能の比較はフェアでないが、今ここで高速となるとSMASHを使うのが正しいということです。また、TDDFTの計算がHOKUSAI(MPC;fx100)で大変遅いため、とりあえずやめることにした。HOKUSAI(RICC;500ノード)も計算に組み入れた。これはGAMESS+FireFlyのまま。

理研は良いと思うのは、こういう計算にもスパコンが使いやすいことです。所内なら無料で使えるというのはとても大きい。